2025/09/12 更新

ハナダ　コウスケ
花田　耕介
HANADA Kosuke
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Citation Countは当該年に発表した論文の被引用数

所属
大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系
職名
教授
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研究キーワード

  • ゲノム解析

取得学位

  • 総合研究大学院大学  -  博士（理学）   2003年03月

学内職務経歴

  • 2022年04月 - 現在   九州工業大学   先端研究・社会連携本部   合成生物工学研究センター     センター長

  • 2020年06月 - 現在   九州工業大学   大学院情報工学研究院   生命化学情報工学研究系     教授

  • 2020年04月 - 2022年03月   九州工業大学   オープンイノベーション推進機構   植物シンセティックバイオロジー工学研究センター     センター長

  • 2019年04月 - 2020年05月   九州工業大学   大学院情報工学研究院   生命化学情報工学研究系     准教授

  • 2017年04月 - 2019年03月   九州工業大学   大学院情報工学研究院   生命情報工学研究系     准教授

  • 2012年10月 - 2017年03月   九州工業大学   若手研究者フロンティア研究アカデミー     准教授

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所属学会・委員会

  • 2024年08月 - 2024年09月   第7回植物インフォマティクス研究会年会、主宰（九州工業大）   日本国

  • 2024年08月   日本進化学会、ワークショップ「パンゲノム解析から見出されるゲノム多様性」のオーガナイザー   日本国

  • 2023年09月 - 現在   植物インフォマティクス研究会 副会長   日本国

  • 2023年08月   日本進化学会、シンポジウム「植物の多様性を生み出す進化」のオーガナイザー   日本国

  • 2025年09月   Thematic Event on Scientific and Technological Innovation Underpinning Rural Revitalizationへの招待   中華人民共和国

  • 2018年09月 - 現在   植物インフォマティクス研究会   日本国

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論文

  • Arabidopsis LOHN1 peptide modulates lateral root spacing under the control of systemic nitrogen-satiety signaling. 査読有り

    12. Ito K, Sonoda T, Hisanaga Y, Iwata K, Goto C, Shirai K, Goto M, Yamamoto A, Mabuchi A, Song B, Negi J, Suzuki T, Fukaki H, Hanada K, Iba K, Kusumi K.

    Current Biology   2025年09月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • A de novo gene originating from the mitochondria controls floral transition in Arabidopsis thaliana 査読有り 国際誌

    Tomoyuki Takeda, Kazumasa Shirai, You-wang Kim, Mieko Higuchi-Takeuchi, Minami Shimizu, Takayuki Kondo, Tomokazu Ushijima, Tomonao Matsushita, Kazuo Shinozaki, Kousuke Hanada

    Plant Molecular Biology   2023年04月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： https://doi.org/10.1007/s11103-022-01320-6

  • Positive selective sweeps of epigenetic mutations regulating specialized metabolites in plants 査読有り 国際誌

    Kazumasa Shirai, Mitsuhiko P. Sato, Ranko Nishi, Masahide Seki, Yutaka Suzuki and Kousuke Hanada

    Genome Research   31 ( 6 )   1060 - 1068   2021年06月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DNA methylation is an important factor regulating gene expression in organisms. However, whether DNA methylation plays a key role in adaptive evolution is unknown. Here, we show evidence of naturally selected DNA methylation in Arabidopsis thaliana. In comparison with single nucleotide polymorphisms, three types of methylation—methylated CGs (mCGs), mCHGs, and mCHHs—contributed highly to variable gene expression levels among an A. thaliana population. Such variably expressed genes largely affect a large variation of specialized metabolic quantities. Among the three types of methylations, only mCGs located in promoter regions of genes associated with specialized metabolites show a selective sweep signature in the A. thaliana population. Thus, naturally selected mCGs appear to be key mutations that cause the expressional diversity associated with specialized metabolites during plant evolution.

    DOI： 10.1101/gr.271726.120

    DOI： 10.1101/gr.271726.120

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  • Cryptochromes Induce Genome-Wide Changes in Alternative Transcription Start Site Selection in Arabidopsis 査読有り

    Oka Y, Shirai K, Kimura I, Shimada T, Hanada K, Matsushita T.

    Biochem Biophys Res Commun .   2025年09月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • Florigen-producing cells express FPF1-LIKE PROTEIN 1 to accelerate flowering and stem growth in Arabidopsis. 査読有り

    Takagi H, Lee N, Hempton AK, Purushwani S, Notaguchi M, Yamauchi K, Shirai, Kawakatsu Y, Uehara S, Albers WG, Downing BLR, Ito S, Suzuki T, Matsuura T, Mori IC, Mitsuda N, Kurihara D, Matsushita T, Song YH, Sato Y, Nomoto M, Uchida N, Tada Y, Hanada K, Cuperus JT, Queitsch C, Imaizumi T.

    Developmental Cell.   2025年07月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • High TCR Degeneracy Enhances Antiviral Efficacy of HTLV-1-Specific CTLs by Targeting Variant Viruses in HAM Patients. 査読有り

    3. Kubota R, Hanada K, Saito M, Dozono M, Nozuma S, Takashima H.

    International Journal of Molecular Sciences   2025年07月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    Kyutacar

  • Alternative localization of HEME OXYGENASE 1 in plant cells regulates cytosolic heme catabolism. 査読有り

    6. Chen Y, Nishimura K, Tokizawa M, Yamamoto YY, Oka Y, Matsushita T, Hanada K, Shirai K, Mano S, Shimizu T, Masuda T

    Plant Physiology   2024年07月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • LHT1/MAC7 contributes to proper alternative splicing under long-term heat stress and mediates variation in the heat tolerance of Arabidopsis 査読有り

    5. Isono K, Nakamura K, Hanada K, Shirai K, Ueki M, Tanaka K, Tsuchimatsu T, Iuchi S, Kobayashi M, Yotsui I, Sakata Y, Taji T.

    PNAS Nexus   2023年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    Kyutacar

  • Expression profiles in knock-down transgenic plants of high and low diversified duplicate genes in Arabidopsis thaliana 査読有り

    T Takeda, A Ezoe, K Hanada

    Genes & Genetic Systems   98 ( 5 )   283 - 286   2023年12月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： https://doi.org/10.1266/ggs.23-00019

    Kyutacar

  • Unearth of small open reading frames (sORFs) in drought stress transcriptome of Oryza sativa subsp. indica 査読有り

    Sheue Ni Ong, Boon Chin Tan, Kousuke Hanada, Chee How Teo

    Gene   2023年06月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： https://doi.org/10.1016/j.gene.2023.147579

  • An augmented attention-based lightweight CNN model for plant water stress detection 査読有り

    Mohd Hider Kamarudin, Zool Hilmi Ismail, Noor Baity Saidi, Kousuke Hanada

    Applied Intelligence   2023年04月

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    担当区分：最終著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： https://doi.org/10.1007/s10489-023-04583-8

  • Enhanced growth rate under elevated CO2 conditions was observed for transgenic lines of genes identified by intraspecific variation analyses in Arabidopsis thaliana 査読有り

