TRANSDIRE: Data-driven direct reprogramming by a pioneer factor-guided trans-omics approach Reviewed International journal

Eguchi R., Hamano M., Iwata M., Nakamura T., Oki S., Yamanishi Y.

Bioinformatics   38 ( 10 )   2839 - 2846   2022.05

Epigenetic landscape of drug responses revealed through large-scale ChIP-seq data analyses Reviewed International journal

Zou Z., Iwata M., Yamanishi Y., Oki S.

BMC Bioinformatics   23 ( 1 )   2022.01

The novel driver gene ASAP2 is a potential druggable target in pancreatic cancer Reviewed International journal

Fujii A., Masuda T., Iwata M., Tobo T., Wakiyama H., Koike K., Kosai K., Nakano T., Kuramitsu S., Kitagawa A., Sato K., Kouyama Y., Shimizu D., Matsumoto Y., Utsunomiya T., Ohtsuka T., Yamanishi Y., Nakamura M., Mimori K.

Cancer Science   112 ( 4 )   1655 - 1668   2021.04

Omics-based identification of glycan structures as biomarkers for a variety of diseases Reviewed International journal

Akiyoshi S., Iwata M., Berenger F., Yamanishi Y.

Molecular Informatics   39 ( 1-2 )   2020.01

Network-based characterization of disease-disease relationships in terms of drugs and therapeutic targets Reviewed International journal

Iida M., Iwata M., Yamanishi Y.

Bioinformatics   36   I516 - I524   2020.01

Predicting drug-induced transcriptome responses of a wide range of human cell lines by a novel tensor-train decomposition algorithm Reviewed International journal

Iwata M., Yuan L., Zhao Q., Tabei Y., Berenger F., Sawada R., Akiyoshi S., Hamano M., Yamanishi Y.

Bioinformatics   35 ( 14 )   i191 - i199   2019.07

KampoDB, database of predicted targets and functional annotations of natural medicines Reviewed International journal

Sawada R., Iwata M., Umezaki M., Usui Y., Kobayashi T., Kubono T., Hayashi S., Kadowaki M., Yamanishi Y.

Scientific Reports   8 ( 1 )   2018.12

Predicting inhibitory and activatory drug targets by chemically and genetically perturbed transcriptome signatures Reviewed International journal

Sawada R., Iwata M., Tabei Y., Yamato H., Yamanishi Y.

Scientific Reports   8 ( 1 )   2018.12

Pathway-based drug repositioning for cancers: computational prediction and experimental validation Reviewed International journal

Iwata M., Hirose L., Kohara H., Liao J., Sawada R., Akiyoshi S., Tani K., Yamanishi Y.

Journal of Medicinal Chemistry   61 ( 21 )   9583 - 9595   2018.11

Evaluation of an S-system root-finding method for estimating parameters in a metabolic reaction model Reviewed International journal

Iwata M., Miyawaki-Kuwakado A., Yoshida E., Komori S., Shiraishi F.

Mathematical Biosciences   301   21 - 31   2018.07

Elucidating the modes of action for bioactive compounds in a cell-specific manner by large-scale chemically-induced transcriptomics Reviewed International journal

Iwata M., Sawada R., Iwata H., Kotera M., Yamanishi Y.

Scientific Reports   7   2017.01

PENDISC: a simple method for constructing a mathematical model from time-series data of metabolite concentrations Reviewed International journal

Sriyudthsak, K., Iwata, M., Hirai, M.Y., Shiraishi, F.

Bulletin of Mathematical Biology   76 ( 6 )   1333 - 1351   2014.06

Estimation of kinetic parameters in an S-system equation model for a metabolic reaction system using the Newton-Raphson method Reviewed International journal

Iwata, M., Sriyudthsak, K., Hirai, M.Y., Shiraishi, F.

Mathematical Biosciences   248   11 - 21   2014.02

Coarse but efficient identification of metabolic pathway systems Reviewed International journal

Iwata, M., Shiraishi, F., Voit, E.O.

