Updated on 2024/09/13

写真a

 
IRISA Masayuki
 
Scopus Paper Info  
Total Paper Count: 0  Total Citation Count: 0  h-index: 3

Citation count denotes the number of citations in papers published for a particular year.

Affiliation
Faculty of Computer Science and Systems Engineering Department of Physics and Information Technology
Job
Associate Professor
E-mail
メールアドレス
External link

Research Interests

  • water

  • hydrophobic hydration

  • solubility

  • heat capacity

  • SPT

  • computational geometry

  • alpha-shape

  • excluded volume

  • accessible surface area

  • virial coefficient

  • macromolecular crowding

  • depletion effect

  • actin

  • association

  • motor protein

  • chmomechanical trasl

  • protein

Degree

  • Osaka University  -  Doctor of Science   1996.02

Biography in Kyutech

  • 2019.04
     

    Kyushu Institute of Technology   Faculty of Computer Science and Systems Engineering   Department of Physics and Information Technology   Associate Professor  

  • 2008.04
    -
    2019.03
     

    Kyushu Institute of Technology   Faculty of Computer Science and Systems Engineering   Department of Bioscience and Bioinformatics   Associate Professor  

Papers

  • Molecular Recognition and Self-Organization in Life Phenomena Studied by a Statistical Mechanics of Molecular Liquids, the RISM/3D-RISM Theory Invited Reviewed International journal

    Masatake Sugita, Itaru Onishi, Masayuki Irisa, Norio Yoshida, Fumio Hirata

    Molecules   26 ( 271 )   1 - 29   2021.07

    　More details

    Authorship：Corresponding author   Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)

    DOI： 10.3390/molecules26020271

  • A tool written in Scala for preparation and analysis in MD simulation and 3D-RISM calculation of biomolecules(joindly worked) Invited Reviewed

    Itaru Onishi, Hiroto Tsuji, Masayuki Irisa

    Biophysics and Physicobiology   16   485 - 489   2019.11

    　More details

    Authorship：Corresponding author   Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)

    DOI： 10.2142/biophysico.16.0_485

  • Extended scaled particle theory relates heat capacity change of protein to number density of pure water Reviewed

    Junji Yasuniwa,Masayuki Irisa

    PACIFICHEM 2010   149-TECH   2010.12

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (international conference proceedings)

    U.S.A.   Hawaii   2010.12.15  -  2010.12.20

  • Analytical expression of the Ornstein-Zernike integral equation ofhard-sphere liquid derived from the extended scaled particle theory Reviewed

    Takuya Fukudome,Masayuki Irisa

    PACIFICHEM 2010   150-TECH   2010.12

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (international conference proceedings)

    U.S.A.   Hawaii   2010.12.15  -  2010.12.20

  • 水和と蛋白質の熱容量 Reviewed

    入佐　正幸

    溶液化学ニュースレター   63   1 - 4   2010.07

    　More details

    Language：Japanese   Publishing type：Research paper (scientific journal)

    代表的研究業績

  • Van der Waals picture based on scaled particle theory (Scaled particle theory に基づくファン・デル・ワールス描像) Reviewed

    入佐　正幸

    物性研究   91 ( 6 )   700 - 700   2009.03

    　More details

    Language：Japanese   Publishing type：Research paper (scientific journal)

    主要雑誌 代表的研究業績

  • Heat Capacity and Conformation of Small Protein Reviewed

    International Workshop on Continuum Modeling of Biomolecules   2008.09

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (other academic)

    China   2008.09.14  -  2008.09.16

  • Stereoscopic viewing system for proteins using OpenRasmol: a tool for displaying a filament of proteins Reviewed

    Masayuki Irisa,Satoru Gondo,Yuko Fujishima,Ken'ichi Kakizaki

    Biophysics   3 ( 0 )   57 - 62   2007.12

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)

  • Heat Capacity of Protein and Hydration Entropy Reviewed

    Masayuki Irisa,Hitomi Kitazato

    Joint Conference of JMLG/EMLG Meeting 2007 and 30th Symposium on Solution Chemistry of Japan: Molecular Approaches to Complex Liquids System   11 ( 11 )   11 - 11   2007.11