    Riichi Oguchi, Kousuke Hanada, Minami Shimizu, Masako Mishio, Hiroshi Ozaki, Kouki Hikosaka

    Plant Molecular Biology   110 ( 4-5 )   1 - 13   2022年04月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    Key message: Using the whole genome and growth data of Arabidopsis thaliana ecotypes, we identified two genes associated with enhancement of the growth rate in response to elevated CO<inf>2</inf> conditions. Abstract: Improving plant growth under elevated CO<inf>2</inf> conditions may contribute to enhanced agricultural yield under future global climate change. In this study, we examined the genes implicated in the enhancement of growth rates under elevated CO<inf>2</inf> conditions by analyzing the growth rates of Arabidopsis thaliana ecotypes originating from various latitudes and altitudes throughout the world. We also performed a genome-wide association study and a transcriptome study to identify single nucleic polymorphisms that were correlated with the relative growth rate (RGR) under elevated CO<inf>2</inf> conditions or with CO<inf>2</inf> response of RGR. We then selected 43 candidate genes and generated their overexpression and/or RNA interference (RNAi) transgenic mutants for screening. After screening, we have found that RNAi lines of AT3G4000 and AT5G50900 showed significantly higher growth rates under the elevated CO<inf>2</inf> condition. As per our findings, we conclude that natural variation includes genetic variation associated with the enhancement of plant productivity under elevated CO<inf>2</inf> conditions.

    DOI： 10.1007/s11103-022-01265-w

    DOI： 10.1007/s11103-022-01265-w

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  • Genome-Wide Association Study of Local Thai Indica Rice Seedlings Exposed to Excessive Iron 査読有り 国際誌

    Reunreudee Kaewcheenchai,Phanchita Vejchasarn, Kousuke Hanada,Kazumasa Shirai,Chatchawan Jantasuriyarat, Piyada Juntawong

    Plants   10 ( 4 )   798   2021年04月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    Excess soluble iron in acidic soil is an unfavorable environment that can reduce rice production. To better understand the tolerance mechanism and identify genetic loci associated with iron toxicity (FT) tolerance in a highly diverse indica Thai rice population, a genome-wide association study (GWAS) was performed using genotyping by sequencing and six phenotypic data (leaf bronzing score (LBS), chlorophyll content, shoot height, root length, shoot biomass, and root dry weight) under both normal and FT conditions. LBS showed a high negative correlation with the ratio of chlorophyll content and shoot biomass, indicating the FT-tolerant accessions can regulate cellular homeostasis when encountering stress. Sixteen significant single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified by association mapping. Validation of candidate SNP using other FT-tolerant accessions revealed that SNP:2_21262165 might be associated with tolerance to FT; therefore, it could be used for SNP marker development. Among the candidate genes controlling FT tolerance, RAR1 encodes an innate immune responsive protein that links to cellular redox homeostasis via interacting with abiotic stress-responsive Hsp90. Future research may apply the knowledge obtained from this study in the molecular breeding program to develop FT-tolerant rice varieties.

    DOI： 10.3390/plants10040798

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  • Degree of functional divergence in duplicates is associated with distinct roles in plant evolution. 査読有り

    Akihiro Ezoe, Kazumasa Shirai, Kousuke Hanada

    Molecular Biology and Evolution   38 ( 4 )   1447 - 1459   2021年04月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1093/molbev/msaa302.

  • 植物と共生菌の間でのシグナル伝達するペプチドの探索に向けて 招待有り

    伊東 梓帆, 花田耕介

    アグリバイオ   5 ( 5 )   52 - 54   2021年03月

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    担当区分：責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • 塩ストレス耐性を強化するペプチド性遺伝子 招待有り

    近藤 隆之, 花田耕介

    アグリバイオ   5 ( 5 )   23 - 28   2021年03月

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    担当区分：責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • Effect of small coding genes on the circadian rhythms under elevated CO2 conditions in plants. 査読有り 国際誌

    Mieko Higuchi-Takeuchi, Takayuki Kondo, Minami Shimizu, You-Wang Kim, Kazuo Shinozaki, Kousuke Hanada

    Plant Molecular Biology   104 ( 1-2 )   55 - 65   2020年09月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    Increase in atmospheric carbon dioxide (CO<inf>2</inf>) has a significant effect on plant growth and development. To explore the elevated-CO<inf>2</inf> response, we generated transcriptional profiles over a time course (2 h–14 days) of exposure to elevated CO<inf>2</inf> in Arabidopsis thaliana. Genes related to photosynthesis were down-regulated and circadian rhythm-related genes were abnormally regulated in the early to middle phase of elevated CO<inf>2</inf> exposure. To understand the novel mechanism of elevated CO<inf>2</inf> signaling, we focused on 42 unknown small coding genes that showed differential expression patterns under elevated CO<inf>2</inf> conditions. Four transgenic plants overexpressing the small coding gene exhibited a growth-defective phenotype under elevated CO<inf>2</inf> but not under current CO<inf>2</inf>. Transcriptome analysis showed that circadian rhythm-related genes were commonly regulated in four transgenic plants. These circadian rhythm-related genes were transcribed in the dark when CO<inf>2</inf> concentrations in the leaf was high. Taken together, our identified four small coding genes are likely to participate in elevated CO<inf>2</inf> signaling to the circadian rhythm.

    DOI： 10.1007/s11103-020-01023-w

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  • 豚で起きていたコロナウイルスに近縁なウイルスでのパンデミック感染の紹介 招待有り 査読有り

    花田　耕介

    生物の化学「遺伝」   75 ( 1 )   16 - 19   2020年05月

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    担当区分：責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • Identification of endogenous small peptides involved in rice immunity through transcriptomics‐and proteomics‐based screening 査読有り

    12. Wang P, Yao S, Kosami KI, Guo T, Li J, Zhang Y, Fukao Y, Kaneko‐Kawano Y, Zhang H, She YM, Wang P, Xing W, Hanada K, Liu R, Kawano

    Plant Biotechnology Journal   18 ( 2 )   415 - 428   2020年02月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1111/pbi.13208

  • Contribution of Functional Divergence Through Copy Number Variations to the Inter-Species and Intra-Species Diversity in Specialized Metabolites 招待有り 査読有り

    Shirai K., Hanada K.

    Frontiers in Plant Science   10   2019年11月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    © Copyright © 2019 Shirai and Hanada. There is considerable diversity in the specialized metabolites within a single plant species (intra-species) and among different plant species (inter-species). The functional divergence associated with gene duplications largely contributes to the inter-species diversity in the specialized metabolites, whereas the intra-species diversity is due to gene dosage changes via gene duplications [i.e., copy number variants (CNVs)] at the intra-species level of evolution. This is because CNVs are thought to undergo associated with less functional divergence at the intra-species level of evolution. However, functional divergence caused by CNVs may induce specialized metabolite diversity at the intra-species and inter-species levels of evolution. We herein discuss the functional divergence of CNVs in metabolic quantitative trait genes (mQTGs). We focused on 5,654 previously identified mQTGs in 270 Arabidopsis thaliana accessions. The ratio of nonsynonymous to synonymous variations tends to be higher for mQTGs with CNVs than for mQTGs without CNVs within A. thaliana accessions, suggesting that CNVs are responsible for the functional divergence among mQTGs at the intra-species level of evolution. To evaluate the contribution of CNVs to inter-species diversity, we calculated the ratio of nonsynonymous to synonymous substitutions in the Arabidopsis lineage. The ratio tends to be higher for the mQTGs with CNVs than for the mQTGs without CNVs. Additionally, we determined that mQTGs with CNVs are subject to positive selection in the Arabidopsis lineage. Our data suggest that CNVs are closely related to functional divergence contributing to adaptations via the production of diverse specialized metabolites at the intra-species and inter-species levels of evolution.

