Affiliation
Faculty of Computer Science and Systems Engineering Department of Bioscience and Bioinformatics
Job
Associate Professor
External link
MAEDA Kazuhiro
Scopus Paper Info
Total Paper Count: 0 Total Citation Count: 0 h-index: 6
Research Interests
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代謝ネットワーク
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ハイパフォーマンスコンピューティング
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スーパーコンピュータ
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システム生物学
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生化学パラメータ推定
Degree
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Kyushu Institute of Technology - Doctor of Information Engineering 2011.03
Biography in Kyutech
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2024.01
Kyushu Institute of Technology Faculty of Computer Science and Systems Engineering Department of Bioscience and Bioinformatics Associate Professor
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2019.12-2023.12
Kyushu Institute of Technology Faculty of Computer Science and Systems Engineering Department of Bioscience and Bioinformatics Assistant Professor
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2015.03-2019.11
Kyushu Institute of Technology Frontier Research Academy for Young Researchers Specially Appointed Assistant Professor
Papers
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PredIL13: stacking a variety of machine and deep learning methods with ESM-2 language model for identifying IL13-inducing peptides Reviewed
Hiroyuki Kurata, Md. Harun-Or-Roshid, Sho Tsukiyama, Kazuhiro Maeda
PLOS ONE 2024.08
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MLm5C: A high-precision human RNA 5-methylcytosine sites predictor based on a combination of hybrid machine learning models Reviewed International journal
Methods 2024.05
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Stack-DHUpred: Advancing the accuracy of dihydrouridine modification sites detection via stacking approach Reviewed International journal
Md. Harun-Or-Roshid, Kazuhiro Maeda,Phan Thi Le, Balachandran Manavalan, Hiroyuki Kurata
Computers in Biology and Medicine 2023.12
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Elucidating key characteristics of PFAS binding to human peroxisome proliferator-activated receptor alpha: an explainable machine learning approach Reviewed International journal
Kazuhiro Maeda, Masashi Hirano, Taka Hayashi, Midori Iida, Hiroyuki Kurata, Hiroshi Ishibashi
Environmental Science & Technology 2023.12
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Automatic Generation of SBML Kinetic Models from Natural Language Texts using GPT Reviewed International journal
Kazuhiro Maeda, Hiroyuki Kurata
International Journal of Molecular Sciences 2023.04
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MLAGO: Machine learning-aided global optimization for Michaelis constant estimation of kinetic modeling Reviewed International journal
Kazuhiro Maeda, Aoi Hatae, Yukie Sakai, Fred C. Boogerd, Hiroyuki Kurata
BMC Bioinformatics 2022.11
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Simulation of the crosstalk between glucose- and acetaminophen metabolism in a liver zonation model "jointly worked" Reviewed International journal
Kazuhiro Maeda, Shuta Hagimori, Masahiro Sugimoto, Yasuyuki Sakai, Masaki Nishikawa
Frontiers in Pharmacology 2022.08
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RCGAToolbox: 動力学モデルのパラメーター推定 のための実数値遺伝的アルゴリズムソフトウェア
前田和勲,Fred C. Boogerd,倉田博之
IPSJ SIG Technical Report 2022.03
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RCGAToolbox: A real-coded genetic algorithm software for parameter estimation of kinetic models Reviewed
Kazuhiro Maeda, Fred C. Boogerd, Hiroyuki Kurata
IPSJ Transactions on Bioinformatics 2021.09
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Ranking network mechanisms by how they fit diverse experiments and deciding on E. coli's ammonium transport and assimilation network Reviewed
5 ( 1 ) 2019.12
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動力学パラメータ推定問題：大腸菌アンモニア輸送-同化ネットワークの事例
前田和勲
IPSJ SIG Technical Report 2019.09
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libRCGA: 動力学モデルの高速なパラメータ推定のための遺伝的アルゴリズムライブラリ
前田和勲, Fred C. Boogerd, 倉田博之
IPSJ SIG Technical Report 2018.09
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Long negative feedback loop enhances period tunability of biological oscillators Reviewed
440 21 - 31 2018.03
