2022/08/14 更新

ヤマニシ ヨシヒロ
山西 芳裕
YAMANISHI Yoshihiro
Scopus 論文情報  
総論文数: 0  総Citation: 0  h-index: 19

Citation Countは当該年に発表した論文の被引用数

所属
大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系
職名
教授
研究室電話
0948-29-7821
研究室FAX
0948-29-7801
外部リンク

研究キーワード

  • 機械学習

  • ケモインフォマティクス

  • バイオインフォマティクス

  • AI創薬

取得学位

  • 京都大学  -  博士(理学)   2005年03月

学内職務経歴

  • 2019年04月 - 現在   九州工業大学   大学院情報工学研究院   生命化学情報工学研究系     教授

  • 2018年06月 - 2019年03月   九州工業大学   大学院情報工学研究院   生命情報工学研究系     教授

所属学会・委員会

  • 2021年04月 - 現在   日本毒性学会   日本国

  • 2018年04月 - 現在   日本メディカルAI学会   日本国

  • 2018年04月 - 現在   日本化学会ケモインフォマティクス部会   日本国

  • 2016年07月 - 現在   情報計算化学生物学会   日本国

  • 2013年06月 - 現在   International Society for Computational Biology (ISCB)   アメリカ合衆国

  • 2002年09月 - 現在   日本バイオインフォマティクス学会   日本国

  • 2000年03月 - 現在   日本計算機統計学会   日本国

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論文

  • A web server for GPCR-GPCR interaction pair prediction 査読有り 国際誌

    Nemoto, W., Yamanishi, Y., Limviphuvadh, V., Fujishiro, S., Shimamura, S., Fukushima, A., and Toh, H.

    Frontiers in Endocrinology   13   825195 - 825195   Article 825195   2022年03月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.3389/fendo.2022.825195

    PubMed

  • Scaffold-Retained Structure Generator to Exhaustively Create Molecules in an Arbitrary Chemical Space 査読有り 国際誌

    Kaitoh, K. and Yamanishi, Y.

    Journal of Chemical Information and Modeling   in press   2022年02月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1021/acs.jcim.1c01130

    PubMed

  • Epigenetic landscape of drug responses revealed through large-scale ChIP-seq data analyses 査読有り 国際誌

    Zou, Z., Iwata, M. Yamanishi, Y., and Oki, S.

    BMC Bioinformatics   23   51 - 51   Article number: 51   2022年01月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1186/s12859-022-04571-8

    PubMed

  • 機械学習によるデータ駆動型創薬とヘルスケア:医薬品や食品のインシリコ解析 招待有り

    山西芳裕

    PHARM TECH JAPAN   38 ( 1 )   69 - 74   2022年01月

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    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)

  • AIが拓くデータ駆動型創薬とヘルスケア:医薬品や食品のビッグデータ解析の最前線 招待有り

    山西芳裕

    糖尿病・内分泌代謝科   54 ( 1 )   26 - 34   2022年01月

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    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)

  • 化学ビッグデータから薬を生み出すー構造生成器の基礎と実例 招待有り

    海東和麻、山西芳裕

    実験医学, 12月号   39 ( 19 )   3024 - 3028   2021年11月

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    担当区分:最終著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)

  • TRIOMPHE: Transcriptome-based Inference and Generation of Molecules with Desired Phenotypes by Machine Learning 査読有り 国際誌

    Kaitoh, K. and Yamanishi, Y.

    Journal of Chemical Information and Modeling   61 ( 9 )   4303 - 4320   2021年09月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1021/acs.jcim.1c00967

    PubMed

  • Plasma amino acids in patients with essential tremor 査読有り 国際誌

    Miura, S. Kamada, T., Fujioka, R. and Yamanishi, Y.

    Clinical Case Reports   9 ( 8 )   e04580 - e04580   e04580   2021年08月

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    担当区分:最終著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1002/ccr3.4580

  • 薬剤群のシナジー効果の機序を解明する 招待有り

    山西芳裕

    実験医学, 5月号 ( 羊土社 )   39 ( 8 )   1257 - 1257   2021年04月

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    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • Lean-Docking: Exploiting Ligands’ Predicted Docking Scores to Accelerate Molecular Docking 査読有り 国際誌

    Berenger, F. Kumar, A., Zhang, K. and Yamanishi, Y.

    Journal of Chemical Information and Modeling   61 ( 5 )   2341 - 2352   2021年04月

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    担当区分:最終著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1021/acs.jcim.0c01452

    PubMed

  • Prediction of single-cell mechanisms for disease progression in hypertrophic remodelling by a trans-omics approach 査読有り 国際誌

    Hamano, M., Nomura, S., Iida, M., Komuro, I., and Yamanishi, Y.

    Scientific Reports   11 ( 1 )   8112 - 8112   Article number 8112   2021年04月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1038/s41598-021-86821-y

    PubMed

  • The novel driver gene ASAP2 is a potential druggable target in pancreatic cancer 査読有り 国際誌

    Fujii, A., Masuda, T., Iwata, M., Tobo, T., Wakiyama, H., Koike, K., Kosai, K., Nakano, T., Kuramitsu, S., Kitagawa, A., Sato, K., Kouyama, Y., Shimizu, D., Matsumoto, Y., Utsunomiya, T., Ohtsuka, T., Yamanishi, Y., Nakamura, M., and Mimori, K.

    Cancer Science   112 ( 4 )   1655 - 1668   2021年02月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1111/cas.14858

  • テンソル分解による薬物応答トランスクリプトームの予測と創薬応用 招待有り

    岩田通夫、Longhao Yuan、Qibin Zhao、田部井靖生、山西芳裕

    実験医学, 12月増刊号 ( 羊土社 )   95 - 101   2020年11月

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    担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • 特異的症状の症候学・診断学と AI:認知機能障害 招待有り

    三浦史郎、山西芳裕、大八木保政

    Clinical Neuroscience Vol.38 (20年) 11月号   2020年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • 人工知能を活用した創薬やヘルスケアへの展開 招待有り

    海東和麻、山西芳裕

    実験医学, 9月増刊号 ( 羊土社 )   177 - 183   2020年09月

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    担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • AIが拓くデータ駆動型創薬とリポジショニング 招待有り

    山西芳裕

    医学のあゆみ, 「AI技術が切り拓く未来の医療」特集 ( 医歯薬出版 )   274 ( 9 )   843 - 847   2020年08月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • Network-based characterization of disease–disease relationships in terms of drugs and therapeutic targets 査読有り 国際誌

    Iida, M., Iwata, M., and Yamanishi, Y.

    Bioinformatics   36   i516 - i524   2020年07月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa439

  • 深層学習によるデータ駆動型創薬 招待有り

    海東和麻、山西芳裕

    Precision Medicine 2020年5月号 ( 北隆館 )   3 ( 5 )   1 - 4   2020年04月

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    担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • Dual Graph Convolutional Neural Network for Predicting Chemical Networks 査読有り 国際誌

    Harada, S., Akita, H., Tsubaki, M., Baba, Y., Takigawa, I., Yamanishi, Y., and Kashima, H.

    BMC Bioinformatics   21 ( 3 )   94   2020年04月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1186/s12859-020-3378-0

  • Ranking Molecules with Vanishing Kernels and a Single Parameter: Active Applicability Domain Included 査読有り 国際誌

    Berenger, F. and Yamanishi, Y.

    Journal of Chemical Information and Modeling   60 ( 9 )   4376 - 4387   2020年04月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1021/acs.jcim.9b01075

  • Space-efficient Feature Maps for String Alignment Kernels 査読有り 国際誌

    Tabei, Y., Yamanishi, Y., and Pagh, R.

    Data Science and Engineering   5   168 - 179   2020年03月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1007/s41019-020-00120-6

  • In silico systems for predicting chemical-induced side effects using known and potential chemical protein interactions, enabling mechanism estimation, "jointly worked" 査読有り 国際誌

    Amano, Y., Honda, H., Sawada, R., Nukada, Y., Yamane, M., Ikeda, N., Morita, O., and Yamanishi, Y.

    Journal of Toxicological Sciences   45 ( 3 )   137 - 149   2020年03月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.2131/jts.45.137

  • Space-efficient Feature Maps for Scalable Alignment Kernels,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Tabei, Y., Yamanishi, Y., and Pagh, R.

    the 19th IEEE International Conference on Data Mining (ICDM2019)   2020年01月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)

    DOI: 10.1109/ICDM.2019.00166

  • Prediction of the Health Effects of Food Peptides and Elucidation of the Mode-of-action Using Multi-task Graph Convolutional Neural Network,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Fukunaga, I., Sawada, R., Shibata, T., Kaitoh, K., Sakai, Y., and Yamanishi, Y.