International Journal of Systems Biology   4 ( 1 )   57 - 72   2013.09

Highly reliable computation of dynamic sensitivities in metabolic reaction systems by a variable-step Taylor series method Reviewed International journal

Shiraishi, F., Egashira, M., Iwata, M., Sriyudthsak, K., Hattori, K.

Asia-Pacific Journal of Chemical Engineering   7   S32 - S38   2011.09

Highly accurate computation of dynamic sensitivities in metabolic reaction systems by a Taylor series method Reviewed International journal

Shiraishi, F., Egashira, M., Iwata, M.

Mathematical Biosciences   233 ( 1 )   59 - 67   2011.09

A reliable Taylor series-based computational method for the calculation of dynamic sensitivities in large-scale metabolic reaction systems: algorithm and software evaluation Reviewed International journal

Shiraishi, F., Tomita, T., Iwata, M., Berrada, A.A., Hirayama, H.

Mathematical Biosciences   222 ( 2 )   73 - 85   2009.12

Developing a network-based combination therapy approach for complex diseases

Midori Iida, Yurika Kuniki, Kenta Yagi, Mitsuhiro Goda, Satoko Namba, Jun-ichi Takeshita, Ryusuke Sawada, Michio Iwata, Yoshito Zamami, Keisuke Ishizawa, Yoshihiro Yamanishi

情報計算化学生物学会（CBI学会）2022年大会 

Computational prediction of time-course drug transcriptomic responses

Iwata, M., Yamanishi, Y.

21st European Conference on Computational Biology (ECCB2022) 

Small compound-based direct cell conversion with combinatorial optimization of pathway regulations

Nakamura, T., Iwata, M., Hamano, M., Eguchi, R., Takeshita, J., Yamanishi, Y.

21st European Conference on Computational Biology (ECCB2022) 

ターゲットリポジショニング：遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた治療標的予測

難波里子、岩田通夫、山西芳裕

第11回生命医薬情報学連合大会 

TRANSDIRE:パイオニア転写因子を考慮したトランスオミクス手法によるデータ駆動型ダイレクトリプログラミング

濱野桃子, 江口凌平, 岩田通夫, 中村透, 沖真弥, 山西芳裕

第11回生命医薬情報学連合大会 

From drug repositioning to target repositioning: prediction of therapeutic targets using genetically perturbed transcriptomic signatures

Namba, S., Iwata, M., Yamanishi, Y.

The 30th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2022) 

Simulation-guided elucidation of dynamic drug responses of the cellular systems

Iwata, M., Yamanishi, Y.

The 8th Strasbourg Summer School in Chemoinformatics (CS3-2022) 

トランスオミクス解析によるダイレクトリプログラミング誘導転写因子の予測

濱野桃子, 江口凌平, 岩田通夫, 中村透, 山西芳裕

第21回日本再生医療学会総会 

化合物応答トランスクリプトーム解析によるダイレクトリプログラミングを誘導する低分子化合物のインシリコ予測

濱野桃子, 中村透, 岩田通夫, 江口凌平, 山西芳裕

第44回分子生物学会年会 

Transcription factor binding profiling using chemically induced genes by ChIPEA

Zou, Zhaonan, 岩田通夫, 山西芳裕, 沖真弥

情報計算化学生物学会2021年大会 

From drug repositioning to target repositioning: omics-based prediction of therapeutic targets for a variety of diseases

難波里子, 岩田通夫, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2021年大会 

ChIP-weighted TFEAによる薬剤摂動時の転写因子結合プロファイル

Zou, Zhaonan, 岩田通夫, 山西芳裕, 沖真弥

第10回生命医薬情報学連合大会 

Predicting compound-induced single-cell transcriptomes by tensor decomposition for pathway trajectory analysis