    DOI： 10.3389/fpls.2019.01567

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  • Tyr82 amino acid mutation in pb1 polymerase induces an influenza virus mutator phenotype 査読有り

    Naito T., Shirai K., Mori K., Muratsu H., Ushirogawa H., Ohniwa R., Hanada K., Saito M.

    Journal of Virology   93 ( 22 )   2019年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    © 2019 American Society for Microbiology. In various positive-sense single-stranded RNA viruses, a low-fidelity viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) confers attenuated phenotypes by increasing the mutation frequency. We report a negative-sense single-stranded RNA virus RdRp mutant strain with a mutator phenotype. Based on structural data of RdRp, rational targeting of key residues, and screening of fidelity variants, we isolated a novel low-fidelity mutator strain of influenza virus that harbors a Tyr82-to-Cys (Y82C) singleamino- acid substitution in the PB1 polymerase subunit. The purified PB1-Y82C polymerase indeed showed an increased frequency of misincorporation compared with the wild-type PB1 in an in vitro biochemical assay. To further investigate the effects of position 82 on PB1 polymerase fidelity, we substituted various amino acids at this position. As a result, we isolated various novel mutators other than PB1-Y82C with higher mutation frequencies. The structural model of influenza virus polymerase complex suggested that the Tyr82 residue, which is located at the nucleoside triphosphate entrance tunnel, may influence a fidelity checkpoint. Interestingly, although the PB1- Y82C variant replicated with wild-type PB1-like kinetics in tissue culture, the 50% lethal dose of the PB1-Y82C mutant was 10 times lower than that of wild-type PB1 in embryonated chicken eggs. In conclusion, our data indicate that the Tyr82 residue of PB1 has a crucial role in regulating polymerase fidelity of influenza virus and is closely related to attenuated pathogenic phenotypes in vivo. IMPORTANCE Influenza A virus rapidly acquires antigenic changes and antiviral drug resistance, which limit the effectiveness of vaccines and drug treatments, primarily owing to its high rate of evolution. Virus populations formed by quasispecies can contain resistance mutations even before a selective pressure is applied. To study the effects of the viral mutation spectrum and quasispecies, high- and low-fidelity variants have been isolated for several RNA viruses. Here, we report the discovery of a low-fidelity RdRp variant of influenza A virus that contains a substitution at Tyr82 in PB1. Viruses containing the PB1-Y82C substitution showed growth kinetics and viral RNA synthesis levels similar to those of the wild-type virus in cell culture; however, they had significantly attenuated phenotypes in a chicken egg infection experiment. These data demonstrated that decreased RdRp fidelity attenuates influenza A virus in vivo, which is a desirable feature for the development of safer live attenuated vaccine candidates.

    DOI： 10.1128/JVI.00834-19

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  • Dephosphorylation of clustered phosphoserine residues in human Grb14 by protein phosphatase 1 and its effect on insulin receptor complex formation 査読有り

    Taira J., Yoshida K., Takemoto M., Hanada K., Sakamoto H.

    Journal of Peptide Science   25 ( 10 )   2019年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    © 2019 European Peptide Society and John Wiley & Sons, Ltd. The physical interaction of the human growth factor receptor-bound protein 14 (hGrb14) and the insulin receptor (IR) represses insulin signaling. With respect to the recruiting mechanism of hGrb14 to IR respond to insulin stimulus, our previous reports have suggested that phosphorylation of Ser358, Ser362, and Ser366 in hGrb14 by glycogen synthase kinase-3 repressed hGrb14–IR complex formation. In this study, we investigated phosphatase-mediated dephosphorylation of the hGrb14 phosphoserine residues. An in vitro phosphatase assay with hGrb14-derived synthetic phosphopeptides suggested that protein phosphatase 1 (PP1) is involved in the dephosphorylation of Ser358 and Ser362. Furthermore, coimmunoprecipitation experiments suggested that insulin-induced hGrb14–IR complex formation was repressed by the substitution of Ser358 or Ser362 with glutamic acid. These findings suggested that phosphate groups on Ser358 and Ser362 in hGrb14 are dephosphorylated by PP1, and the dephosphorylation facilitates hGrb14–IR complex formation.

    DOI： 10.1002/psc.3207

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  • Hormone-like peptides and small coding genes in plant stress signaling and development 招待有り 査読有り

    Takahashi F., Hanada K., Kondo T., Shinozaki K.

    Current Opinion in Plant Biology   51   88 - 95   2019年10月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

    © 2019 Elsevier Ltd Recent works have shed light on the long-distance interorgan signaling by which hormone-like peptides precisely regulate physiological effects in a manner similar to phytohormones. Many such peptides have already been identified in the primary model plant, Arabidopsis thaliana. In addition, Arabidopsis genome reanalysis revealed over 7000 novel candidate small coding genes, some of which are likely to be associated with hormone-like peptides. Hormone-like peptides have also been reported to play critical roles in interorgan communications during morphogenesis and stress responses. In this review, we focus on the functional roles of hormone-like peptides and small coding genes in cell-to-cell and/or long-distance communications during plant stress signaling and development and discuss the evolutionary conservation of these peptides among plants.

    DOI： 10.1016/j.pbi.2019.05.011

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  • Transcriptome analysis and identification of a transcriptional regulatory network in the response to H<inf>2</inf>O<inf>2</inf> 査読有り

    Hieno A., Naznin H., Inaba-Hasegawa K., Yokogawa T., Hayami N., Nomoto M., Tada Y., Yokogawa T., Higuchi-Takeuchi M., Hanada K., Matsui M., Ikeda Y., Hojo Y., Hirayama T., Kusunoki K., Koyama H., Mitsuda N., Yamamoto Y.

    Plant Physiology   180 ( 3 )   1629 - 1646   2019年07月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    © 2019 American Society of Plant Biologists. Hydrogen peroxide (H2O2) is a common signal molecule initiating transcriptional responses to all the known biotic and abiotic stresses of land plants. However, the degree of involvement of H2O2 in these stress responses has not yet been well studied. Here we identify time-dependent transcriptome profiles stimulated by H2O2 application in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) seedlings. Promoter prediction based on transcriptome data suggests strong crosstalk among high light, heat, and wounding stress responses in terms of environmental stresses and between the abscisic acid (ABA) and salicylic acid (SA) responses in terms of phytohormone signaling. Quantitative analysis revealed that ABA accumulation is induced by H2O2 but SA is not, suggesting that the implied crosstalk with ABA is achieved through ABA accumulation while the crosstalk with SA is different. We identified potential direct regulatory pairs between regulator transcription factor (TF) proteins and their regulated TF genes based on the time-course transcriptome analysis for the H2O2 response, in vivo regulation of the regulated TF by the regulator TF identified by expression analysis of mutants and overexpressors, and in vitro binding of the regulator TF protein to the target TF promoter. These analyses enabled the establishment of part of the transcriptional regulatory network for the H2O2 response composed of 15 regulatory pairs of TFs, including five pairs previously reported. This regulatory network is suggested to be involved in a wide range of biotic and abiotic stress responses in Arabidopsis.