    Molecular Informatics   39 ( 1-2 )   e1900134   2020年01月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1002/minf.201900134

  • Omics-based identification of glycan structures as biomarkers for a variety of diseases,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Akiyoshi, S., Iwata, M., Berenger, F., and Yamanishi, Y.

    Molecular Informatics   39 ( 1-2 )   e1900112   2020年01月

     詳細を見る

    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1002/minf.201900112

  • Predicting drug-induced transcriptome responses of a wide range of human cell lines by a novel tensor-train decomposition algorithm,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Iwata, M., Yuan, L., Zhao, Q., Tabei, Y., Berenger, F., Sawada, R., Akiyoshi, S., Hamano, M., and Yamanishi, Y.

    Bioinformatics   35 ( 14 )   i191 - i199   2019年07月

     詳細を見る

    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1093/bioinformatics/btz313

  • Network-based characterization of drug-protein interaction signatures with a space-efficient approach,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Tabei, Y., Kotera, M., Sawada, R., and Yamanishi, Y.

    BMC Systems Biology   13 ( 2 )   39   (Special Issue of APBC2019)   2019年04月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1186/s12918-019-0691-1

  • 人工知能とビッグデータで安全な薬をつくる 招待有り

    山西芳裕

    科学技術.com ( 科学技術.com )   2019年04月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)

    その他リンク: https://st-db.com/about

  • 機械学習によるデータ駆動型ドラッグリポジショニング 招待有り

    山西芳裕

    医学のあゆみ, 「創薬インフォマティクス」特集 ( 医歯薬出版株式会社 )   268 ( 12 )   973 - 977   2019年03月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • 漢方薬の効能を予測するアルゴリズム/データベースの開発 招待有り

    山西芳裕、門脇真

    バイオサイエンスとインダストリー ( 一般財団法人 バイオインダストリー協会 )   77 ( 2 )   126 - 127   2019年03月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • 生命医科学や創薬における機械学習の最前線 招待有り

    山西芳裕

    化学と教育 ( 公益社団法人 日本化学会 )   67 ( 2 )   66 - 79   2019年02月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(その他)

  • Chemoinformatics and Structural Bioinformatics in OCaml,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Berenger, F., Zhang, K., and Yamanishi, Y.

    Journal of Cheminformatics   11 ( 1 )   10   2019年02月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1186/s13321-019-0332-0

  • 化合物の薬効や副作用をビッグデータから予測する機械学習 招待有り

    山西芳裕

    化学工業 ( 株式会社 化学工業社 )   70 ( 2 )   64 - 68   2019年02月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • A Distance-Based Boolean Applicability Domain for Classification of High Throughput Screening Data,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Berenger, F. and Yamanishi, Y.

    Journal of Chemical Information and Modeling   59 ( 1 )   463 - 476   2019年01月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1021/acs.jcim.8b00499

  • 一般化合物の毒性予測 招待有り

    山西芳裕

    日本化学会情報化学部会誌 CICSJ Bulletin ( 日本化学会 情報化学部会 )   36 ( 3 )   42   2018年12月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • Pathway-based drug repositioning for cancers: computational prediction and experimental validation ,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Iwata, M., Hirose, L., Kohara, H., Liao, J., Sawada, R., Akiyoshi, S., Tani, K., and Yamanishi, Y.

    Journal of Medicinal Chemistry   61 ( 21 )   9583 - 9595   2018年10月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1021/acs.jmedchem.8b01044

  • データ駆動型ドラッグリポジショニング 招待有り

    山西芳裕

    Precision Medicine ( 北隆館 )   1 ( 1 )   36 - 39   2018年10月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • MIBG Myocardial Scintigraphy in Progressive Supranuclear Palsy ,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Kamada, T., Miura, S., Kida, H., Irie, K., Yamanishi, Y., Hoshino, T., and Taniwaki, T.

    Journal of the Neurological Sciences   396   3 - 7   2018年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1016/j.jns.2018.10.019

  • Cervical dystonia in Parkinson's disease: Retrospective study of later-stage clinical features ,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Kida, H., Miura, S., Yamanishi, Y., Takahashi, T., Kamada, T., Yorita, A., Ayabe, M., Kida, H., Hoshino, T., and Taniwaki, T.

    Neurology Asia   23 ( 3 )   245 - 251   2018年09月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • KampoDB, database of predicted targets and functional annotations of natural medicines ,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Sawada, R., Iwata, M., Umezaki, M., Usui, Y., Kobayashi, T., Kubono, T., Hayashi, S., Kadowaki, M., and Yamanishi, Y.

    Scientific Reports   8   11216   2018年07月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1038/s41598-018-29516-1

    その他リンク: http://www.nature.com/srep/index.html

  • In silico解析を活用したドラッグリポジショニングによる創薬 招待有り

    山西芳裕

    薬剤学 ( 公益社団法人 日本薬剤学会 )   78 ( 2 )   77 - 81   2018年03月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(その他)

  • Predicting inhibitory and activatory drug targets by chemically and genetically perturbed transcriptome signatures,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Sawada, R., Iwata, M., Tabei, Y., Yamato, H., and Yamanishi, Y.

    Scientific Reports   8   156   2018年01月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1038/s41598-017-18315-9

  • インシリコによるドラッグリポジショニング研究 招待有り

    山西芳裕

    PHARMSTAGE, 11月号 ( 技術情報協会 )   17 ( 8 )   15 - 19   2017年10月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • データ駆動型の創薬~統計的手法を用いて 招待有り

    山西芳裕

    実験医学 増刊号 ( 羊土社 )   35 ( 5 )   231 - 234   2017年03月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • Elucidating the modes of action for bioactive compounds in a cell-specific manner by large-scale chemically-induced transcriptomics,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Iwata, M., Sawada, R., Iwata, H., Kotera, M., and Yamanishi, Y.

    Scientific Reports   7   40164   2017年01月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1038/srep40164

  • Scalable partial least squares regression on grammar-compressed data matrices ,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Tabei, Y., Saigo, H., Yamanishi, Y., and Puglisi, S.J.

    Proceedings of the 22nd ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD2016)   1875 - 1884   2016年08月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)

  • GGIP: structure and sequence-based GPCR-GPCR interaction pair predictor ,"jointly worked" 査読有り 国際誌

    Nemoto, W., Yamanishi, Y., Limviphuvadh, V., Saito, A., and Toh, H.

    PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics   84 ( 9 )   1224 - 1233   2016年08月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

    DOI: 10.1002/prot.25071

  • Simultaneous prediction of enzyme orthologs from chemical transformation patterns for de novo metabolic pathway reconstruction,"jointly worked" 査読有り

    Tabei, Y., Saigo, H., Yamanishi, Y., and Puglisi, S.J.

    Bioinformatics   32 ( 12 )   i278 - i287   2016年06月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Predicting target proteins for drug candidate compounds based on drug-induced gene expression data in a chemical structure-independent manner,"jointly worked" 査読有り

    Hizukuri, Y., Sawada, R., and Yamanishi, Y.

    BMC Medical Genomics   8   82   2015年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Large-scale prediction of beneficial drug combinations using drug efficacy and target profiles,"jointly worked" 査読有り

    Iwata, H., Sawada, R., Mizutani, S., Kotera, M., and Yamanishi, Y.

    Journal of Chemical Information and Modeling   55 ( 12 )   2717 - 2730   2015年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Target-based drug repositioning using large-scale chemical-protein interactome data,"jointly worked" 査読有り

    Sawada, R., Iwata, H., Mizutani, S., and Yamanishi, Y.

    Journal of Chemical Information and Modeling   55 ( 12 )   2717 - 2730   2015年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Mining discriminative patterns from graph data with multiple labels and its application to QSAR,"jointly worked" 査読有り

    Shao, Z. Hirayama, Y., Yamanishi, Y., and Saigo, H.

    Journal of Chemical Information and Modeling   55 ( 12 )   2519 - 2527   2015年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • ビッグデータに基づくインシリコDRスクリーニング 招待有り

    山西芳裕

    実験医学 7月号 ( 羊土社 )   33 ( 11 )   1824 - 1828   2015年06月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

  • Metabolome-scale de novo pathway reconstruction using regioisomer-sensitive graph alignments,"jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y.*, Tabei, Y.*, and Kotera, M. (* Joint first author)

    Bioinformatics   31 ( 12 )   i161 - i170   2015年06月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • バイオインフォマティクスやケモインフォマティクスにおける機械学習 招待有り

    山西芳裕

    人工知能 ( 人工知能学会 )   30 ( 2 )   224 - 229   2015年02月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(その他)

  • Systematic drug repositioning for a wide range of diseases with integrative analyses of phenotypic and molecular data,"jointly worked" 査読有り

    Iwata, H., Sawada, R., Mizutani, S., and Yamanishi, Y.