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (international conference proceedings)

    Fukuoka   2007.11.21  -  2007.11.25

  • Calculation of Heat Capacity of Protein by Using Extended Scaled Particle Theory Reviewed

    Nobue Kurose,Kenta Matsuo,Masayuki Irisa

    PACIFICHEM 2005   138-TECH   2005.12

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (international conference proceedings)

    U.S.A.   Hawaii   2005.12.15  -  2005.12.20

  • Calculation of molecular crowding effect between two actin molecules making contact through excluded volume effect Reviewed

    Yoshimi Shimada,Masayuki Irisa

    PACIFICHEM 2005   138-TECH   2005.12

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (international conference proceedings)

    U.S.A.   Hawaii   2005.12.15  -  2005.12.20

  • Calculation of molecular crowding effect between two actin molecules making contact Reviewed

    15th IUPAB & 5th EBSA International Biophysics Congress   p783 - p783   2005.09

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (international conference proceedings)

    France   Montpellier   2005.08.27  -  2005.09.01

  • Calculation of Heat Capacity of Protein by Using Extended Scaled Particle Theory Reviewed

    29-th International Conference on Solution Chemistry   186 - 186   2005.08

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (international conference proceedings)

    Slovenija   2005.08.21  -  2005.08.25

  • Calculation of Mean Force between Associating Actin Molecules through Excluded Volume Effect by using Extended Scaled Particle Theory. Reviewed

    49th Annual Meeting of Biophysical Society   2005.02

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (international conference proceedings)

    U.S.A.   Long Beach, California   2005.02.12  -  2005.02.16

  • タンパク質の疎水水和－アクチン分子間に働く排除体積効果－ Reviewed

    入佐　正幸

    生物物理   43 ( 5 )   228 - 233   2003.09

    　More details

    Language：Japanese   Publishing type：Research paper (other academic)

    主要雑誌

  • Theoretical Characterization of the Long-range Attraction between G-actin Molecules through the Excluded Volume Effect Molec Reviewed

    Journal of Biological Physics   28   347 - 357   2002.03

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (other academic)

  • Classification of Low-Energy Conformations of Met-Enkephalin in the Gas Phase and in a Model Solvent Based on the Extended Scaled Particle Theory Reviewed

    Ayori Mitsutake,Masayuki Irisa,Yuko Okamoto,and Fumio Hirata

    Bull. Chem. Soc. Jpn.   72 ( 8 )   1717 - 1729   2000.04

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (other academic)

  • Molecular Theories of Partial Molar Volume Reviewed

    Fumio Hirata (IMS),Takashi Imai (IMS),Masayuki Irisa

    The Review of High Pressure Science and Technology   8 ( 2 )   96 - 103   1998.04

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (other academic)

  • 蛋白質の水和自由エネルギーの計算 Reviewed

    入佐　正幸

    物性研究   68 ( 4 )   416 - 416   1997.04

    　More details

    Language：Japanese   Publishing type：Research paper (scientific journal)

  • An elegant algorithm of the analytical calculation for the volume of fused spheres Reviewed

    Computer Physics Communications   98   317 - 317   1996.04

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)

  • Soluation free energy of Protein Reproduced by the Combination of the extended scaled particle theory and the Poisson-Boltzmann equation Reviewed

    Journal of Molecular Liguids   65   381 - 381   1995.04

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)

  • Solvation free energies of non-polar and polar solutes veproduced bya combination of extended scaled particle theory and the Poisson-Boltzwann equation Reviewed

    Molecular Physics   85   1227 - 1227   1995.04

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)

  • Extended scaled particle theory for dilute solutions of arbitravy shaped solutes. An application to soluation free energies of hydro carbons Reviewed

    Chemical Physics Letters   207   430 - 430   1993.04

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)

▼display all

Conference Prsentations (Oral, Poster)

  • QM/MM metadynamics で調べた EcoRV の DNA 加水分解の反応機構

    三松美香,大西到,松田涼太郎,吉田紀生,平田文男,入佐正幸

    第45回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

    　More details

    Event date： 2023.10.18 - 2023.10.20   Language：Japanese   Country：Japan  

  • Reaction Pathways in DNA Hydrolysis of EcoRV Calculated by Quantum- Chemical Metadynamics