    DOI： 10.1104/pp.18.01426

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  • シロイヌナズナの短いコーディング遺伝子に特化した発現データベースと過剰発現体ライブラリーの構築 招待有り

    武田 智之, 花田 耕介

    植物の生長調節 ( 一般社団法人 植物化学調節学会 )   54 ( 1 )   60 - 65   2019年01月

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    担当区分：責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    <p>Functional roles of small coding genes tend to be ignored in 20 years because small coding genes have not been identified in even highly accurate genomes of model organisms.　In plants, it is recognized that small coding genes play essential roles within a single cell as well as intercellular signal transductions like hormone-like peptides.　However, many of small coding genes are not annotated in plant genomes even if novel hormone-like peptides encoded by small coding genes tend to be hidden in plant genomes.　Here, we introduce transcriptome database （HanaDB-AT） and transgenic library of overexpression with focusing on Arabidopsis novel and annotated small coding genes.　The database and transgenic library should be useful tools to discover novel hormone-like peptides as well as other functional peptides in small coding genes.</p>

    DOI： 10.18978/jscrp.54.1_60

    CiNii Article

    CiNii Research

    その他リンク： https://ci.nii.ac.jp/naid/130007668423

  • A highly specific genome-wide association study integrated with transcriptome data reveals the contribution of copy number variations to specialized metabolites in Arabidopsis thaliana accessions 査読有り

    Kazumasa Shirai, Fumio Matsuda, Ryo Nakabayashi, Masanori Okamoto, Maho Tanaka, Akihiro Fujimoto, Minami Shimizu, Kazuo Shinozaki, Motoaki Seki, Kazuki Saito, Kousuke Hanada

    Molecular Biology and Evolution   2017年09月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • Mutant selection in the self-incompatible plant radish (Raphanus sativus L. var. sativus) using two-step TILLING. 査読有り

    Kohzuma K, Chiba M, Nagano S, Anai T, Ueda MU, Oguchi R, Shirai K, Hanada K, Hikosaka K, Fujii N.

    Breed Science   67 ( 3 )   268 - 276   2017年06月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • Molecular Evolution and Functional Characterization of a Bifunctional Decarboxylase Involved in Lycopodium Alkaloid Biosynthesis. 査読有り

    Bunsupa S, Hanada K, Maruyama A, Aoyagi K, Komatsu K, Ueno H, Yamashita M, Sasaki R, Oikawa A, Saito K, Yamazaki M.

    Plant Physiolgy   171 ( 4 )   2432 - 2444   2016年06月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1104/pp.16.00639

  • What plant trait explains the variations in relative growth rate and in its response to the elevated CO2 concentration among Arabidopsis thaliana ecotypes derived from a variety of habitats? 査読有り

    Oguchi R, Ozaki H, Hanada K, Hikosaka K.

    Oecologia   2016年05月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • Phytochrome controls alternative splicing to mediate light responses in Arabidopsis. 査読有り

    Shikata H, Hanada K, Ushijima T, Nakashima M, Suzuki Y, Matsushita T

    Proc Natl Acad Sci U S A.   2014年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1073/pnas.1407147112

    Scopus

  • Transcriptomic analysis of rice in response to iron deficiency and excess. 査読有り

    2. Bashir K, Hanada K, Shimizu M, Seki M, Nakanishi H and Nishizawa NK

    Rice   2014年09月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1186/s12284-014-0018-1

    Scopus

  • Substantial expression of novel small open reading frames in Oryza sativa.

    3. Okamoto M, Higuchi-Takeuchi M, Shimizu M, Shinozaki K, Hanada K

    Plant Signaling & Behavior   2014年02月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.4161/psb.27848

    Scopus

  • 25. ゲノム解析によるコムギABA受容体の同定および生化学的解析(口頭発表,植物化学調節学会第49回大会) 招待有り

    妻鹿 良亮, 花田 耕介, 岡本 昌憲

    植物化学調節学会 研究発表記録集 ( 一般社団法人 植物化学調節学会 )   49 ( 0 )   2014年01月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.18978/jscrpanb.49.Supplement_43

    CiNii Article

    その他リンク： https://ci.nii.ac.jp/naid/110009865114

  • Small open reading frames associated with morphogenesis are hidden in plant genomes. 査読有り

    Hanada K, Higuchi-Takeuchi M, Okamoto M, Yoshizumi T, Shimizu M, Nakaminami K, Nishi R, Ohashi C, Iida K, Tanaka M, Horii Y, Kawashima M, Matsui K, Toyoda T, Shinozaki K, Seki M, Matsui M.

    Proc Natl Acad Sci U S A.   110   2395 - 2400   2013年02月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1073/pnas.1213958110

    Scopus

  • Positional correlation analysis improves reconstruction of full-length transcripts and alternative isoforms from noisy array signals or short reads. 査読有り

    Kawaguchi S, Iida K, Harada E, Hanada K, Matsui A, Okamoto M, Shinozaki K, Seki M, and ToyodaT

    Bioinformatics   ( 28 )   929 - 937   2012年04月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1093/bioinformatics/bts065

    Scopus

  • Two glycosyltransferases involved in anthocyanin modification delineated by transcriptome independent component analysis in Arabidopsis thaliana. 査読有り

    8. Yonekura-Sakakibara K, Fukushima A, Nakabayashi R, Hanada K, Matsuda F, Sugawara S, Inoue E, Kuromori T, Ito T, Shinozaki K, Wangwattana B, Yamazaki M, Saito K

    The Plant Journal   69 ( 1 )   154 - 167   2012年01月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1111/j.1365-313X.2011.04779.x

    Scopus

  • Tissue-specific Transcriptome Analysis Reveals Cell Wall Metabolism, Flavonol Biosynthesis, and Defense Responses are Activated in the Endosperm of Germinating Arabidopsis thaliana Seeds. 査読有り

    Endo A[e], Tatematsu K[e], Hanada K[e], Duermeyer L, Okamoto M, Yonekura-Sakakibara K, Saito K, Toyoda T, Kawakami N, Kamiya Y, Seki M, Nambara E*

    Plant and Cell Physiology   2012年01月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1093/pcp/pcr171

    Scopus

  • Origin and evolution of genes related to ABA metabolism and its signaling pathways. 査読有り

    Hanada K*, Hase T, Toyoda T, Shinozaki K and Okamoto M

    Journal of Plant Research   124 ( 4 )   455 - 465   2011年07月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1007/s10265-011-0431-0

    Scopus

  • An evolutionary view of functional diversity in family 1 glycosyltransferases. 査読有り

    Yonekura-Sakakibara K* and Hanada K.