    Journal of Chemical Information and Modeling   55 ( 2 )   446 - 459   2015年01月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Benchmarking a wide range of chemical descriptors for drug-target interaction prediction using a chemogenomic approach,"jointly worked" 招待有り 査読有り

    Sawada, R., Kotera, M., and Yamanishi, Y.

    Molecular Informatics   33   719 - 731   2014年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Metabolome-scale prediction of intermediate compounds in multi-step metabolic pathways with a recursive supervised approach,"jointly worked" 査読有り

    Kotera, M.*, Tabei, Y.*, Yamanishi, Y.*, Muto, A., Moriya, Y., Tokimatsu, T., and Goto, S. (* Joint first author)

    Bioinformatics   30   i165 - i174   2014年06月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • DINIES: drug-target interaction network inference engine based on supervised analysis ,"jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y.*, Kotera, M.*, Moriya, Y.*, Sawada, R., Kanehisa, M., and Goto, S. (* Joint first author)

    Nucleic Acids Research   42   W39 - W45   2014年05月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Inferring chemogenomic features from drug-target interaction networks,"jointly worked" 招待有り 査読有り

    Yamanishi, Y.

    Molecular Informatics   32 ( 11-12 )   991 - 999   2013年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Inferring protein domains associated with drug side effects based on drug-target interaction network ,"jointly worked" 査読有り

    Iwata, H., Mizutani, S., Tabei, Y., Kotera, M., Goto, S., and Yamanishi, Y.

    BMC Systems Biology   7 ( Suppl 6 )   S18   2013年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • KCF-S: KEGG Chemical Function and Substructure for improved interpretability and prediction in chemical bioinformatics,"jointly worked" 査読有り

    Kotera, M.*, Tabei, Y.*, Yamanishi, Y.*, Moriya, Y., Tokimatsu, T., Kanehisa, M., and Goto, S. (* Joint first author)

    BMC Systems Biology   7 ( Suppl 6l )   S2   2013年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Scalable prediction of compound-protein interactions using minwise hashing,"jointly worked" 査読有り

    Tabei, Y. and Yamanishi, Y.

    BMC Systems Biology   7 ( Suppl 6 )   S3   2013年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Succinct Interval Splitting Tree for Scalable Similarity Search of Compound-Protein Pairs with Property Constraints,"jointly worked" 査読有り

    Tabei, Y., Kishimoto, A., Kotera, M., and Yamanishi, Y.

    Proceedings of the 19th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD2013)   176 - 184   2013年08月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)

  • Supervised de novo reconstruction of metabolic pathways from metabolome-scale compound sets,"jointly worked" 査読有り

    Kotera, M.*, Tabei, Y.*, Yamanishi, Y.*, Tokimatsu, T., and Goto, S. (* Joint first author)

    Bioinformatics   29 ( 13 )   i135 - i144   2013年06月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • KEGG OC: A large-scale automatic construction of taxonomy-based ortholog clusters,"jointly worked" 査読有り

    Nakaya, A., Katayama, T., Itoh, M., Hiranuka, K., Kawashima, S., Moriya, Y., Okuda, S., Tanaka, M., Tokimatsu, T., Yamanishi, Y., Yoshizawa, A., Kanehisa, M., and Goto, S.

    Nucleic Acids Research   41   D353 - D357   2012年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Drug side-effect prediction based on the integration of chemical and biological spaces,"jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y., Pauwels, E., and Kotera, M.

    Journal of Chemical Information and Modeling   52 ( 12 )   3284 - 3292   2012年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Network completion using dynamic programming and least-squares fitting,"jointly worked" 査読有り

    Nakajima, N., Tamura, T., Yamanishi, Y., Horimoto, K. and Akutsu, T.

    The Scientific World Journal   957620   2012年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Drug target prediction using adverse event report systems: a pharmacogenomic approach,"jointly worked" 査読有り

    Takarabe, M., Kotera, M., Nishimura, Y., Goto, S., and Yamanishi, Y.

    Bioinformatics   28   i611 - i618   2012年09月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Identification of chemogenomic features from drug-target interaction networks using interpretable classifiers,"jointly worked" 査読有り

    Tabei, Y., Pauwels, E., Stoven, V., Takemoto, K., and Yamanishi, Y.

    Bioinformatics   28   i487 - i494   2012年09月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Relating drug-protein interaction network with drug side-effects,"jointly worked" 査読有り

    Mizutani, S., Pauwels, E., Stoven, V., Goto, S., and Yamanishi, Y.

    Bioinformatics   28   i522 - i528   2012年09月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • GENIES: gene network inference engine based on supervised analysis,"jointly worked" 査読有り

    Kotera, M.*, Yamanishi, Y.*, Moriya, Y.*, Kanehisa, M., and Goto, S. (* Joint first author)

    Nucleic Acids Research   40   W162 - W167   2012年05月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Predicting drug side-effect profiles: a chemical fragment-based approach,"jointly worked" 査読有り

    Pauwels, E., Stoven, V., and Yamanishi, Y.

    BMC Bioinformatics   12   169   2011年05月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Extracting sets of chemical substructures and protein domains governing drug-target interactions,"jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y., Pauwels, E., Saigo, H. and Stoven, V.

    Journal of Chemical Information and Modeling   51 ( 5 )   1183 - 1194   2011年04月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Cartesian Kernel: An Efficient Alternative to the Pairwise Kernel 査読有り

    Kashima, H., Oyama, S., Yamanishi, Y., and Tsuda, K.

    IEICE Transaction on Information and Systems   E93-D ( 10 )   1183 - 1194   2010年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Integer programming-based method for completing signaling pathways and its application to analysis of colorectal cancer,"jointly worked" 査読有り

    Tamura, T., Yamanishi, Y., Tanabe, M., Goto, S., Kanehisa, M., Horimoto, K., and Akutsu, T.

    Genome Informatics   24   193 - 203   Special Issue of IBSB2010   2010年09月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Drug-target interaction prediction from chemical, genomic and pharmacological data in an integrated framework ,"jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y., Kotera, M., Kanehisa, M., and Goto, S.

    Bioinformatics   26   i246 - i254   2010年06月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Simultaneous Inference of Biological Networks of Multiple Species from Genome-wide Data and Evolutionary Information: A Semi-supervised Approach,"jointly worked" 査読有り

    Kashima, H., Yamanishi, Y., Kato, T., Sugiyama, M., and Tsuda, K.

    Bioinformatics   25   2962 - 2968   2009年09月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Supervised prediction of drug-target interactions using bipartite local models,"jointly worked" 査読有り

    Bleakley, K. and Yamanishi, Y.

    Bioinformatics   25   2397 - 2403   2009年07月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Supervised Bipartite Graph Inference 査読有り

    Yamanishi, Y.

    Advances in Neural Information Processing Systems 21 (Koller, D., Schuurmans, D., Bengio, Y. and Bottou, L. eds.)   1841 - 1848   2009年06月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)

  • E-zyme: predicting potential EC numbers from the chemical transformation pattern of substrate-product pairs,"jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y.*, Hattori, M.*, Kotera, M.*, Goto, S., and Kanehisa, M. (* Joint first author)

    Bioinformatics   25   i179 - i186   2009年05月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Link Propagation: A Fast-semi Supervised Learning Algorithm for Link Prediction,"jointly worked" 査読有り

    Kashima, H., Kato, T., Yamanishi, Y., Sugiyama, M., and Tsuda, K.

    Proceedings of the 9th SIAM Conference on Data Mining (SDM)   1099 - 1110   2009年04月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)

  • On Pairwise Kernels: An Efficient Alternative and Generalization Analysis,"jointly worked" 査読有り

    Kashima, H., Oyama, S., Yamanishi, Y., and Tsuda, K.

    Proceedings of the 13th Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD), Lecture Notes in Artificial Intelligence   5476   1030 - 1037   2009年04月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)

  • Prediction of drug-target interaction networks from the integration of chemical and genomic spaces,"jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y., Araki, M., Gutteridge, A., Honda, W., and Kanehisa, M.

    Bioinformatics   24   i232 - i240   2008年07月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • KEGG for linking genomes to life and the environment,"jointly worked" 査読有り

    Kanehisa, M., Araki, M., Goto, S., Hattori, M., Hirakawa, M., Itoh, M., Katayama, T., Kawashima, S., Okuda, S., Tokimatsu, T., and Yamanishi, Y.