    Mika Mitsumatsu, Itaru Onishi, Norio Yoshida, Fumio Hirata, Masayuki Irisa

    International Conference on Biological Physics (ICBP2023)  2023.08  International Union of Pure and Applied Biophysics (IUPAB)

    　More details

    Event date： 2023.08.14 - 2023.08.18   Language：English   Country：Korea, Republic of  

    Restriction enzyme recognizes a specific DNA sequence and selectively cuts double-stranded DNA. This hydrolysis reaction requires divalent cations. One of the type II restriction enzymes, EcoRV, is a homo dimer, subunit A and B, and requires Mg 2+ for its function. QM/MM metadynamics simulation of EcoRV–DNA complex structure was performed with a precursor structure, referred to as structure M, as the initial structure. Structure M is an equilibrium structure suitable for hydrolysis obtained from MD trajectories in our previous studies. The Potential of Mean Force (PMF) surface obtained from the QM/MM metadynamics simulations with structure M shows two pathways, a dissociative reaction pathway and an associative reaction pathway, for DNA hydrolysis by EcoRV. In this study, we made video movies to investigate proton-transfer in DNA hydrolysis of subunit B along the two pathways. In both of two pathways, we have found Asp90 and Lys92 side chains are ionized in structure M and then electrically neutralized by a proton-transfer from Lys92 to Asp90 before the nucleophile water attacks the scissile phosphate. In
    a dissociative reaction pathway, a trigonal bipyramidal structure consisting of the scissile phosphate five atoms, a phosphor atom and three oxygen atoms in Ade7 and oxygen atom O3' in Thr6, and an oxygen atom in the nucleophile water, is meta-stable in the PMF surface. Two Mg 2+ ions form a chemical complex and bridges between catalytic residues, Ile91 and Asp74, and atoms in the trigonal bipyramidal structure.

  • Further Development of STCSB, Scala Tool for the Computational Science of Biomolecules, to Add Quantum-Chemistry Calculation and Visualization of Electron Density Distribution: An Application Example of DNA Hydrolysis by EcoRV

    Ryoutarou Matsuda, Mika Mitsumatsu, Itaru Onishi, Masayuki Irisa

    International Conference on Biological Physics (ICBP2023)  2023.08  International Union of Pure and Applied Biophysics (IUPAB)

    　More details

    Event date： 2023.08.14 - 2023.08.18   Language：English   Country：Korea, Republic of  

    We have further developed STCSB, Scala Tool for the Computational Science of Biomolecules, to add a quantumchemistry calculation module, DFTB3/3OB calculation, by calling external libraries, DFTB+ and AMBER-sqm/sander. STCSB was made by our group and has been used for 3D-RISM calculations, molecular dynamics (MD) simulations, and QM/MM metadynamics simulations. In this study, one of the snapshot structure obtained from QM/MM metadynamics simulations of EcoRV–DNA complex, one of the type II restriction enzymes, is visualized as a 3D image of electron-density distribution in an active site of EcoRV–DNA complex. At the snapshot structure, proton-transfers occurred in hydrolysis of DNA by EcoRV. We have succeeded in showing the electron density distribution corresponding to a proton-relay consisting of two proton-transfers, one from the nucleophile water to Asp90 and the other from Asp90 to the scissile phosphate, Ade7 O1.