    The Plant Journal   66 ( 1 )   182 - 193   2011年04月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1111/j.1365-313X.2011.04493.x

    Scopus

  • ARTADE2DB: Improved Statistical Inferences for Arabidopsis Gene Functions and Structure Predictions by Dynamic-Structure-Based Dynamic Expression (DSDE) Analyses. 査読有り

    10. Iida K, Kawaguchi S, Kobayashi N, Yoshida Y, Ishii M, Harada E, Hanada K, Matsui A, Okamoto M, Ishida J, Tanaka M, Morosawa T, Seki M, Toyoda T*

    Cell Physiology   52 ( 2 )   254 - 264   2011年02月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1093/pcp/pcq202

    Scopus

  • Toward genome-wide metabolotyping and elucidation of metabolic system: metabolic profiling of large-scale bioresources.

    Hirai MY*, Sawada Y, Kanaya S, Kuromori T, Kobayashi M, Klausnitzer R, Hanada K, Akiyama K, Sakurai T, Saito K, Shinozaki K.

    Journal of Plant Research   123 ( 3 )   291 - 298   2010年05月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.1007/s10265-010-0337-2

    Scopus

  • sORF finder: a program package to identify small open reading frames(sORFs) with high coding potential. 査読有り

    Hanada K*, Akiyama K, Sakurai T, Toyoda T, Shinozaki K, Shiu SH.

    Bioinformatics   26 ( 3 )   399 - 400   2010年02月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • Evolutionary Persistence of Functional Compensation by Duplicate Genes in Arabidopsis. 査読有り

    Hanada K*, Kuromori T, Myouga F, Toyoda T, Li WH and Shinozaki K.

    Genome Biology and Evolution   29 ( 1 )   409 - 414   2009年10月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • PosMed-plus: an intelligent search engine that inferentially integrates cross-species information resources for molecular breeding of plants. 査読有り

    17. Makita Y, Kobayashi N, Mochizuki Y, Yoshida Y, Asano S, Heida N, Deshpande M, Bhatia R, Matsushima A, Ishii M, Kawaguchi S, Iida K, Hanada K, Kuromori T, Seki M, Shinozaki K, Toyoda T*

    Plant and Cell Physiology   50 ( 7 )   1249 - 1259   2009年07月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • Evolutionary history and stress regulation of plant receptor-like kinase/pelle genes. 査読有り

    Lehti-Shiu MD, Zou C, Hanada K, Shiu SH*.

    Plant Physiology   150 ( 1 )   12 - 26   2009年05月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • Increased expression and protein divergence inIncreased expression and protein divergence in duplicate genes is associated with morphological diversification. 査読有り

    Hanada K*, Kuromori T, Myouga F, Toyoda T, Shinozaki K.

    PLOS Genetics   5 ( 12 )   2009年05月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • Genome-wide suppression of aberrant mRNA-like noncoding RNAs by NMD in Arabidopsis. 査読有り

    19. Kurihara Y, Matsui A, Hanada K, Kawashima M, Ishida J, Morosawa T, Tanaka M, Kaminuma E, Mochizuki Y, Matsushima A, Toyoda T, Shinozaki K, Seki M*

    National Academy of Sciences of the United States of America   106 ( 7 )   2453 - 2458   2009年02月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • Functional role of Pack-MULEs in rice inferred from purifying selection and expression profile. 査読有り

    Hanada K, Vallejo V, Nobuta, K, Slotkin K, Lisch D, Meyers BC, Shiu SH, Jiang N*

    The Plant Cell   21 ( 1 )   25 - 38   2009年01月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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口頭発表・ポスター発表等

  • Exhaustive search of de-novo genes in Arabidopsis population

    Kousuke Hanada

    International symposium on Multifaceted Protein Dynamics 

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    開催期間： 2024年09月02日 - 2024年09月05日   記述言語：英語  

  • 人工的に異質倍数性を引き起こしたコムギで起こる遺伝子発現の変化

    坂井 伶平 , 武田 智之, 豊留 龍也 , 岡本 昌憲, 田中 啓介, 小林 久人, 白井 一正, 辻本 壽, 花田 耕介

    第7回植物インフォマティクス研究会年会  植物インフォマティクス研究会

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    開催期間： 2024年08月31日 - 2024年09月01日   記述言語：日本語   開催地：神奈川  

  • 人工的に異質倍数性を引き起こしたコムギで起こる遺伝子発現の変化

    坂井 伶平 , 武田 智之, 豊留 龍也 , 岡本 昌憲, 田中 啓介, 小林 久人, 白井 一正, 辻本 壽, 花田 耕介

    日本進化学会  日本進化学会

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    開催期間： 2024年08月21日 - 2024年08月24日   記述言語：日本語   開催地：神奈川  

  • フェノーム解析に基づいた de novo 遺伝子の探索

    武田智之，中南健太郎，金有王，白井一正，樋口(竹内)美恵子，清水みなみ，近 藤隆之，岡本正憲，仁志蘭子，関原明，篠崎一雄，松井南，花田耕介

    日本進化学会  日本進化学会

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    開催期間： 2023年08月01日 - 2023年08月03日   記述言語：日本語   開催地：那覇  

  • 環境変化に応じた植物の転写開始点制御の網羅的解明

    "白井一正、岡義人、木村泉美、塙満愉、豊田隆藏、岩瀬哲、杉本慶子、宮田和輝、榊原均、肥後あすか、打田直行、梅澤泰史、野元美佳、多田安臣、保浦徳昇、芦苅基行 、大久保祐里、松林嘉克、高橋宏二、木下俊則、児玉豊、松下智直、花田耕介

    日本進化学会  日本進化学会

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    開催期間： 2023年08月01日 - 2023年08月03日   記述言語：日本語   開催地：那覇  

  • "Contribution of epigenetic mutations to the adaptive evolution of plant by regulating specialized metabolism"

    Kazumasa Shirai, Mitsuhiko P. Sato, Ranko Nishi, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, and Kousuke Hanada"

    33rd International Conference on Arabidopsis Research 

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    開催期間： 2023年06月05日 - 2023年06月08日   記述言語：英語   開催地：Yokohama  

  • "Phenome analysis focusing on small open reading frames found an Arabidopsis-specific emerged de novo gene enhancing drought tolerance

    Takeda T, Kondo T, Ohbayashi I, Nagata C, Okamoto M, Kodama Y, Higuchi-Takeuchi H2, Shimizu M2, Nomoto M3, Tada Y3, Jikumaru Y5, Kamiya Y, Taira J, Shinozaki K, Hanada K

    33rd International Conference on Arabidopsis Research 

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    開催期間： 2023年06月05日 - 2023年06月08日   記述言語：英語   開催地：Yokohama  

  • Lineage-Specifically Emerged Genes in Plant Evolution 招待有り

    Kousuke Hanada

    Biodiversity Research Center, Academia Sinica 

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    開催期間： 2023年04月13日   記述言語：英語  

  • 糸状菌への耐性を強化する植物分泌ペプチドの同定

    早瀬尚人　近藤隆之　白井一正　桑田啓子　柘植尚志　花田耕介

    第14回中国地域育種談話会, 山口大学 

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    開催期間： 2022年12月10日 - 2022年12月11日   記述言語：英語  

  • 多様な植物共生菌による植物の生理活性変化の分化メカニズムの解明

    伊東梓帆・荒巻徹・山崎裕司・辻本壽・花田耕介

    鳥取大学乾燥地研究センター、令和４年度共同研究発表会 

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    開催期間： 2022年12月03日 - 2022年12月04日   記述言語：英語  

  • Identification of genes and signaling pathways inferred by plant omics data 招待有り

    Kousuke Hanada

    Global ATGS/International College, National Taiwan University 

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    開催期間： 2022年11月23日   記述言語：英語  

  • AI技術で生物進化の原動力になる遺伝子群の同定 招待有り

    花田耕介

    AIシンポジウム「生物工学×AI＝∞　～生物工学におけるAI活用術～」 

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    開催期間： 2022年08月19日   記述言語：日本語  

  • Secreted peptide AT32 inhibits brassinosteroid signaling via binding to brassinosteroid receptor.