岩田通夫, 六峰弘晃, 中山裕介, 吹田直政, 山西芳裕

第10回生命医薬情報学連合大会 

トランスクリプトームデータを用いたダイレクトリプログラミングを誘導する低分子化合物の組み合わせ予測

濱野桃子, 中村透, 岩田通夫, 江口凌平, 山西芳裕

第10回生命医薬情報学連合大会 

ターゲットリポジショニング：遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた創薬標的予測

難波里子, 岩田通夫, 山西芳裕

第10回生命医薬情報学連合大会 

多様なヒト細胞における薬物応答トランスクリプトームの予測と創薬応用 Invited

岩田通夫

マルチNGSオミクスセミナー 

遺伝子発現制御に着目した薬剤摂動トランスクリプトームと大規模ChIP-seqデータの統合解析による薬剤作用ターゲット探索

鄒兆南, 岩田通夫, 山西芳裕, 沖真弥

第43回日本分子生物学会年会 

多層オミクス解析による遺伝子発現機構のディジーゾーム解析と治療薬探索 Invited

岩田通夫, 沖真弥, 山西芳裕

第43回日本分子生物学会年会 

低分子化合物のオミクス解析によるデータ駆動型ダイレクトリプログラミング

中村透, 岩田通夫, 濱野桃子, 江口凌平, 山西芳裕

第43回日本分子生物学会年会 

パイオニア転写因子を考慮したデータ駆動型ダイレクトリプログラミング

江口凌平, 濱野桃子, 岩田通夫, 中村透, 沖真弥, 山西芳裕

第43回日本分子生物学会年会 

摂動応答トランスクリプトームを用いた創薬標的分子と治療薬の探索

難波里子, 岩田通夫, 飯田緑, 山西芳裕

第9回生命医薬情報学連合大会 

Network-based characterization of disease–disease relationships in terms of drugs and therapeutic targets

飯田緑, 岩田通夫, 山西芳裕

第9回生命医薬情報学連合大会 

Network-based characterization of disease–disease relationships in terms of drugs and therapeutic targets

Iida, M., Iwata, M., Yamanishi, Y.

The 28th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2020) 

化合物や疾患を特徴づける大規模な遺伝子発現データを用いた創薬 Invited

岩田通夫

第4回KBC(Kyushu Bioinformatics Community)勉強会 

新規のTensor-train分解アルゴリズムによる、多様なヒト細胞における薬物応答トランスクリプトームの予測

岩田通夫, Yuan, Longhao, Zhao, Qibin, 田部井靖生, Berenger, Francois, 澤田隆介, 秋好紗弥香, 濱野桃子, 山西芳裕

第42回日本分子生物学会年会 

Tensor-train分解アルゴリズムによる薬物応答遺伝子発現データの解析と創薬応用

岩田通夫, Yuan, Longhao, Zhao, Qibin, 田部井靖生, 山西芳裕

第22回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2019) 

Kampo drug repositioning and compound mixture analyses using multi-task graph convolutional neural networks

道家光宏, 澤田隆介, 岩田通夫, 坂井幸恵, 門脇真, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2019年大会 

Predicting drug-induced transcriptome responses of a wide range of human cell lines by a novel tensor-train decomposition algorithm

岩田通夫, Yuan, Longhao, Zhao, Qibin, 田部井靖生, Berenger, Francois, 澤田隆介, 秋好紗弥香, 濱野桃子, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2019年大会 

Predicting drug-induced transcriptome responses of a wide range of human cell lines by a novel tensor-train decomposition algorithm

岩田通夫, Yuan, Longhao, Zhao, Qibin, 田部井靖生, Berenger, Francois, 澤田隆介, 秋好紗弥香, 濱野桃子, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2019年大会 

Small Compound-based direct reprogramming using large-scale omics data

中村透, 岩田通夫, 濱野桃子, 江口凌平, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2019年大会 

Computational direct reprogramming by integrating genome, transcriptome and epigenome data

江口凌平, 濱野桃子, 岩田通夫, 中村透, 沖真弥, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2019年大会 