  • Scala言語を用いた生体高分子計算科学ツールSTCSBへの量子化学計算機能 の追加

    松田涼太郎,三松美香,大⻄ 到,入佐 正幸

    第44回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

    　More details

    Event date： 2022.10.27 - 2022.10.29   Language：Japanese   Country：Japan  

  • EcoRV による DNA 加水分解におけるプロトン移動の量子化学計算による観察

    三松美香,大⻄ 到,吉田紀生,平田 文男,入佐 正幸

    第44回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

    　More details

    Event date： 2022.10.27 - 2022.10.29   Language：Japanese   Country：Japan  

  • VRwave 改造立体視 VRML ブラウザにお ける VR 空間内の滑らかな視点移動表現機能

    渡邉智也,大西到,入佐正幸

    第35回分子シミュレーション討論会 

    　More details

    Event date： 2021.11.29 - 2021.12.01   Language：Japanese   Country：Japan  

  • 関数型言語 Scala のパーサコンビネータを 用いた立体視 VRML ブラウザ でのファイ ル読み込み機能の改良

    川原康平,入佐正幸

    第35回分子シミュレーション討論会 

    　More details

    Event date： 2021.11.29 - 2021.12.01   Language：Japanese   Country：Japan  

  • EcoRV による DNA 加水分解におけるプロトン移動の量子化学計算による観察

    三松美香,大⻄ 到,吉田紀生,平田 文男,入佐 正幸

    第43回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

    　More details

    Event date： 2021.10.28 - 2021.10.29   Language：Japanese   Country：Japan  

  • DNA 切断直後における EcoRV–DNA 複合体中のカチオン近傍溶媒構造の計算

    長野怜也,大⻄ 到,吉田紀生,平田 文男,入佐 正幸

    第43回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

    　More details

    Event date： 2021.10.28 - 2021.10.29   Language：Japanese   Country：Japan  

  • 3D-RISM を⽤いた BamHI–DNA 複合体の活性部位におけるカチオンと⽔の分布の計算

    ⽮野佑紀，⼤⻄到，吉⽥紀⽣，平⽥⽂男，⼊佐正幸

    第42回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

    　More details

    Event date： 2019.10.30 - 2019.11.01   Language：Japanese  

  • A QM/MM Metadynamics study of the DNA Hydrolysis by EcoRV Subsequent to Scissile-Phosphate Twist

    ⼤⻄到，吉⽥紀⽣，平⽥⽂男，⼊佐正幸

    第42回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

    　More details

    Event date： 2019.10.30 - 2019.11.01   Language：Japanese  

  • 拡張 scaled particle 理論によって計算した動径分布関数

    生命情報工学科

    日本生物物理学会第４６回年会 

    　More details

    Event date： 2008.12.03 - 2008.12.05   Language：Japanese  

  • 小さな球状蛋白質の熱容量と立体構造

    生命情報工学科

    日本生物物理学会第４６回年会 

    　More details

    Event date： 2008.12.03 - 2008.12.05   Language：Japanese  

  • XSPTで計算した２種類の球状蛋白質の水和熱容量の比較

    本人

    溶液化学シンポジウム第31回年会 

    　More details

    Event date： 2008.11.12 - 2008.11.14   Language：Japanese  

  • Van der Waals picture based on scaled particle theory

    2nd Mini-Symposium on Liquids -Ver der Waals picture-  

    　More details

    Event date： 2008.10.03   Language：English  

  • Heat Capacity of Protein and Hydration Entropy

    International conference of biophysics 2008 

    　More details

    Event date： 2008.02.05 - 2008.02.10   Language：English  

  • Distribution of water molecules in hydration shell around a smallglobular protein calculated by using molecular dynamics

    International conference of biophysics 2008 

    　More details

    Event date： 2008.02.05 - 2008.02.10   Language：English  

  • Heat Capacity of Protein and Hydration Entropy

    　More details

    Event date： 2007.12.21 - 2007.12.23   Language：English  

  • Distribution of water molecules in hydration shell around a small globular protein calculated by usingmolecular dynamics

    　More details

    Event date： 2007.12.21 - 2007.12.23   Language：English  

  • Distribution of water molecules in hydration shell around a smallglobular protein calculated by using molecular dynamics

    Joint Conference of JMLG/EMLG Meeting 2007 and 30th Symposium on Solution Chemistry of Japan:Molecular Approaches to Complex Liquids System 

    　More details

    Event date： 2007.11.21 - 2007.11.25   Language：English  

  • Comparison of radial distribution functions of hard spheres calculated by using extended scaled particle theory and fundamental measure theory

    Joint Conference of JMLG/EMLG Meeting 2007 and 30th Symposium on Solution Chemistry of Japan:Molecular Approaches to Complex Liquids System 