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libRCGA: a C library for real-coded genetic algorithms for rapid parameter estimation of kinetic models Reviewed
11 ( 0 ) 31 - 40 2018.01
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Web application for genetic modification flux with database to estimate metabolic fluxes of genetic mutants Reviewed
122 ( 1 ) 111 - 116 2016.07
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Development of an accurate kinetic model for the central carbon metabolism of Escherichia coli Reviewed
15 ( 1 ) 2016.06
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Analytical study of robustness of a negative feedback oscillator by multiparameter sensitivity Reviewed
8 ( 5 ) 2014.12
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Dynamic modeling of metabolic and gene regulatory systems toward developing virtual microbes Reviewed
47 ( 1 ) 1 - 9 2014.01
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CADLIVE toolbox for MATLAB: Automatic dynamic modeling of biochemical networks with comprehensive system analysis Reviewed
37 ( 9 ) 1925 - 1927 2014.01
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大腸菌アンモニア同化制御機構のダイナミックモデルの構築
前田和勲, FredC.Boogerd, FrankJ.Bruggeman, HansV.Westerhoff, 倉田博之
研究報告バイオ情報学（BIO） 2013 ( 7 ) 1 - 6 2013.09
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Flux module decomposition for parameter estimation in a multiple-feedback loop model of biochemical networks Reviewed
36 ( 3 ) 333 - 344 2013.03
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BioFNet: Biological functional network database for analysis and synthesis of biological systems Reviewed
15 ( 5 ) 699 - 709 2013.01
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CADLIVE optimizer: web-based parameter estimation for dynamic models Reviewed
7 2012.08
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A symmetric dual feedback system provides a robust and entrainable oscillator Reviewed
7 ( 2 ) 2012.02
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Biological design principles of complex feedback modules in the e. coli ammonia assimilation system Reviewed
18 ( 1 ) 53 - 90 2012.01
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An integrative and practical evolutionary optimization for a complex, dynamic model of biological networks Reviewed
34 ( 4 ) 433 - 446 2011.05
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Quasi-multiparameter sensitivity measure for robustness analysis of complex biochemical networks Reviewed
272 ( 1 ) 174 - 186 2011.03
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Two-phase search (TPS) method: Nonbiased and high-speed parameter search for dynamic models of biochemical networks Reviewed
2 2 - 14 2009.12
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Robustness Analysis of Interlocked Feedbacks of Circadian Rhythm
MAEDA KAZUHIRO, KURATA HIROYUKI
2009 ( 15 ) 1 - 5 2009.05
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A gradual update method for simulating the steady-state solution of stiff differential equations in metabolic circuits Reviewed
32 ( 2 ) 283 - 288 2009.02
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Two-phase Search (TPS) Method: Nonbiased and High-speed Parameter Search for Dynamic Models of Biochemical Networks Reviewed
4 ( 2 ) 377 - 389 2009.01
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Two-phase search (TPS) 法：動的生化学ネットワークモデルの偏りのない効率的なパラメータ探索
前田 和勲, 倉田 博之
情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） 2008 ( 86 ) 9 - 12 2008.09
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Extended CADLIVE: A novel graphical notation for design of biochemical network maps and computational pathway analysis Reviewed
35 ( 20 ) 2007.11
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Global Optimization of Large-scale Dynamic Biomolecular Network Model
MAEDA KAZUHIRO, YOSHIDA KEISUKE, KURATA HIROYUKI
IPSJ SIG Notes 2007 ( 86 ) 91 - 94 2007.09
Conference Prsentations (Oral, Poster)
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遺伝子回路開発プロセスの自動化
前田和勲,平順一,坂本寛,倉田博之
第9回分子サイバネティクス・第53回分子ロボティクス定例研究会
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A hybrid approach for kinetic parameter estimation based on machine learning and global optimization
Kazuhiro Maeda, Aoi Hatae, Yukie Sakai and Hiroyuki Kurata
IIBMP2022
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RCGAToolbox: 動力学モデルのパラメーター推定 のための実数値遺伝的アルゴリズムソフトウェア
前田和勲、Fred C. Boogerd、倉田博之
第69回 情報処理学会 バイオ情報学研究会