    T. Kondo, T. Takeda, I. Ohbayashi, You-wang Kim, M. Okamoto, Y. Kodama, T. Yoshizumi, T. Haraguchi, M. Higuchi-Takeuchi, M. Shimizu, M. Nomoto, Y. Tada, Y. Jikumaru, Y. Kamiya, K. Shinozaki, K. Kuwata, S. Oishi, J. Taira, H. Sakamoto, T. Kusakabe, J.M. Li, K. Hanada

    第63回日本植物生理学会年会 

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    開催期間： 2022年03月22日 - 2022年03月24日   記述言語：英語  

  • A mitochondria-originating de-novo gene controls flowering timing in <i>Arabidopsis thaliana

    Tomoyuki Takeda1, Kazumasa Shirai1, You-wang Kim1, Mieko Higuchi-Takeuchi2, Minami Shimizu2, Takayuki Kondo1, Tomokazu Ushijima3, Tomonao Matsusita4, Kazuo Shinozaki2, Kousuke Hanada1

    第63回日本植物生理学会年会 

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    開催期間： 2022年03月22日 - 2022年03月24日   記述言語：英語  

  • 植物病原性糸状菌に存在するCD染色体の進化的起源の解明

    大石 好則・播本 佳明 ・八田理恵子・新城 明久・張 裕介・間瀬 千晶・原 歩美・川瀬めぐみ・近藤日佳理・後藤 千保・宮川 泰輝・鈴木 侑美・森 汐理・赤木 靖典・児玉基一朗・秋光 和也・山本 幹博・柘植 尚志・花田 耕介

    第13回中国地域育種談話会 

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    開催期間： 2021年12月11日   記述言語：英語  

  • 植物病原性糸状菌に存在するCD染色体の進化的起源の解明

    大石 好則・播本 佳明 ・八田理恵子・新城 明久・張 裕介・間瀬 千晶・原 歩美・川瀬めぐみ・近藤日佳理・後藤 千保・宮川 泰輝・鈴木 侑美・森 汐理・赤木 靖典・児玉基一朗・秋光 和也・山本 幹博・柘植 尚志・花田 耕介

    第4回植物インフォマティクス研究会 

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    開催期間： 2021年10月04日   記述言語：英語  

  • 植物のDNAメチル化に対するSelective sweepの検出

    白井 一正，佐藤 光彦，仁志 蘭子，関 真秀，鈴木 穣，花田 耕介

    第4回植物インフォマティクス研究会 

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    開催期間： 2021年10月04日   記述言語：英語  

  • トランスクリプトームとプロテオーム解析を用いた 植物免疫を上昇させる細胞外分泌ペプチドの探索

    花田耕介

    日本プロテオーム学会 

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    開催期間： 2021年07月21日   記述言語：英語  

  • Positive selective sweeps of epigenetic mutations regulating specialized metabolites in plants 招待有り

    Kousuke Hanada

    Genome Concept Centennial Symposium 

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    開催期間： 2021年02月15日 - 2021年02月17日   記述言語：英語  

  • Frequently observed convergent evolution by either protein divergence generated by transcription starting sites (TSS) shifts or by gene duplication under red-light response in three plants

    江副 晃洋、牛島 智一、岡義人、金載旭、Zhang Ping、You-Liang Cheng、 Shih-Long Tu、鈴木穣、白井一正、松下 智直、花田耕介

    第22 回日本進化学会年会、オンライン開催 

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    開催期間： 2020年09月06日 - 2020年09月09日   記述言語：英語  

  • ブラシノステロイドのシグナル伝達を阻害する新奇分泌ペプチドの機能解析

    近藤隆之，大林祝，金有王，岡本昌憲，児玉豊，吉積毅，原口武士，樋口美栄子，清水みなみ，野元美佳，多田安臣，軸丸裕介，神谷勇治，篠崎一雄，桑田啓子，大石俊輔，日下部宜宏，李在萬， 花田耕介

    第61回日本植物生理学会年会 

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    開催期間： 2020年03月19日 - 2020年03月21日   記述言語：英語  

  • Functional Analysis of novel small coding gene in plant genome

    T.Takeda, K.Nakaminami, M.Higuch-Takeuchi, YW.Kim, M.Shimizu, M.Okamoto, T.Yoshizumi, R.Nishi, M.Seki, K.Shinozaki, M.Matsui, K.Hanada

    第61回日本植物生理学会年会 

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    開催期間： 2020年03月19日 - 2020年03月21日   記述言語：英語  

  • 植物での赤色光シグナル下での転写開始点制御と重複遺伝子の代替的役割　

    江副 晃洋、牛島 智一、Zhang Ping、You－Liang Cheng、Shih-Long Tu、鈴木 穣、阿久根 清羅、白井 一正、松下 智直、花田 耕介

    第42回日本分子生物学会年会 

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    開催期間： 2019年12月03日 - 2019年12月06日   記述言語：英語  

  • 植物ゲノムに存在するペプチド性新奇短い遺伝子の機能解析

    武田智之、金有王、樋口美栄子、清水みなみ、岡本昌憲、吉積毅、中南健太郎、仁志蘭子、関原明、篠崎一雄、松井南、花田耕介

    第42回日本分子生物学会年会 

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    開催期間： 2019年12月03日 - 2019年12月06日   記述言語：英語  

  • ブラシノステロイドのシグナル伝達を阻害する新奇分泌ペプチドの機能解析

    近藤隆之，大林祝，金有王，岡本昌憲，児玉豊，吉積毅，原口武士，樋口美栄子，清水みなみ，野元美佳，多田安臣，軸丸裕介，神谷勇治，篠崎一雄，桑田啓子，大石俊輔，日下部宜宏，李在萬， 花田耕介

    第42回日本分子生物学会年会 

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    開催期間： 2019年12月03日 - 2019年12月06日   記述言語：英語  

  • Finding a Novel Hormone-like Peptide Inducing Anti-biotic effects and Callus formation

    Y. Nishimura, R. Torii, Y. Kim, M. Higuchi, I. Ohbayashi, M. Okamoto, M. Shimizu, T. Yoshizumi, K. Nakaminami, K. Shinozaki, M. Seki, M. Matui, K. Hanada