    Nucleic Acids Research   36 ( suppl_1 )   D480 - D484   2007年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • An improved scoring scheme for predicting glycan structures from gene expression data,"jointly worked" 査読有り

    Suga, A., Yamanishi, Y., Hashimoto, K., Goto, S., and Kanehisa, M.

    Genome Informatics   18 ( 1 )   237 - 246   2007年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Inference of Protein-Protein Interactions by Using Co-evolutionary Information,"jointly worked" 査読有り

    Sato, T., Yamanishi, Y., Horimoto, K., Kanehisa, M., and Toh, H.

    Proceedings of the 2nd international conference on Algebraic Biology (Anai, H., Horimoto, K. and Kutsia, T. eds.), Lecture Notes in Computer Science 4545   322 - 333   2007年07月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)

  • Kernel matrix regression,"jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y. and Vert, J.-P.

    Proceedings of the 12th International Conference on Applied Stochastic Models and Data Analysis (ASMDA 2007)   The longer version is found in Technical Report HAL-00133355   2007年05月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)

  • Prediction of missing enzyme genes in a bacterial metabolic network: Reconstruction of the lysine-degradation pathway of Pseudomonas aeruginosa,”jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y., Mihara, H., Osaki, M., Muramatsu, H., Esaki, N., Sato, T., Hizukuri, Y., Goto, S., and Kanehisa, M.

    FEBS Journal   274   2262 - 2273   2007年03月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Prediction of nitrogen metabolism-related genes in Anabaena by kernel-based network analysis,”jointly worked" 査読有り

    Okamoto, S., Yamanishi, Y., Ehira, S., Kawashima, S., Tonomura, K., and Kanehisa, M.

    Proteomics   7 ( 6 )   900 - 909   2007年03月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Glycan Classification with Tree Kernels,"jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y., Bach, F., and Vert, J.-P.

    Bioinformatics   23 ( 10 )   1211 - 1216   2007年03月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Sensitivity Analysis in Kernel Principal Component Analysis,”jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y. and Tanaka, Y.

    Compstat 2006: Proceedings in Computational Statistics, Rizzi, A. and Vichi, M. (Eds.)   787 - 794   2006年08月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)

  • Partial correlation coefficient between distance matrices as a new indicator of protein-protein interactions,”jointly worked" 査読有り

    Sato, T., Yamanishi, Y., Horimoto, K., Kanehisa, M., and Toh, H.

    Bioinformatics   22 ( 20 )   2488 - 2492   2006年07月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Estimating Protein Network from Multiple Genomic Data by Kernel Methods,”jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y. and Vert, J.-P.

    Proceedings of the Institute of Statistical Mathematics   54 ( 2 )   357 - 373   2006年07月

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Alteration of Gene Expression in Hepatitis B Virus DNA integrated human hepatocellular carcinoma,”jointly worked" 査読有り

    Tamori, A., Yamanishi, Y., Kawashima, S., Kanehisa, M., Enomoto, M., Tanaka, H., Kubo, S., Shiomi, S., and Nishiguchi, S.

    Clinical Cancer Research   11 ( 16 )   5821 - 2826   2005年08月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Extraction of leukemia specific glycan motifs by computational comparative glycomics,”jointly worked" 査読有り

    Hizukuri, Y., Yamanishi, Y., Nakamura, O., Yagi, F., Goto, S., and Kanehisa, M.

    Carbohydrate Research   340 ( 14 )   2270 - 2278   2005年08月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • The inference of protein-protein interactions by co-evolutionary analysis is improved by excluding phylogenetic relationships,”jointly worked" 査読有り

    Sato, T., Yamanishi, Y., Kanehisa, M., and Toh, H.

    Bioinformatics   21 ( 17 )   3482 - 3489   2005年06月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Supervised Enzyme Network Inference from the Integration of Genomic Data and Chemical Information,”jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y., Vert, J.-P. and Kanehisa, M.

    Bioinformatics   21   i468 - i477   2005年06月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Supervised graph inference,”jointly worked" 査読有り

    Vert, J.-P. and Yamanishi, Y.

    Advances in Neural Information Processing Systems 17   1433 - 1440   2005年05月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Sensitivity Analysis in Functional Principal Component Analysis,”jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y. and Tanaka, Y.

    Computational Statistics   20 ( 2 )   313 - 329   2005年04月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Protein Network Inference from Multiple Genomic Data: A Supervised Approach,”jointly worked" 査読有り

    Bioinformatics

    Bioinformatics   20   i363 - i370   2004年08月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Extraction of Species-specific Glycan Substructures,”jointly worked" 査読有り

    Hizukuri, Y., Yamanishi, Y., Hashimoto, K. and Kanehisa, M.

    Genome Informatics   15 ( 1 )   69 - 81   Special Issue of IBSB2004   2004年07月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Extraction of Correlated Gene Clusters from Multiple Genomic Data by Generalized Kernel Canonical Correlation Analysis ,”jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y., Vert, J.-P., Nakaya, A. and Kanehisa, M.

    Bioinformatics   19   i323 - i330   Special Issue of ISMB2003   2003年07月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Geographically Weighted Functional Multiple Regression Analysis: A Numerical Investigation,”jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y. and Tanaka, Y.

    Journal of Japanese Society of Computational Statistics   15 ( 2 )   307 - 317   2003年06月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

  • Extraction of Organism Groups from Phylogenetic Profiles Using Independent Component Analysis,”jointly worked" 査読有り

    Yamanishi, Y., Itoh, M. and Kanehisa, M.

    Genome Informatics   13   61 - 70   Special Issue of GIW2002   2002年05月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)

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著書

  • ダイレクトリプログラミング  ~再生医療の新展開~

    江口凌平, 濱野桃子, 岩田通夫, 中村透, 沖真弥, 山西芳裕(共著 ,  範囲: 第8章 データ駆動型ダイレクトリプログラミング)

    エヌ・ティー・エス  2020年08月  ( ISBN:9784860436711

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    記述言語:日本語

  • 人工知能を活用した医薬品化合物の効能および副作用の予測", 人工知能を活用した研究開発の効率化と導入・実用化《事例集》

    山西芳裕(分担執筆)

    技術情報協会  2019年12月  ( ISBN:9784861047718

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    記述言語:日本語

  • Systems Chemical Biology, Methods in Molecular Biology Series (Ziegler, S., eds.),"jointly worked"

    Iwata, M. and Yamanishi, Y.(共著 ,  範囲: The use of large-scale chemically-induced transcriptome data acquired from LINCS to study small molecules)

    Springer  2018年12月  ( ISBN:9781493988907

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    記述言語:英語

  • Chemical Information Bulletin, A Publication of the Division of Chemical Information of the ACS (Currano, J.N., eds.), Winter 2018

    Yamanishi, Y.(単著 ,  範囲: Data-driven drug discovery and repositioning by machine learning methods)

    A Publication of the Division of Chemical Information of the ACS  2018年12月 

     詳細を見る

    記述言語:英語

  • Computational Chemogenomics, Methods in Molecular Biology Series (Brown, J.B., eds.)

    Yamanishi, Y.(編集 ,  範囲: Linear and Kernel Model Construction Methods for Predicting Drug–Target Interactions in a Chemogenomic Framework)

    Springer  2018年10月  ( ISBN:9781493986385

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    記述言語:英語

  • Data Mining for Systems Biology, Methods in Molecular Biology Series (Mamitsuka, H., eds.)