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RCGAToolbox: A real-coded genetic algorithm software for parameter estimation of kinetic models
Kazuhiro Maeda, Fred C. Boogerd, and Hiroyuki Kurata
ISMB/ECCB 2021
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RCGAToolbox: 生化学システムの動力学パラメータ推定のためのツールボックス
前田和勲、倉田博之
IIBMP2020
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The ‘rubber band method’ of ranking network mechanisms rather than claimi the single best: E. coli's active ammonium transport is 130 times better than the passive transport network
Kazuhiro Maeda, Hans V. Westerhoff, Hiroyuki Kurata, and Fred C. Boogerd
ICSB2019
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大腸菌アンモニア輸送-同化ネットワークの定量的動力学モデルの構築
前田和勲, Hans V. Westerhoff, 倉田博之, and Fred C. Boogerd
第71回日本生物工学会大会
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制約付き最適化に基づくパラメータ推定を用いた大腸菌アンモニア輸送-同化の動力学モデリング
前田和勲, Hans V. Westerhoff, 倉田博之, and Fred C. Boogerd
IIBMP2019 (ハイライトトラック)
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動力学パラメータ推定問題：大腸菌アンモニア同化-輸送ネットワークの事例
前田和勲
第59回 情報処理学会 バイオ情報学研究会
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Ranking E. coli’s ammonium transport and assimilation networks
Kazuhiro Maeda, Hans V. Westerhoff, Hiroyuki Kurata, and Fred C. Boogerd
AIMMS Meeting
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Ranking E. coli’s ammonium transport and assimilation networks by how they fit diverse experiments
Kazuhiro Maeda, Hans V. Westerhoff, Hiroyuki Kurata, and Fred C. Boogerd
BioSB 2019
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Ranking E. coli’s ammonium transport and assimilation networks by how they fit diverse experiments
Kazuhiro Maeda, Hans V. Westerhoff, Hiroyuki Kurata, and Fred C. Boogerd
AMSA Meeting
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大腸菌アンモニア輸送-同化システムのシミュレーション
Kazuhiro Maeda, Hans V. Westerhoff, Hiroyuki Kurata, and Fred C. Boogerd
定量生物学の会 第９回年会
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大腸菌AmtBはアンモニアの能動輸送体か？それとも受動輸送体か？
Kazuhiro Maeda, Hans V. Westerhoff, Hiroyuki Kurata, and Fred C. Boogerd
The 41th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
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制約付き最適化を使った動力学パラメータ推定手法の提案と大腸菌アンモニア同化-輸送ネットワークへの応用
Kazuhiro Maeda, Hans V. Westerhoff, Hiroyuki Kurata, and Fred C. Boogerd
生命科学系フロンティアミーティング 2018 生命情報科学若手の会
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ネガティブフィードバック構造に基づく生物振動子の頑健性と調節可能性の解析
前田和勲、倉田博之
IIBMP2018
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libRCGA: 動力学モデルの高速なパラメータ推定のための遺伝的アルゴリズムライブラリ
前田和勲、Fred C. Boogerd、倉田博之
第55回 情報処理学会 バイオ情報学研究会
Works
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RCGAToolbox
2021.02 -
libRCGA
2018.06
Lectures
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人工知能とシミュレーションを使って生物を理解・設計する
第54回LaMer特別講演会 2024.01
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動力学シミュレーションを使って生物システムを理解・設計する
第13回 日本細胞性粘菌学会例会 2023.10
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遺伝子回路設計と塩基配列設計の自動化
「細胞を創る」研究会 16.0 2023.09
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肝臓のzonationを考慮した薬物代謝動態の数理モデル
第31回日本医学会総会 2023.04
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動力学シミュレーションを使った生化学システムの理解と設計
第2回分子サイバネティクス・第46回分子ロボティクス定例研究会 2021.05
Press
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科学リポート：PFAS毒性どのくらい---AI駆使し予測 Newspaper, magazine
石橋弘志
しんぶん赤旗 2024.03.16
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用途多岐 有機フッ素化合物 安全性評価へ予測モデル 愛媛大院など研究者ら開発 人体結合特性 迅速に Newspaper, magazine
石橋弘志
愛媛新聞 2024.01.23
Honors and Awards
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デジタルコンテンツコンテスト優秀賞（YOKABIO）
九州工業大学 2021.07.21
九工大BIOMODチーム YOKABIO
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デジタルコンテンツコンテスト優秀賞（前田個人）
九州工業大学 2021.07.21
前田和勲
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IPSJ IPSJ Yamashita SIG Research Award
Information Processing Society of Japan 2020.03.01
Kazuhiro Maeda
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情報処理学会第55回バイオ情報学研究会 SIGBIO優秀プレゼンテーション賞
情報処理学会 バイオ情報学研究会 2018.09
前田和勲
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情報処理学会第51回バイオ情報学研究会 SIGBIO優秀プレゼンテーション賞
情報処理学会 バイオ情報学研究会 2017.09
前田和勲
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平成21年度IPSJ論文船井若手奨励賞
船井情報科学振興財団 2010.03
前田和勲
Grants-in-Aid for Scientific Research
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人工遺伝子回路を使って代謝ネットワークを制御するための基盤計算技術の開発
Grant number：22K12247 2022.04 - 2026.03 基盤研究(C)
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仮想人体構築のための数理モデル化
Grant number：20H05743 2020.04 - 2023.03 学術変革領域研究(B)