    　More details

    Event date： 2007.11.21 - 2007.11.25   Language：English  

  • アクチンモノマー２分子に働く高分子込み合い効果の計算

    生命情報工学科

    生体運動研究合同班会議 

    　More details

    Event date： 2007.01.07 - 2007.01.09   Language：Japanese  

  • 近接するアクチン分子間に働く排除体積起因平均力の計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本生物物理学会第43回年会 

    　More details

    Event date： 2005.11.23 - 2005.11.25   Language：Japanese  

  • 蛋白質の熱容量への分子形状依存性の計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本生物物理学会第43回年会 

    　More details

    Event date： 2005.11.23 - 2005.11.25   Language：Japanese  

  • Arp2/3の配置のアクチン2分子間に働く排除体積起因平均力の計算

    本人

    日本生物物理学会第43回年会 

    　More details

    Event date： 2005.11.23 - 2005.11.25   Language：Japanese  

  • 蛋白質の熱容量の分子形状による影響の計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    溶液化学シンポジウム第28回年会 

    　More details

    Event date： 2005.11.17 - 2005.11.19   Language：Japanese  

  • 分子動力学法による水中の空洞の疎水表面における水分子の分布

    生命情報工学科,情報科学専攻

    溶液化学シンポジウム第28回年会 

    　More details

    Event date： 2005.11.17 - 2005.11.19   Language：Japanese  

  • Calculation of Heat Capacity and Entropy Convergence of BPTI by Using Extended Scaled Particle Theory

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本生物物理学会第44回年会 

    　More details

    Event date： 2005.11.12 - 2005.11.16   Language：Japanese  

  • 蛋白質の熱容量の拡張 scaled particle 理論による計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本蛋白質科学会第5回年会 

    　More details

    Event date： 2005.06.30 - 2005.07.02   Language：Japanese  

  • 近接するアクチン２分子間に働く排除体積起因平均力の計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本蛋白質科学会第5回年会 

    　More details

    Event date： 2005.06.30 - 2005.07.02   Language：Japanese  

  • 分子動力学法による水中の空洞の分布の計算

    生命情報工学科,情報科学専攻

    日本蛋白質科学会第5回年会 

    　More details

    Event date： 2005.06.30 - 2005.07.02   Language：Japanese  

  • 蛋白質のランダム構造における水和自由エネルギーの計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本蛋白質科学会第5回年会 

    　More details

    Event date： 2005.06.30 - 2005.07.02   Language：Japanese  

  • Arp2/3の配置のアクチン2分子間に働く排除体積起因平均力の計算

    生命情報工学科,情報科学専攻

    日本蛋白質科学会第5回年会 

    　More details

    Event date： 2005.06.30 - 2005.07.02   Language：Japanese  

  • 境界要素法を用いた Avian Pancreatic Polypeptide のボルンエネルギー計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本生物物理学会第42回年会 

    　More details

    Event date： 2004.12.13 - 2004.12.15   Language：Japanese  

  • 疎水表面の水分子の数密度への水分子モデルの違いの影響の計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本生物物理学会第42回年会 

    　More details

    Event date： 2004.12.13 - 2004.12.15   Language：Japanese  

  • 近接したアクチン２分子間に働く排除体積起因の平均力の計算

    本人

    日本生物物理学会第42回年会 

    　More details

    Event date： 2004.12.13 - 2004.12.15   Language：Japanese  

  • Calculation of potential of mean force between two actin molecules through excluded volume effect by using scaled particle theory

    The International Workshop on the Physics of Soft Matter Complexes 

    　More details

    Event date： 2004.11.29 - 2004.12.02   Language：English  

  • 蛋白質の熱容量の拡張 scaled particle 理論による計算

    本人

    溶液化学研究会第27回年会 

    　More details

    Event date： 2004.11.19 - 2004.11.21   Language：Japanese  

  • Calculation of potential of mean force between two actin molecules through excluded volume effect by using scaled particle theory

    The 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science 

    　More details

    Event date： 2004.04.14 - 2004.04.18   Language：English  

  • A Brownian Ratchet Model of Actin Polymerization Motor by using Extended Scaled Particle Theory