    7th International Symposium on Applied Engineering and Science (Malaysia) 

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    開催期間： 2019年11月11日 - 2019年11月12日   記述言語：英語  

  • To Understand Symbiotic Effects of Fungal Endophytes Isolated from Various Crops

    Tatsuya Toyodome, Amalia Mohd. Hashim, Noor Baity Saidi, Mohd Termizi Yusof, Wan Zuhainis Saad, Kousuke Hanada

    7th International Symposium on Applied Engineering and Science (Malaysia) 

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    開催期間： 2019年11月11日 - 2019年11月12日   記述言語：英語  

  • 植物のゲノム解析を 10年ちょっとやってきて。。。 招待有り

    花田耕介

    植物分子生物学シンポジウム 

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    開催期間： 2019年08月30日   記述言語：日本語  

  • The origin and evolution of Japanese cultivated radishes. 招待有り

    Kousuke Hanada

    The 17th Asian Bioinformatics Consortium 

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    開催期間： 2019年08月22日 - 2019年08月23日   記述言語：英語  

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工業所有権

  • 接木接着剤

    野田口理孝, 白武勝裕, 黒谷賢一, 田畑亮, 川勝弥一, 川口航平, 深尾陽一郎, 中林亮, 花田耕介

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    出願番号：特願2019-052727 

  • 植物病原菌に対する抗菌活性を有する抗菌ペプチド

    阿部円佳, 近藤聡, 島田武彦, 花田耕介, 柘植尚志, 望田（桑田）啓子

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    出願番号：特願2019-042748 

  • 植物病原菌に対する抗菌活性を有する抗菌ペプチド

    阿部円佳, 近藤聡, 島田武彦, 花田耕介, 柘植尚志, 望田（桑田）啓子

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    出願番号：特願2019-042524 

  • 植物病原菌に対する抗菌活性を有する抗菌ペプチド

    阿部円佳, 近藤聡, 島田武彦, 花田耕介, 柘植尚志, 望田（桑田）啓子

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    出願番号：特願2019-042837 

  • 植物病原菌に対する抗菌活性を有する抗菌ペプチド

    阿部円佳, 近藤聡, 島田武彦, 花田耕介, 柘植尚志, 望田（桑田）啓子

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    出願番号：特願2019-042601 

講演

  • Lineage-specifically emerged genes in plant evolution.

    International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics 2025  2025年05月 

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    開催期間： 2025年05月02日 - 2025年05月03日   発表言語：英語   講演種別：招待講演  

  • Identification and Characterization of Microproteins in Arabidopsis

    Keystone Symposium "Microproteins: from Discovery to Applications"  2025年02月  Keystone Symposium

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    開催期間： 2025年02月05日 - 2025年02月08日   発表言語：英語   講演種別：特別講演  

  • AI技術で生物進化の原動力になる遺伝子群の同定

    関西支部若手企画シンポジウム  2022年08月 

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    発表言語：日本語   講演種別：招待講演  

  • DX駆動解析による植物の生理活性ペプチドの開発

    フード＆ヘルスイノベーションフォーラム  2025年05月 

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    発表言語：日本語   講演種別：招待講演  

  • Identification and Characterization of Microproteins in Arabidopsis

    National Taiwan University  2025年04月 

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    発表言語：英語   講演種別：招待講演  

  • シロイヌナズナ集団に出現した de-novo 遺伝子の探索

    日本進化学会  2024年08月  日本進化学会

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    開催期間： 2024年08月21日 - 2024年08月24日   発表言語：日本語   講演種別：招待講演  

  • Lineage-specifically emerged genes in plant evolution

    Max Planck Institute for Biology Tübingen  2024年03月  Max Planck Institute for Biology Tübingen

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    発表言語：英語   講演種別：招待講演  

  • ゲノム情報から始まるイノベーション

    三大学連携シンポジウム  2023年12月  東京工業大学

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    発表言語：日本語   講演種別：招待講演   開催地：東京  

  • Lineage-specifically emerged genes in plant evolution

    Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology  2023年12月  Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology

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    発表言語：英語   講演種別：招待講演  

  • トランスクリプトームとプロテオーム解析を用いた 植物免疫を上昇させる細胞外分泌ペプチドの探索

    日本プロテオーム学会  2021年07月 

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    講演種別：招待講演  

  • Positive selective sweeps of epigenetic mutations regulating specialized metabolites in plants

    Genome Concept Centennial Symposium  2021年02月 

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    発表言語：英語   講演種別：招待講演  

  • Novel small hormone-like peptides in Arabidopsis

    SCMB MBS Special Seminar, The University of Queensland, Australia  2020年02月 

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    講演種別：基調講演  

  • Symbiotic Effect of Fungal Endophyte is Controlled by Salicylic Acid Signaling.

    7th International Symposium on Applied Engineering and Science (Malaysia)  2019年11月 

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    発表言語：英語   講演種別：特別講演  

  • 日本栽培ダイコンの進化とその起源

    第21回　日本進化学会（北海道）  2019年08月 

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    開催期間： 2019年08月08日   発表言語：英語   講演種別：招待講演  

  • Small coding genes hidden in plant genomes, encode multiple hormone-like peptides

    Japan-Taiwan Plant Biology 2019  2019年03月 

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    発表言語：英語   講演種別：招待講演  

  • ゲノム解析で見えない遺伝子に迫る

    第５０回サイエンスカフェ　（九工大・飯塚キャンパス）  2019年01月 

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    発表言語：日本語   講演種別：特別講演  

  • 重複遺伝子の冗長的な機能による頑健性の意義

    東北大学理学部キャンパス生物セミナー  2018年11月 

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    発表言語：日本語   講演種別：招待講演  

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学術関係受賞

  • Academy Fellowship

    Austrian Academy of Science   Emergence of de-novo genes in Arabidopsis   2023年11月01日

    Kousuke Hanada

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    受賞国：オーストリア共和国

  • 第4回植物インフォマティクス研究会

    植物インフォマティクス研究会   2021年10月04日

    白井 一正，佐藤 光彦，仁志 蘭子，関 真秀，鈴木 穣，花田 耕介

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    受賞国：日本国

    植物のDNAメチル化に対するSelective sweepの検出

  • 第 12 回中国地域育種談話会

    中国地域育種談話会   2020年12月12日

    白井一正、石塚航、手塚あゆみ、豊田敦 、小林伸雄、河田雅圭、川北篤 、村上哲明、藤山秋佐 夫、清水みなみ、鈴木穣、彦坂幸毅、森長真一、花田耕介

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    受賞国：日本国

    日本栽培ダイコンの起源を探る

  • 研究奨励賞　「網羅的なゲノム情報を利用した進化ゲノミクス研究」

    日本進化学会   2014年06月

    花田耕介

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    受賞国：日本国

  • 九州工業大学職員　SS評価に基づく表彰

    九州工業大学   2014年03月06日

    花田耕介

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    受賞国：日本国

  • 研究奨励賞　「Breakthrough in evolutionary mechanism of duplicate genes based on bioinformatics」