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腸内細菌代謝の理解と合理的な制御
Grant number：18K18153 2018.04 - 2022.03 若手研究
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大腸菌アンモニア同化制御の定量的ダイナミックモデル構築とシステム的理解
Grant number：26870432 2014.04 - 2017.03 若手研究(B)
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生体分子ネットワークのシステム的理解に基づく抗がん剤投薬スケジューリング法の開発
Grant number：24800050 2012.08 - 2014.03 研究活動スタート支援
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生命システムのアドホックな進化
Grant number：10J07813 2010.04 - 2012.03 特別研究員奨励費
Contracts
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AI 技術を用いた魚類における「代謝されにくさ」を決定づける化学物質の特徴探索
2024.06 - 2027.03
大学・公的研究機関と連携した化学物質管理高度化推進事業
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人工細胞内で遺伝子発現を制御する遺伝子回路の開発
2024.04 - 2026.03
JST CREST
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全細胞モデルによるプラスミドのシミュレーション
2022.09 - 2023.03
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DNA配列のボトムアップ型自動設計技術の開発
2020.11 - 2024.03
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ＤＮＡ配列を元にした細胞機能シミュレーションの検討
2019.10 - 2020.03
Other External Funds
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情報技術と実験ロボットによる有用微生物開発プロセスの自動化
2024.10 - 2026.03
公益財団法人天野工業技術研究所2024年度（後期募集）研究助成金
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代謝シミュレーション・人工知能・ロボットを使った生物設計の自動化
2023.09 - 2024.03
九州工業大学令和５年度先鋭的テーマ発掘事業
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機械学習を用いたヒトPPARαに結合するPFASの特徴の解明
2023.04 - 2024.03
愛媛大学化学汚染・沿岸環境研究拠点 共同利用・共同研究
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libRCGA: 動力学モデルの高速なパラメータ推定のための実数値遺伝的アルゴリズムのC言語ライブラリ
2018.09
英文校正・論文掲載費用補助
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生体分子ネットワークの効率的なダイナミックモデル構築手法の開発
2018.04 - 2018.07
教育職員海外研修プログラム
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大腸菌のアンモニア同化制御の理解とグルタミン酸発酵向上
2017.06 - 2017.07
吉田科学技術財団: 海外研究派遣研究者
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大腸菌アンモニア輸送-同化システムのシミュレーションモデル構築とその制御機構の理解
2017.02 - 2017.03
教育職員海外研修プログラム
Career of Research abroad
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腸内細菌代謝の理解と合理的な制御
アムステルダム自由大学 Project Year: 2019.02.16 - 2019.04.14
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大腸菌窒素代謝の制御機構の理解
アムステルダム自由大学 Project Year: 2018.04.15 - 2018.07.15
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大腸菌のアンモニア同化制御の理解による発酵生産の向上戦略
アムステルダム自由大学 Project Year: 2017.06.11 - 2017.07.20
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シミュレーションによる大腸菌アンモニア輸送-同化ネットワークの解析
アムステルダム自由大学 Project Year: 2017.02.13 - 2017.03.17
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大腸菌アンモニア同化制御の定量的ダイナミックモデル構築とシステム的理解
アムステルダム自由大学 Project Year: 2016.02.15 - 2016.03.17
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大腸菌アンモニア同化ネットワークのダイナミックモデル構築
アムステルダム自由大学 Project Year: 2012.11.22 - 2012.12.27
Award for Educational Activities
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Gold Project Award
BIOMOD Steering Committee 2023.11.05
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Molecular Robotics Award
BIOMOD Steering Committee 2023.11.05
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Best Website Award 2nd Place
BIOMOD Steering Committee 2023.11.05
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Project Awards: Bronze
BIOMOD Japan Open 2022 実行委員会 2022.09.17
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Best Project Website賞、Best YouTube Video賞、総合優勝
BIOMOD Japan Open 2021 実行委員会 BIOMOD 2021 Japan Open 2021.11.07
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九州工業大学デジタルコンテンツコンテスト優秀賞
九州工業大学 2021.07.21
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Project Award: Bronze
Annual biomolecular design competition for students (BIOMOD) 2019.10.28
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第３位（トラベルアワード）
分子ロボティクス研究会 2019.08.31
Activities of Academic societies and Committees
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BIOMOD Japan Open 2022 実行委員
2022.07 - 2022.09
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日本バイオインフォマティクス学会 IIBMP2021口頭発表・ポスター審査員
2021.09
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日本生物工学会 バイオインフォマティクス相談部会 委員
2019.09
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BIOMOD2024 Local committee
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BIOMOD 2023 実行委員
Social activity outside the university
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本当はすごい大腸菌の話
Role(s)：Lecturer
九州工業大学 サイエンスカフェ＠九工大情報工学部 2021.02.27
Citation count denotes the number of citations in papers published for a particular year.