    Yamanishi, Y.(編集 ,  範囲: Sparse modeling to analyze drug-target interaction networks)

    Springer  2018年07月  ( ISBN:9781493985609

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    記述言語:英語

  • Agriculture as a metaphor for creativity in all human endeavors ,"jointly worked"

    Yamanishi, Y., Tabei, Y.,and Kotera, M.(共著 ,  範囲: Statistical machine learning for agriculture and human healthcare based on biomedical big data)

    Springer  2018年03月  ( ISBN:9789811078101

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    記述言語:英語

  • "in-silicoを用いた薬効・副作用の予測", in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術(共著)

    村上洋一他(共著)

    技術情報協会  2018年01月  ( ISBN:9784861046889

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    記述言語:日本語

  • Post-Genomic Approaches in Drug and Vaccine Development (Sakharkar, K.R., Sakharkar, M.K, and Chandra, R. eds.),"jointly worked"

    Sakharkar, K.R., Sakharkar, M.K, and Chandra, R. eds.,Yamanishi, Y.(単著 ,  範囲: Statistical Methods to Predict Drug Side-Effects)

    River Publishers  2015年04月  ( ISBN:9788793102842

     詳細を見る

    記述言語:英語

  • Data Mining for Systems Biology, Methods in Molecular Biology Series(DeLisi, C., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H., eds.),"jointly worked"

    DeLisi, C., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H., eds.,Yamanishi, Y.(単著 ,  範囲: Chemogenomic approaches to infer drug-target interaction networks)

    Springer  2012年11月  ( ISBN: 9781627031066

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    記述言語:英語

  • Sequence and Genome Analysis: Methods and Applications,"jointly worked"

    Sato T., Yamanishi, Y., Kanehisa M., Horimoto K. and Toh H.(共著 ,  範囲: Improvement of the mirrortree method by extracting evolutionary information)

    CreateSpace Independent Publishing Platform (iConcept Press)  2011年03月  ( ISBN:9781453753859

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    記述言語:英語

  • Chemoinformatics and Advanced Machine Learning Perspectives: Complex Computational Methods and Collaborative Techniques (Lodhi, H. and Yamanishi, Y., eds.),"jointly worked"

    Yamanishi, Y. and Kashima, H.(共著 ,  範囲: Prediction of compound-protein interactions with machine learning methods)

    IGI Global  2010年07月  ( ISBN:9781615209118

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    記述言語:英語

  • Chemoinformatics and Advanced Machine Learning Perspectives: Complex Computational Methods and Collaborative Techniques (Lodhi, H. and Yamanishi, Y., eds.) ,"jointly worked"

    Lodhi, H. and Yamanishi, Y.(共編者(共編著者))

    IGI Global  2010年07月  ( ISBN:9781615209118

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    記述言語:英語

  • Elements of Computational Systems Biology (Lodhi, H. and S. Muggleton, S., eds.),"jointly worked"

    Yamanishi, Y.(単著 ,  範囲: Supervised inference of metabolic networks from the integration of genomic data and chemical information)

    Wiley  2010年02月  ( ISBN:9780470180938

     詳細を見る

    記述言語:英語

  • バイオインフォマティクス事典

    相田拓洋他(共著)

    共立出版  2006年07月  ( ISBN:9784320056282

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    記述言語:日本語

  • Kernel Methods in Computational Biology (Schoelkopf, B. and Tsuda, K. and Vert, J.-P., eds.),"jointly worked"

    Yamanishi, Y., Vert, J.-P., and Kanehisa, M.(共著 ,  範囲: Heterogeneous data comparison and gene selection with kernel canonical correlation analysis)

    MIT Press  2004年07月  ( ISBN:9780262195096

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    記述言語:英語

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口頭発表・ポスター発表等

  • 機械学習による食品の機能性の網羅的な予測と作用機序の解明

    柴田友和、田中由祐、田口大夢、澤田隆介、青柳守紘、平尾宜司, 山西芳裕

    日本薬学会 第142年会  2022年03月 

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    開催期間: 2022年03月25日 - 2022年03月28日   記述言語:日本語  

  • 新奇化学構造を重点的に発生させる構造生成器

    海東和麻, 山西芳裕

    日本薬学会 第142年会  2022年03月 

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    開催期間: 2022年03月25日 - 2022年03月28日   記述言語:日本語  

  • AlphaFold2から得られたヒト全タンパク質立体構造への結合親和性を考慮したドラッグリポジショニング

    坂尻由子, 柴田友和, 澤田隆介, 山西芳裕

    日本薬学会 第142年会  2022年03月 

     詳細を見る

    開催期間: 2022年03月25日 - 2022年03月28日   記述言語:英語  

  • AlphaFold2より得られたヒト全タンパク質立体構造との結合親和性に基づく医薬品化合物の副作用予測

    澤田隆介, 坂尻由子, 柴田友和, 山西芳裕

    日本薬学会 第142年会  2022年03月 

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    開催期間: 2022年03月25日 - 2022年03月28日   記述言語:日本語  

  • トランスオミクス解析によるダイレクトリプログラミング誘導転写因子の予測

    濱野桃子, 江口凌平, 岩田通夫, 中村透, 山西芳裕

    第21回日本再生医療学会  2022年03月 

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    開催期間: 2022年03月17日 - 2022年03月19日   記述言語:日本語  

  • AlphaFold2より得られたヒト全タンパク質立体構造に基づくドッキングシミュレーションと薬効予測

    坂尻由子, 柴田友和, 澤田隆介, 山西芳裕

    第49回構造活性相関シンポジウム  2021年11月 

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    開催期間: 2021年11月18日 - 2021年11月19日   記述言語:日本語  

  • 遺伝子発現プロファイルから医薬候補化合物を設計する構造生成器

    海東和麻, 山西芳裕

    第49回構造活性相関シンポジウム  2021年11月 

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    開催期間: 2021年11月18日 - 2021年11月19日   記述言語:日本語  

  • Transformer-based Generative Adversarial Networks for Generating Molecules with Desired Properties

    Chen Li, 海東 和麻, 山西芳裕

    情報計算化学生物学会(CBI学会)2021年大会  2021年10月 

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    開催期間: 2021年10月26日 - 2021年10月28日   記述言語:英語  

  • Food digital transformation: large-scale prediction of food functions and elucidation of the mode-of-action

    柴田友和、田中由祐、田口大夢、澤田隆介、青柳守紘、平尾宜司, 山西芳裕

    情報計算化学生物学会(CBI学会)2021年大会  2021年10月 

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    開催期間: 2021年10月26日 - 2021年10月28日   記述言語:日本語  

  • Omics-based Generation of Drug Candidate Molecules with Desired Phenotypes by Machine Learning

    海東 和麻, 山西芳裕

    情報計算化学生物学会(CBI学会)2021年大会  2021年10月 

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    開催期間: 2021年10月26日 - 2021年10月28日   記述言語:日本語  

  • Estimation of disease preventive drugs and therapeutic targets using clinical big data

    岡本紗枝、澤田隆介, 山西芳裕

    情報計算化学生物学会(CBI学会)2021年大会  2021年10月 

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    開催期間: 2021年10月26日 - 2021年10月28日   記述言語:日本語  

  • From drug repositioning to target repositioning: omics-based prediction of therapeutic targets for a variety of diseases

    難波里子、岩田通夫、山西芳裕

    情報計算化学生物学会(CBI学会)2021年大会  2021年10月 

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    開催期間: 2021年10月26日 - 2021年10月28日   記述言語:日本語  

  • 心筋細胞の核形態画像を用いた機械学習による心不全の診断モデルの構築

    Hiroki Kiyoshima, Momoko Hamano, Kanna Fujita, Satoshi Ko, Seitarou Nomura, Issei Komuro, and Yoshihiro Yamanishi

    第10回生命医薬情報学連合大会  2021年09月 

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    開催期間: 2021年09月27日 - 2021年09月29日   記述言語:日本語  

  • トランスクリプトームデータを用いたダイレクトリプログラミングを誘導する低分子化合物の組み合わせ予測

    濱野桃子、中村透、岩田通夫、江口凌平, 山西芳裕

    第10回生命医薬情報学連合大会 

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    開催期間: 2021年09月27日 - 2021年09月29日   記述言語:日本語  

  • 臨床ビッグデータからの疾患予防薬の探索と治療標的の推定

    岡本紗枝、澤田隆介, 山西芳裕

    第10回生命医薬情報学連合大会 

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    開催期間: 2021年09月27日 - 2021年09月29日   記述言語:日本語  

  • ターゲットリポジショニング:遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた創薬標的予測

    難波里子、岩田通夫、山西芳裕

    第10回生命医薬情報学連合大会 

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    開催期間: 2021年09月27日 - 2021年09月29日   記述言語:日本語  

  • テンソル分解による化合物応答シングルセルトランスクリプトームの予測を介したパスウェイ軌道解析

    Michio Iwata, Hiroaki Mutsumine, Yusuke Nakayama, Naomasa Suita, and Yoshihiro Yamanishi

    第10回生命医薬情報学連合大会  2021年09月 

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    開催期間: 2021年09月27日 - 2021年09月29日   記述言語:日本語  

  • トランスオミクスアプローチによる一細胞レベルの心不全分子メカニズムの解明 招待有り

    濱野桃子, 野村征太郎, 小室一成, 山西芳裕

    第65回 日本薬学会学術年会関東支部大会 

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    開催期間: 2021年09月11日   記述言語:日本語  

  • 新しい化合物表現法による医薬候補化合物設計を志向した深層生成モデルの構築

    海東 和麻, 山西芳裕

    日本薬学会 第141年会 

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    開催期間: 2021年03月27日 - 2021年03月29日   記述言語:日本語   開催地:オンライン  