    理化学研究所   2012年03月

    花田　耕介

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    受賞国：日本国

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科研費獲得実績

  • シロイヌナズナ生態株間の二次代謝産物量をコントロールするncRNA遺伝子の役割

    研究課題番号：25710017  2013年04月 - 2016年03月   若手研究(A)

  • アルタナリア病原菌の植物寄生性を決定するCD染色体の進化的起源と成立機構

    研究課題番号：23248007  2011年04月 - 2015年03月   基盤研究(A)

その他競争的資金獲得実績

  • de-novo genes in Arabidopsis

    2023年11月 - 2024年04月

    Austria Academic Fellow   Austria Academic Fellow

その他研究活動

  • Engaging the Public in Wild Banana Exploration

    2025年08月
    -
    現在

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    ビルゲイツ財団の国際共同研究

  • Exploring the origins and functions of de novo genes and their roles in species diversification

    2024年11月
    -
    現在

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    International Integrated Collaboration Project for
    Kyushu-Okinawa Open University (KOOU)
    & University Academic Alliance in Taiwan (UAAT)
    での共同研究

海外研究歴

  • シロイヌナズナ集団で出現した適応進化を促進させる遺伝子の探索

    メンデル研究所  オーストリア共和国  研究期間:  2023年11月01日 - 2024年04月30日

担当授業科目（学内）

  • 2024年度   ゲノム生物学特論LE

  • 2024年度   生命化学情報工学実験Ⅲ

  • 2024年度   生命化学情報工学専門概要

  • 2024年度   生命化学情報工学実験Ⅱ

  • 2024年度   情報工学概論

  • 2024年度   生物学Ⅰ

  • 2024年度   生物学Ⅰ

  • 2024年度   生物学Ⅰ

  • 2024年度   生物学Ⅰ

  • 2023年度   生物学Ⅰ

  • 2023年度   生物学Ⅰ

  • 2023年度   生物学Ⅰ

  • 2023年度   生物学Ⅰ

  • 2023年度   情報工学概論

  • 2023年度   ゲノム生物学特論ML

  • 2023年度   ゲノム生物学特論LE

  • 2023年度   生命化学情報工学実験Ⅲ

  • 2023年度   生命化学情報工学専門概要

  • 2023年度   生命化学情報工学実験Ⅱ

  • 2022年度   生物学Ⅰ

  • 2022年度   生物学Ⅰ

  • 2022年度   生物学Ⅰ

  • 2022年度   生物学Ⅰ

  • 2022年度   生命化学情報工学実験Ⅱ

  • 2022年度   生命化学情報工学専門概要

  • 2022年度   生命化学情報工学実験Ⅲ

  • 2021年度   ゲノム生物学特論

  • 2021年度   生命化学情報工学専門概要

  • 2021年度   生物学Ⅰ

  • 2020年度   ゲノム生物学特論

  • 2020年度   生命化学情報工学専門概要

  • 2020年度   生物学Ⅰ

  • 2019年度   ゲノム生物学特論

  • 2019年度   専門概要

  • 2019年度   生物学Ⅰ

  • 2018年度   生物学Ⅰ

  • 2018年度   専門概要

  • 2018年度   ゲノム生物学特論

  • 2017年度   基礎生物学

  • 2017年度   ゲノム生物学特論

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教育活動に関する受賞・指導学生の受賞など

  • 第7回植物インフォマティクス研究会年会発表賞

    植物インフォマティクス研究会   人工的に異質倍数性を引き起こしたコムギで起こる遺伝子発現の変化  

    2024年09月24日

    坂井 伶平, 武田 智之, 豊留 龍也, 岡本 昌憲, 田中 啓介 , 小林 久人, 白井 一正, 辻本 壽, 花田 耕介

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    受賞国：日本国

  • 第3回若手の会・学術変革A「不均一環境と植物」発表賞

    学術変革A「不均一環境と植物」   イネの新規ホルモン様ペプチドをコードする遺伝子の機能解析  

    2023年10月23日

    中川 明,日野琢也,石崎 琢磨,深田 史美,河野 洋治,花田 耕介

  • 令和４年度鳥取大学乾燥地研究センター共同研究発表会

    鳥取大学乾燥地研究センター   多様な植物共生菌による植物の生理活性変化の分化メカニズムの解明  

    2022年12月22日

    伊東梓帆・荒巻徹・山崎裕司・辻本壽・花田耕介

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    受賞国：日本国

    多様な植物共生菌による植物の生理活性変化の分化メカニズムの解明

  • 優秀発表賞（豊留、中国地域育種談話会)

    中国地域育種談話会  

    2020年12月

  • 優秀発表賞（豊留　中国地域育種談話会）

    中国地域育種談話会  

    2019年12月

  • 優秀発表賞（武田　中国地域育種談話会）

    中国地域育種談話会  

    2018年12月

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FD活動への参加

  • 2024年08月   福岡県立嘉穂高校　研究室見学

  • 2024年07月   九工大情報工研究室紹介

その他教育活動

  • kyutech教育推進事業の海外渡航プログラム

    2025年08月

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    大学院生・学部生10人を連れて、国立台湾大学のMaster Program in Global Agriculture Technology and Genomic Scienceで1週間の台湾大学学生との共同実習

  • kyutech教育推進事業の海外渡航プログラム

    2024年08月

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    大学院生・学部生10人を連れて、国立台湾大学のMaster Program in Global Agriculture Technology and Genomic Scienceで1週間の台湾大学学生との共同実習

学会・委員会等活動

  • Frontiers in Genetics   Associate editor  

    2022年05月 - 現在

  • 植物インフォマティクス研究会   運営委員  

    2018年09月 - 現在

社会貢献活動（講演会・出前講義等）

  • 最先端の研究を介した教育活動

    役割：講師

    筑紫女学園中等部  2023年09月01日

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    対象： 中学生

    種別：セミナー・ワークショップ

  • ゲノム情報を活用した 生命メカニズムの解明

    役割：講師

    九州工業大学  福岡県立福岡高等学校  2022年07月22日

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    対象： 高校生

    種別：出前授業

  • 未来へつなげるバイオテクノロジー－生物を理解し社会に役立てる－

    役割：講師

    九州工業大学  福岡県立福岡高等学校  2022年07月15日

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    対象： 高校生

    種別：出前授業

国際会議開催（学会主催除く）

  • Various Synthetic Biology by Informatics and Experimental approaches

    池野、竹本、平、池野、森本、中茎、坂本、城崎  日本国  2025年09月22日

  • Various Synthetic Biology by Informatics and Experimental approaches

    池野、竹本、平、池野、森本、中茎、坂本、城崎  日本国  2024年09月25日

  • Various Synthetic Biology by Informatics and Experimental approaches

    池野、竹本、平、池野、森本、中茎、坂本  日本国  2023年09月26日

  • Various Synthetic Biology by Informatics and Experimental approaches

    池野、竹本、平、池野、森本、中茎、坂本  日本国  2022年09月28日

国際交流窓口担当

  • 国立台湾大学国際学院  台湾  2023年07月 - 現在

  • マラヤ大学  マレーシア  2018年09月 - 現在