新規のTensor-train分解アルゴリズムによる、多様なヒト細胞における薬物応答トランスクリプトームの予測

岩田通夫, Yuan, Longhao, Zhao, Qibin, 田部井靖生, Berenger, Francois, 澤田隆介, 秋好紗弥香, 濱野桃子, 山西芳裕

第8回生命医薬情報学連合大会 

低分子化合物によるデータ駆動型ダイレクトリプログラミング

中村透, 岩田通夫, 濱野桃子, 江口凌平, 山西芳裕

第8回生命医薬情報学連合大会 

トランスクリプトーム情報とエピゲノム情報の融合解析によるインシリコ・ダイレクトリプログラミング

江口凌平, 濱野桃子, 岩田通夫, 中村透, 沖真弥, 山西芳裕

第8回生命医薬情報学連合大会 

Pathway-based drug discovery and repositioning for cancers

Iwata, M., Hirose, L., Kohara, H., Liao, J., Sawada, R., Akiyoshi, S., Tani, K., Yamanishi, Y.

The 27th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 18th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2019) 

Predicting drug-induced transcriptome responses of a wide range of human cell lines by a novel tensor-train decomposition algorithm

Iwata, M., Yuan, L., Zhao, Q., Tabei, Y., Berenger, F., Sawada, R., Akiyoshi, S., Hamano, M., Yamanishi, Y.

The 27th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 18th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2019) 

遺伝子発現機構を介したディジーゾーム解析による疾患間の関連性解析と治療薬探索

岩田通夫, 沖真弥, 田部井靖生, 山西芳裕

第41回分子生物学会年会 

漢方薬リポジショニング:ビッグデータと機械学習による漢方薬の効能予測

澤田隆介, 岩田通夫, 梅崎雅人, 臼井義比古, 小林敏一, 窪野孝貴, 林周作, 門脇真, 山西芳裕

第41回ケモインフォマティクス討論会 

Tensor-train分解アルゴリズムによる薬物応答遺伝子発現データからの創薬

岩田通夫, Yuan, Longhao, Zhao, Qibin, 田部井靖生, 山西芳裕

第41回ケモインフォマティクス討論会 

Kampo drug repositioning: Analysis of the mode-of-action and prediction of new indications of Kampo medicines

澤田隆介, 岩田通夫, 梅崎雅人, 臼井義比古, 小林敏一, 窪野孝貴, 門脇真，山西芳裕

情報計算化学生物学会2018年大会 

転写因子を介したディジーゾーム解析による疾患間の関連性理解と創薬応用

岩田通夫, 沖真弥, 田部井靖生, 山西芳裕

第7回生命医薬情報学連合大会 

Tensor-train分解アルゴリズムによる高次テンソル解析：薬物応答遺伝子発現データからの創薬

岩田通夫, Yuan, Longhao, Zhao, Qibin, 田部井靖生, 山西芳裕

2018年度統計関連学会連合大会 

Tensor-train分解アルゴリズムによる高次テンソルデータ解析：薬物応答遺伝子発現データへの応用

岩田通夫, Yuan, Longhao, Zhao, Qibin, 田部井靖生, 山西芳裕

日本計算機統計学会第32回大会 

Compuational analysis of the mode-of-action and pharmacological effects of Japanese Kampo medicines

Sawada, R., Iwata, M., Umezaki, M., Usui, Y., Kubono, T., Kadowaki, M., Yamanishi, Y.