  • 大規模オミクスデータ解析を介した低分子化合物によるダイレクトリプログラミング

    中村透, 岩田通夫, 濱野桃子, 江口凌平, 山西芳裕

    第43回 日本分子生物学会年会 

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    開催期間: 2020年12月02日 - 2020年12月04日   記述言語:日本語   開催地:福岡  

  • パイオニア転写因子を考慮したデータ駆動型ダイレクトリプログラミング

    江口凌平, 濱野桃子, 岩田通夫, 中村透, 沖真弥, 山西芳裕

    第43回 日本分子生物学会年会 

     詳細を見る

    開催期間: 2020年12月02日 - 2020年12月04日   記述言語:日本語   開催地:福岡  

  • 摂動応答トランスクリプトームを用いた創薬標的分子と治療薬の探索

    難波里子, 岩田通夫, 飯田緑, 山西芳裕

    第9回生命医薬情報学連合大会 

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    開催期間: 2020年09月01日 - 2020年09月03日   記述言語:日本語   開催地:オンライン  

  • A trans-omics approach to elucidate the mechanisms for disease progression in heart failure at the single-cell level

    濱野桃子, 野村征太郎, 小室一成, 山西芳裕

    第9回生命医薬情報学連合大会 

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    開催期間: 2020年09月01日 - 2020年09月03日   記述言語:日本語   開催地:オンライン  

  • Network-based characterization of disease–disease relationships in terms of drugs and therapeutic targets

    飯田緑, 岩田通夫, 山西芳裕

    第9回生命医薬情報学連合大会 

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    開催期間: 2020年09月01日 - 2020年09月03日   記述言語:日本語   開催地:オンライン  

  • 深層学習を用いた漢方薬リポジショニングと作用機序解析

    Douke, A., Sawada, R., Iwata, M., Sakai, Y., Kadowaki, M., and Yamanishi, Y.

    第9回生命医薬情報学連合大会 

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    開催期間: 2020年09月01日 - 2020年09月03日   記述言語:日本語   開催地:オンライン  

  • 深層学習による食品ペプチドの健康効果の予測と作用機序の解明

    Fukunaga, I., Sawada, R., Shibata, T., Kaitoh, K., Sakai, Y., and Yamanishi, Y

    第9回生命医薬情報学連合大会 

     詳細を見る

    開催期間: 2020年09月01日 - 2020年09月03日   記述言語:日本語   開催地:オンライン  

  • パイオニア転写因子を考慮したデータ駆動型ダイレクトリプログラミング

    江口凌平, 濱野桃子, 岩田通夫, 中村透, 沖真弥, 山西芳裕

    第9回生命医薬情報学連合大会 

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    開催期間: 2020年09月01日 - 2020年09月03日   記述言語:日本語   開催地:オンライン  

  • 低分子化合物によるパスウェイ制御を介したデータ駆動型ダイレクトリプログラミング

    中村透, 岩田通夫, 濱野桃子, 江口凌平, 山西芳裕

    第9回生命医薬情報学連合大会 

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    開催期間: 2020年09月01日 - 2020年09月03日   記述言語:日本語   開催地:オンライン  

  • Network-based characterization of disease–disease relationships in terms of drugs and therapeutic targets

    Iida, M., Iwata, M., and Yamanishi, Y.

    The 28th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2020) 

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    開催期間: 2020年07月13日 - 2020年07月16日   記述言語:英語  

  • 深層学習を活用した新規医薬候補化合物の構造生成

    海東和麻, 山西芳裕

    日本薬学会 第140年会 

     詳細を見る

    開催期間: 2020年03月25日 - 2020年03月28日   記述言語:日本語   開催地:京都  

  • Predicting drug-induced transcriptome responses of a wide range of human cell lines by a novel tensor-train decomposition algorithm

    Iwata, M.

    The 27rd International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 18th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2019) 

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    開催期間: 2019年07月21日 - 2019年07月29日   記述言語:英語   開催地:Basel, Switzerland  

  • 網羅的な既知/予測の化学物質-タンパク質間相互作用情報に基づくin silico 副作用予測モデル

    天野雄斗

    第46回日本毒性学会学術年会  日本毒性学会

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    開催期間: 2019年06月26日 - 2019年06月28日   記述言語:日本語   開催地:徳島  

  • A Distance-Based Boolean Applicability Domain for Classification of HTS Data

    Berenger, F.

    OpenEye CUP XIX  OpenEye

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    開催期間: 2019年03月05日 - 2019年03月07日   記述言語:英語   開催地:Santa Fe, France  

  • AI創薬:化合物の薬効を予測するデータ駆動型アプローチ

    山西芳裕

    第1回日本メディカルAI学会学術集会 

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    開催期間: 2019年01月25日 - 2019年01月26日   記述言語:日本語   開催地:東京  

  • Network-based characterization of drug-protein interaction signatures with a space-efficient approach

    Tabei, Y.

    The Seventeenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2019), 

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    開催期間: 2019年01月14日 - 2019年01月16日   記述言語:英語   開催地:Wuhan, China  

  • コスト低減を狙ったエコ創薬、AIによる新薬開発

    山西芳裕

    第2回さきがけ研究者トーク・イベント 

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    開催期間: 2018年12月06日   記述言語:日本語  

  • 遺伝子発現機構を介したディジーゾーム解析による疾患間の関連性解析と治療薬探索

    岩田通夫

    第41回分子生物学会年会 

     詳細を見る

    開催期間: 2018年11月28日 - 2018年11月30日   記述言語:日本語   開催地:横浜  

  • 標的分子を考慮した医薬品化合物の副作用プロファイルの予測

    山西芳裕

    第41回ケモインフォマティクス討論会 

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    開催期間: 2018年10月26日 - 2018年10月27日   記述言語:日本語   開催地:熊本  

  • 漢方薬リポジショニング: ビッグデータと機械学習による漢方薬の効能予測

    澤田隆介

    第41回ケモインフォマティクス討論会 

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    開催期間: 2018年10月26日 - 2018年10月27日   記述言語:日本語   開催地:熊本  

  • Tensor-train分解アルゴリズムによる薬物応答遺伝子発現データからの創薬

    岩田通夫

    第41回ケモインフォマティクス討論会 

     詳細を見る

    開催期間: 2018年10月26日 - 2018年10月27日   記述言語:日本語   開催地:熊本  

  • Combining a bisector tree with the Tanimoto distance for similarity searches and beyond

    Francois Berenger

    第41回ケモインフォマティクス討論会 

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    開催期間: 2018年10月26日 - 2018年10月27日   記述言語:英語   開催地:熊本  

  • Kampo drug repositioning: Analysis of the mode-of-action and prediction of new indications of Kampo medicines

    Sawada, R.

    情報計算化学生物学会2018年大会 

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    開催期間: 2018年10月09日 - 2018年10月11日   記述言語:日本語   開催地:東京  

  • 転写因子を介したディジーゾーム解析による疾患間の関連性理解と創薬応用

    岩田通夫

    第7回生命医薬情報学連合大会 

     詳細を見る

    開催期間: 2018年09月19日 - 2018年09月21日   記述言語:英語   開催地:鶴岡  

  • Tensor-train分解アルゴリズムによる高次テンソル解析:薬物応答遺伝子発現データからの創薬

    岩田通夫

    2018年度統計関連学会連合大会 

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    開催期間: 2018年09月09日 - 2018年09月13日   記述言語:日本語   開催地:東京  

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講演

  • AIによるデータ駆動型創薬と分子設計

    日本薬学会 第142年会  2022年03月 

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    開催期間: 2022年03月25日 - 2022年03月28日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演   開催地:名古屋  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く医薬品・食品開発

    生物資源と触媒技術に基づく食・薬・材創生コンソーシアム 第5回シンポジウム  2022年03月 

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    開催期間: 2022年03月02日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療

    第26回 AI・データ利活用研究会  2021年12月 

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    発表言語:日本語   講演種別:招待講演  

  • Large-scale analysis of drug-induced transcriptome data by machine learning

    The 2nd ASHBi SignAC Workshop Integrating Single-cell Analysis and Mathematics  2021年12月 

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    開催期間: 2021年12月10日   発表言語:英語   講演種別:招待講演  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く生命医科学と創薬

    バイオDXの最前線 - JST戦略的創造研究推進事業 CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」キックオフシンポジウム  2021年11月 

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    開催期間: 2021年11月21日 - 2021年11月22日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演  

  • in silico解析(BD/機械学習)をつかった創薬/ドラッグリポジショニング

    サイエンス&テクノロジーセミナー  2021年11月 

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    開催期間: 2021年11月19日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療

    技術士CPD研鑽会  2021年11月 

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    発表言語:日本語   講演種別:招待講演  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療

    薬物動態談話会 第44年会  2021年11月 

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    発表言語:日本語   講演種別:特別講演  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療

    ゲノム創薬・創発フォーラム 第8回シンポジウム  2021年11月 

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    開催期間: 2021年11月04日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療

    情報計算化学生物学会(CBI学会)2021年大会  2021年10月 

     詳細を見る

    開催期間: 2021年10月26日 - 2021年10月28日   発表言語:日本語   講演種別:基調講演  

  • シナジー創薬学:情報・物質・生命の協奏による化合物相乗効果の統合理解と設計

    第11回化学フェスタ, 特別企画:「重水素学」の今 × 学術変革(B)「革新ラマン」「高分子精密分解」「シナジー創薬学」座談会  2021年10月 

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    発表言語:日本語   講演種別:招待講演  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬

    第80回日本癌学会学術総会  2021年10月 

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    開催期間: 2021年09月30日 - 2021年10月02日   発表言語:英語   講演種別:招待講演   開催地:横浜  

  • 機械学習によるデータ駆動型研究が拓くヘルスケア

    第10回生命医薬情報学連合大会  2021年09月 

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    発表言語:日本語   講演種別:招待講演  

  • シナジー創薬学:情報・物質・生命の協奏による化合物相乗効果の統合理解と設計

    第10回生命医薬情報学連合大会  2021年09月 

     詳細を見る

    開催期間: 2021年09月27日 - 2021年09月29日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演  

  • AI創薬開発-データ駆動型創薬の最新技術動向と今後の展望

    情報機構セミナー  2021年09月 

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    発表言語:日本語   講演種別:招待講演  

  • 説明可能な機械学習モデルによる化合物の毒性・副作用予測

    第48回 日本毒性学会学術年会  2021年07月 

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    開催期間: 2021年07月07日 - 2021年07月09日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演   開催地:神戸  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬

    第 25 回日本がん分子標的治療学会学術集会日本薬学会  2021年05月 

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    開催期間: 2021年05月26日 - 2021年05月28日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演   開催地:オンライン  

  • 機械学習によるデータ駆動型創薬

    日本薬学会 第141年会  2021年03月 

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    開催期間: 2021年03月27日 - 2021年03月29日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演   開催地:オンライン  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬や医療

    第58回日本糖尿病学会関東甲信越地方会  2021年01月 

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    開催期間: 2021年01月30日 - 2021年01月31日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演   開催地:オンライン  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬や医療

    ALDOCKセミナー  2021年01月 

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    開催期間: 2021年01月19日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬や医療

    Science Pioneers Consortium (SPC) 2020  2020年12月 

     詳細を見る

    開催期間: 2020年12月19日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演   開催地:オンライン  

  • 多層オミクス解析による遺伝子発現機構のディジーゾーム解析と治療薬探索

    第43回 日本分子生物学会年会  2020年12月 

     詳細を見る

    開催期間: 2020年12月02日 - 2020年12月04日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演   開催地:オンライン  

  • AIによる漢方薬の作用機序解析と効能予測

    第2回日本東洋医学会福岡県部会  2020年10月 

     詳細を見る

    開催期間: 2020年10月24日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演   開催地:福岡  

  • オミックスデータから創薬ターゲットを予測する機械学習

    第9回生命医薬情報学連合大会  2020年09月 

     詳細を見る

    開催期間: 2020年09月01日 - 2020年09月03日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演   開催地:オンライン  

  • AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬や医療

    日本薬学会 第140年会, シンポジウム「医療ビッグデータを薬物治療と創薬に活かす」  2020年03月 

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    開催期間: 2020年03月25日 - 2020年03月28日   発表言語:日本語   講演種別:招待講演   開催地:京都  

  • AI技術による和漢薬の作用機序解析と効能予測

    第36回和漢医薬学会学術大会, シンポジウム「数理科学・情報科学と生命科学の融合―和漢医薬学研究の新地平へ向けて」  2019年08月  和漢医薬学会

     詳細を見る

    開催期間: 2019年08月31日 - 2019年09月01日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:富山  

  • Data-driven drug discovery and medical treatment by machine learning

    ACS Fall 2019 National Meeting & Exposition, Herman Skolnik Symposium  2019年08月 

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    開催期間: 2019年08月25日 - 2019年08月29日   発表言語:英語   講演種別:特別講演   開催地:San Diego, USA  

  • AI創薬:医薬ビッグデータと機械学習によるヘルスケア

    110周年フォーラムin東京  2019年08月  九州工業大学

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    開催期間: 2019年08月23日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:東京  

  • 有効性の再定義データ駆動型ドラッグリポジショニング

    IQVIAメディアセミナー  2019年07月  IQVIAソリューションズ ジャパン株式会社

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    開催期間: 2019年07月30日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:東京  

  • 人口知能とビッグデータで新薬を開発する

    夢ナビライブ  2019年07月  FROMPAGE

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    開催期間: 2019年07月20日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:名古屋  

  • AI創薬:化合物の薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ

    第46回日本毒性学会学術年会, シンポジウム「エピジェネティクス解析と人工知能による毒性オミクスの展開」  2019年06月  日本毒性学会

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    開催期間: 2019年06月26日 - 2019年06月28日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:徳島  

  • AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ

    第66回日本実験動物学会, シンポジウム「AIと動物実験」  2019年05月  日本実験動物学会

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    開催期間: 2019年05月15日 - 2019年05月17日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:福岡  

  • AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ

    第63回日本リウマチ学会総会・学術集会, シンポジウム「新しい解析技術と今後のリウマチ学の発展」  2019年04月  日本リウマチ学会

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    開催期間: 2019年04月15日 - 2019年04月17日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:京都  

  • オミックスデータ解析と機械学習による医療・創薬

    第83回日本循環器学会学術集会, シンポジウム「AMED(ゲノムプロジェクト):多因子疾患におけるゲノム医療の実現を目指して」  2019年03月 

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    開催期間: 2019年03月29日 - 2019年03月31日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:横浜  

  • AI創薬:化合物の薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ

    ファーマIT&デジタルエキスポ2019  2019年03月 

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    開催期間: 2019年03月18日 - 2019年03月19日   発表言語:英語   講演種別:特別講演   開催地:東京  

  • 機械学習によるデータ駆動型創薬とパスウェイ創薬

    第92回日本薬理学会年会, シンポジウム「ネットワーク・オミクス解析によるデータ駆動型創薬研究」  2019年03月 

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    開催期間: 2019年03月14日 - 2019年03月16日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:大阪  

  • AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ

    第31回日本動物実験代替法学会「薬物動態・薬効のall-in-one予測の最前線」  2018年11月 

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    開催期間: 2018年11月23日 - 2018年11月25日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:熊本  

  • AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ

    第31回日本動物実験代替法学会「薬物動態・薬効のall-in-one予測の最前線」  2018年11月 

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    開催期間: 2018年11月23日 - 2018年11月25日   発表言語:英語   講演種別:特別講演   開催地:熊本  

  • ディジーゾーム解析による疾患間の関連性理解と創薬応用

    第12回メタボロームシンポジウム  2018年10月 

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    開催期間: 2018年10月19日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:鶴岡  

  • AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ

    第39回 富山大学和漢医薬学総合研究所特別セミナー -数理科学・情報科学と生命科学の融合による 未病創薬・未病医療への展開 -  2018年10月 

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    開催期間: 2018年10月02日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:富山  

  • Data-driven drug discovery and repositioning by machine learning methods

    ACS Skolnik Symposium, "De novo design - Automating drug discovery" session  2018年08月 

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    開催期間: 2018年08月21日   発表言語:英語   講演種別:特別講演   開催地:Boston, USA  

  • AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ

    第二回学際的がん研究夏の学校  2018年07月 

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    開催期間: 2018年07月20日 - 2018年07月21日   発表言語:日本語   講演種別:特別講演   開催地:別府  