The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2018) 

KampoDB: An integrated platform for mode-of-action analysis and repositioning of natural medicines

澤田隆介, 岩田通夫, 梅崎雅人, 臼井義比古, 窪野孝貴, 門脇真，山西芳裕

情報計算化学生物学会2017年大会 

遺伝子発現プロファイルのディジーゾーム解析による疾患間の関連性理解と創薬応用

岩田通夫, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2017年大会 

Large-scale diseasome analysis of gene expression signatures toward understanding disease–disease associations and drug discovery

岩田通夫, 澤田隆介, 田部井靖生, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2017年大会 

遺伝子発現プロファイルのディジーゾーム解析による疾患間の関連性理解と創薬への応用

岩田通夫, 澤田隆介, 田部井靖生，山西芳裕

第6回生命医薬情報学連合大会 

遺伝子発現プロファイルのディジーゾーム解析による疾患間の関連性理解と創薬応用

岩田通夫, 澤田隆介, 田部井靖生, 山西芳裕

第6回生命医薬情報学連合大会 

Transomics-based drug repositioning for a wide range of diseases

Sawada, R., Iwata, M., Yamanishi, Y.

The 26th Hot Spring Harbor International Symposium 

Pathway-based drug discovery and repositioning by large-scale chemically-induced transcriptomics

岩田通夫, 澤田隆介, 小寺正明，山西芳裕

情報計算化学生物学会2016年大会 

Predicting inhibitory and activatory effects of drug candidate compounds from chemically-induced transcriptome data by a multitask learning with gene perturbation similarity

澤田隆介, 岩田通夫, 田部井靖生, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2016年大会 

Predicting inhibitory and activatory effects of drug candidate compounds from chemically-induced transcriptome data by a multitask learning with gene perturbation similarity

澤田隆介, 岩田通夫, 田部井靖生, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2016年大会 

遺伝子摂動類似性に基づくマルチタスク学習と化合物応答トランスクリプトーム解析による医薬品候補化合物の阻害・活性化作用の予測

澤田隆介, 岩田通夫, 田部井靖生, 山西芳裕

第5回生命医薬情報学連合大会 

パスウェイ情報と化合物応答トランスクリプトーム解析によるドラッグリポジショニング：計算機的予測と実験的検証

岩田通夫, 澤田隆介, 小寺正明, 山西芳裕

第5回生命医薬情報学連合大会 

遺伝子摂動類似性に基づくマルチタスク学習と化合物応答トランスクリプトーム解析による医薬品候補化合物の阻害・活性化作用の予測

澤田隆介, 岩田通夫, 田部井靖生, 山西芳裕

第5回生命医薬情報学連合大会 

パスウェイ情報と化合物応答トランスクリプトーム解析によるドラッグリポジショニング：計算機的予測と実験的検証

岩田通夫, 澤田隆介, 小寺正明，山西芳裕

第5回生命医薬情報学連合大会 

薬物の標的タンパク質プロファイルとオミックス情報に基づくドラッグリポジショニング

澤田隆介, 岩田通夫, 山西芳裕

第38回分子生物学会・第88回生化学会合同大会 

化合物応答遺伝子発現プロファイルの大規模解析による生理活性化合物の作用機序推定と創薬への応用

岩田通夫, 澤田隆介, 山西芳裕

第38回分子生物学会・第88回生化学会合同大会 

化合物応答遺伝子発現プロファイルの大規模解析による生理活性化合物の作用機序推定と創薬への応用

岩田通夫, 澤田隆介, 山西芳裕

第38回分子生物学会・第88回生化学会合同大会 

化合物応答遺伝子発現プロファイルの大規模解析による生理活性化合物の作用機序の推定

岩田通夫, 澤田隆介, 山西芳裕

第4回生命医薬情報学連合大会 

化合物摂動と遺伝子摂動の遺伝子発現プロファイルを用いた医薬品候補化合物の標的タンパク質予測

澤田隆介, 岩田通夫, 山西芳裕

第4回生命医薬情報学連合大会 

化合物摂動と遺伝子摂動の遺伝子発現プロファイルを用いた医薬品候補化合物の標的タンパク質予測

澤田隆介, 岩田通夫, 山西芳裕

第4回生命医薬情報学連合大会 

化合物応答遺伝子発現プロファイルの大規模解析による生理活性化合物の作用機序の推定

岩田通夫, 澤田隆介, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2015年大会 

化合物・タンパク質間インターラクトーム情報とオミックスデータに基づくドラッグリポジショニング

澤田隆介, 岩田通夫, 山西芳裕

情報計算化学生物学会2015年大会 

Evaluation of computational methods for predicting drug efficacy and targets from drug-induced gene expression data in Cmap

Iwata, M., Sawada, R., Iwata, H., Yamanishi, Y.