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報道関係

  • 病気類似性から創薬標的を探索 九州工大が機械学習法   新聞・雑誌

    山西芳裕

    日刊工業新聞  2020年08月24日

  • 新型コロナ新薬も…AIで進化する医薬品開発 “謎”の漢方も対象に   新聞・雑誌

    山西芳裕

    西日本新聞  2020年08月19日

  • 病気の類似性から創薬標的分子や治療薬を探索できる情報技術を開発   インターネットメディア

    山西芳裕

    QLifePro医療ニュース  2020年08月19日

  • 創薬標的探索に機械学習法‐分子ネットワーク活用へ   新聞・雑誌

    山西芳裕

    薬事日報  2020年08月07日

  • AI技術で漢方薬の再開発   新聞・雑誌

    山西芳裕

    薬事日報  2019年09月11日

  • 明快語録   新聞・雑誌

    山西芳裕

    医薬経済  2019年08月15日

  • 高精度な予測技術開発‐薬物応答の遺伝子発現   新聞・雑誌

    山西芳裕

    薬事日報  2019年08月09日

  • ヒトの細胞に薬物、遺伝子の反応予測   新聞・雑誌

    山西芳裕

    日本経済新聞  2019年07月15日

  • 薬物応答遺伝子発現を網羅的かつ高精度に予測する機械学習手法を開発   インターネットメディア

    山西芳裕

    QLifePro医療ニュース  2019年07月10日

  • 隠れた薬効 AIが発見   新聞・雑誌

    山西芳裕

    日本経済新聞  2019年04月22日

  • 既存薬、他病気への効果をAIで予測 タンパク質異常を照合 九工大教授がシステム化

    山西芳裕

    西日本新聞  2019年01月07日

  • セレンディピティーには頼らない、データ駆動型創薬を「証明」する

    山西芳裕

    日経バイオテク  2018年09月10日

  • 創薬で用いられ始めた人工知能   新聞・雑誌

    山西芳裕

    日経バイオテク  2017年10月09日

  • AI創薬の革新――低コスト・低リスクで迅速な新薬開発に向けて   インターネットメディア

    山西芳裕

    SYNODOS  2017年03月15日

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学術関係受賞

  • 田邊賞

    日本毒性学会   2021年07月08日

    山西芳裕

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    受賞国:日本国

  • 若手科学者賞

    文部科学省   2014年04月07日

    山西芳裕

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    受賞国:日本国

  • 所長賞 学生奨励賞

    京都大学化学研究所   2003年12月05日

    山西芳裕

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    受賞国:日本国

  • 情報計算化学生物学会2021年大会「口頭発表賞」

    情報計算化学生物学会   From drug repositioning to target repositioning: omics-based prediction of therapeutic targets for a variety of diseases   2021年10月28日

    難波里子、岩田通夫、山西芳裕

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    受賞国:日本国

  • 情報計算化学生物学会2021年大会「口頭発表賞」

    情報計算化学生物学会   Transformer-based Generative Adversarial Networks for Generating Molecules with Desired Properties   2021年10月28日

    Chen Li, 海東 和麻, 山西芳裕

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    受賞国:日本国

  • 第10回生命医薬情報学連合大会「優秀ポスター賞」

    日本バイオインフォマティクス学会   トランスクリプトームデータを用いたダイレクトリプログラミングを誘導する低分子化合物の組み合わせ予測   2021年09月29日

    濱野桃子、中村透、岩田通夫、江口凌平, 山西芳裕

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    受賞国:日本国

  • 第10回生命医薬情報学連合大会「優秀口頭発表賞」

    日本バイオインフォマティクス学会   テンソル分解による化合物応答シングルセルトランスクリプトームの予測を介したパスウェイ軌道解析   2021年09月29日

    Michio Iwata, Hiroaki Mutsumine, Yusuke Nakayama, Naomasa Suita, and Yoshihiro Yamanishi

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    受賞国:日本国

  • 第10回生命医薬情報学連合大会「優秀ポスター賞」

    日本バイオインフォマティクス学会   ターゲットリポジショニング:遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた創薬標的予測   2021年09月29日

    難波里子、岩田通夫、山西芳裕

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    受賞国:日本国

  • 第10回生命医薬情報学連合大会「優秀ポスター賞」

    日本バイオインフォマティクス学会   臨床ビッグデータからの疾患予防薬の探索と治療標的の推定   2021年09月29日

    岡本紗枝、澤田隆介, 山西芳裕

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    受賞国:日本国

  • 第9回生命医薬情報学連合大会「優秀ポスター賞」

    日本バイオインフォマティクス学会   深層学習による食品ペプチドの健康効果の予測と作用機序の解明   2020年09月03日

    Fukunaga, I., Sawada, R., Shibata, T., Kaitoh, K., Sakai, Y., and Yamanishi, Y.

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    受賞国:日本国

  • 第9回生命医薬情報学連合大会「優秀口頭発表賞」

    日本バイオインフォマティクス学会   A trans-omics approach to elucidate the mechanisms for disease progression in heart failure at the single-cell level   2020年09月03日

    濱野桃子, 野村征太郎, 小室一成, 山西芳裕

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    受賞国:日本国

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担当授業科目(学内)

  • 2021年度   バイオ統計・演習

  • 2021年度   医薬情報学特論

  • 2020年度   医薬情報学特論

  • 2020年度   バイオ統計・演習

  • 2019年度   医薬情報学特論

  • 2019年度   バイオ統計・演習

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担当経験のある授業科目(学外)

  • ビッグデータ創薬・AI創薬特論

    2021年04月 - 2022年03月  

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    科目区分:大学院専門科目 

  • バイオサイエンスにおけるビッグデータ

    2021年04月 - 2022年03月  

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    科目区分:大学院専門科目 

  • Introduction to Bioinformatics and System Biology

    機関名:Introduction to Bioinformatics and System Biology

  • 情報生命科学特別講義

    機関名:情報生命科学特別講義

  • オミクス解析学

    機関名:オミクス解析学

  • 薬理学特論

    機関名:薬理学特論

  • 情報生命科学特別講義

    機関名:情報生命科学特別講義

  • 計算生命科学の基礎V

    機関名:神戸大学

  • 大学院特別講義2

    機関名:大学院特別講義2

  • ビッグデータ創薬・AI創薬特論

    機関名:東京医科歯科大学

  • ビッグデータ創薬・AI創薬特論

    機関名:東京医科歯科大学

  • ビッグデータ創薬・AI創薬特論

    機関名:東京医科歯科大学

  • ビッグデータ創薬・AI創薬特論

    機関名:ビッグデータ創薬・AI創薬特論

  • 物質科学特論C

    機関名:奈良先端科学技術大学院大学

  • 大学院特別講義2

    機関名:大学院特別講義2

  • ビッグデータ創薬・AI創薬特論

    機関名:ビッグデータ創薬・AI創薬特論

  • 計算生命科学の基礎V

    機関名:計算生命科学の基礎V

  • バイオインフォマティクス理論

    機関名:バイオインフォマティクス理論

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学会・委員会等活動

  • Journal of Computer Aided Chemistry   編集委員  

    2021年04月 - 現在

  • 日本バイオインフォマティクス学会   副理事長  

    2021年04月 - 2023年03月

  • 東京大学情報基盤センターデータ科学専門委員会   委員  

    2020年12月 - 2024年03月

  • 経済産業省「省エネ型電子デバイス材料の評価技術の開発事業」AI-SHIPSプロジェクト   委員  

    2019年11月 - 2022年03月

  • F1000Research Chemical Information Science Gateway   Advisory Board  

    2019年07月 - 現在

  • 日本バイオインフォマティクス学会   幹事  

    2018年04月 - 2020年03月

  • 日本メディカルAI学会   評議員  

    2018年04月 - 現在

  • 日本化学会ケモインフォマティクス部会   幹事  

    2018年04月 - 現在

  • Molecular Informatics   編集委員  

    2017年01月 - 現在

  • Genes & Genetic Systems   編集委員  

    2016年07月 - 現在

  • 日本バイオインフォマティクス学会   理事  

    2016年04月 - 現在

  • BioMed International   編集委員  

    2014年12月 - 2018年08月

  • PLoS ONE   編集委員  

    2013年06月 - 現在

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国際会議開催(学会主催除く)

  • 2023 13th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB 2023)

    Hong Kong Chemical, Biological & Environmental Engineering Society (HKCBEES),  Tokyo  2023年01月13日 - 2023年01月16日

  • 2022 12th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB 2022)

    Hong Kong Chemical, Biological & Environmental Engineering Society (HKCBEES),  Tokyo  2022年01月07日 - 2022年01月10日

  • 2021 11th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB 2021)

    Hong Kong Chemical, Biological & Environmental Engineering Society (HKCBEES),  Tokyo  2021年01月09日 - 2021年01月12日

  • 2020 10th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB 2020)

    Hong Kong Chemical, Biological & Environmental Engineering Society (HKCBEES),  Kyoto  2020年01月19日 - 2020年01月22日

  • The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2018)

    主催者  日本  2019年01月15日 - 2019年01月17日