International Symposium on Synthetic Systems Biology: Synthetic Metabolic Pathway, Mathematical System Analysis and Design of Bio-inspired System; Joint 14th Symposium of Biochemical Systems Theory (BST2015) 

Coarse but efficient identification of metabolic pathway systems

Iwata, M., Shiraishi, F., Voit, E.O.

International Symposium on Synthetic Systems Biology: Synthetic Metabolic Pathway, Mathematical System Analysis and Design of Bio-inspired System; Joint 14th Symposium of Biochemical Systems Theory (BST2015) 

Evaluation of computational methods for predicting drug efficacy and targets from drug-induced gene expression data in Cmap

Iwata, M., Sawada, R., Iwata, H., Yamanishi, Y.

The 26th International Conference on Genome Informatics & The 14th International Conference on Bioinformatics (GIW/InCoB2015) 

薬物の標的分子予測に向けたミッシング酵素のオミックスデータ解析

岩田通夫, 小寺正明, 山西芳裕

第3回生命医薬情報学連合大会 

S-システム型式を用いて大胆かつ効率よく代謝システムを数式化する方法の検討

岩田通夫, 白石文秀, Voit, Eberhard O.

化学工学会第45回秋季大会 

A strategy for systematic parameter estimation in large-scale metabolic reaction networks

Iwata, M., Shiraishi, F.

Frontiers in systems and synthetic biology’13 

代謝反応システムに対するS-システム型モデル式中の速度パラメータ推算におけるNewton-Raphson法の性能

岩田通夫, Sriyudthsak, Kansuporn, 平井優美, 白石文秀

平成24年度農芸化学会西日本支部および日本栄養・食糧学会九州・沖縄支部合同大会 

代謝反応システムにおける数式モデルの構築と速度パラメータの迅速推算

岩田通夫, 白石文秀

化学工学会第44回秋季大会 

Rapid estimation of kinetic parameters in S-system type differential equation models for metabolic reaction networks

Iwata, M., Shiraishi, F.

14th Asia Pacific Confederation of Chemical Engineering Congress 

代謝反応ネットワークに対するS-システム型モデル中の速度パラメータ推算

岩田通夫, Sriyudthsak, Kansuporn, 平井優美, 白石文秀

化学工学会第43回秋季大会 

動的感度ソフトSoftCADSの開発とその性能評価

白石文秀, 江頭正朗, 岩田通夫

2011生態工学会年次大会 

Algorithm of Newton-Raphson method for parameter estimation of decoupled S-systems

Iwata, M., Shiraishi, F.

The XII International Congress on Molecular Systems Biology 

Parameter estimation of decoupled S-systems by Newton-Raphson method

Shiraishi, F., Iwata, M., Sriyudthsak, K., Hirai, M.H., Naito, S.

The XII International Congress on Molecular Systems Biology 

A highly reliable computation of dynamic sensitivities in metabolic reaction systems by a Taylor series method

Shiraishi, F., Iwata, M., Egashira, M., Sriyudthsak, K., Hattori, K.

The 13th Asia Pacific Confederation of Chemical Engineering Congress 

Taylor級数法によれば硬い微分方程式でも超高精度の数値解が得られる

岩田通夫, 江頭正朗, 白石文秀

化学工学会第42回秋季大会 

極低濃度域における有機化合物の光触媒分解に対する反応速度解析と問題点

岩田通夫, 白石文秀, 宮川洋光

化学工学会第41回秋季大会 

ポスター賞

日本バイオインフォマティクス学会   2014.10.04

岩田通夫, 小寺正明, 山西芳裕