    The 3rd International Symposium on Slow Dynamics in Complex System 

    　More details

    Event date： 2003.11.03 - 2003.11.08   Language：English  

  • F-actin配置でのactin分子間に働く排除体積起因引力

    第26回溶液化学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 2003.10.17 - 2003.10.19   Language：Japanese  

  • 溶液中でのLorenzモデル配置のアクチン分子間に働く排除体積起因平均力の計算

    第41回日本生物物理学会年会 

    　More details

    Event date： 2003.09.23 - 2003.09.25   Language：Japanese  

  • 溶液中のラチェットモデル

    生命情報工学科

    第41回日本生物物理学会年会 

    　More details

    Event date： 2003.09.23 - 2003.09.25   Language：Japanese  

  • アラニンジペプチドの水和自由エネルギーの立体構造依存性の計算

    第3回蛋白質科学会年会 

    　More details

    Event date： 2003.06.23 - 2003.06.25   Language：Japanese  

  • 排除体積効果起因の蛋白質分子間引力の拡張 scaled particle 理論による計算

    第３９回日本生物物理学会年会 

    　More details

    Event date： 2002.11.01 - 2002.11.04   Language：Japanese  

  • 剛体球液体での動径分布関数のXSPT,PY および MC による計算の比較

    第２５回溶液化学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 2002.09.26 - 2002.09.28   Language：Japanese  

  • 排除体積効果に起因する高分子間引力の拡張 scaled particle 理論による計算

    第８２日本化学会秋季年会 

    　More details

    Event date： 2002.09.25 - 2002.09.28   Language：Japanese  

  • Theoretical characterization of the long-range attraction between G-actin molecules through the excluded volume effects

    Bulletin of the American Chemical Society 

    　More details

    Event date： 2002.08.18 - 2002.08.22   Language：English  

  • Theoretical Characterization of the Long-range Attraction between G-actin Molecules through the Excluded Volume Effect

    本人

    日本蛋白質科学会第2回年会 

    　More details

    Event date： 2002.06.13 - 2002.06.15   Language：Japanese  

  • 排除体積効果に起因する G-actin 間の長距離引力の拡張 scaled particle 理論による計算

    第３９回日本生物物理学会年会 

    　More details

    Event date： 2001.10.06 - 2001.10.08   Language：Japanese  

  • 排除体積効果に起因する蛋白質間引力の拡張scaled particle theoryによる計算

    第２４回溶液化学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 2001.09.20 - 2001.09.22   Language：Japanese  

  • モンテ・カルロ・シミュレーションによる剛体球系での拡張 scaled particle theory の検証

    第２４回溶液化学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 2001.09.20 - 2001.09.22   Language：Japanese  

  • Theoretical Characterization of the Long-range Attraction between G-actin Molecules

    4th International Conference on Biological Physics, ICBP2001 

    　More details

    Event date： 2001.07.30 - 2001.08.03   Language：English  

  • Theoretical Characterization of the Long-range Attraction between G-actin Molecules

    　More details

    Event date： 2001.06.13 - 2001.06.15   Language：English  

  • 排除体積効果に起因する蛋白質間引力の拡張scaled particle theoryによる計算

    岡崎国立共同研究機構分子科学研究所研究会「水と生体分子が織り成す生命現象の化学」 

    　More details

    Event date： 2001.05.14 - 2001.05.16   Language：Japanese  

  • Partial molar entropy change of mixing of binary hard spheres

    APS Annual Meeting 

    　More details

    Event date： 2001.03.12 - 2001.03.16   Language：English  

  • Heat capacity of protein reproduced by a combination of = extended scaled

    PACIFICHEM 2000 

    　More details

    Event date： 2000.12.13   Language：English  

  • 誘電体モデルによる蛋白質のボルンエネルギー計算への計算幾何学の応用

    第２３回溶液化学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 2000.11.16 - 2000.11.18   Language：Japanese  

  • 拡張SPTによる剛体球系での空洞関数y(r)の計算

    第２３回溶液化学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 2000.11.16 - 2000.11.18   Language：Japanese  

  • 拡張 scaled particle theory を用いた Avian pancreatic polypeptide の水和自由エネルギーの温度依存性の計算

    第３８回日本生物物理学会年会 

    　More details

    Event date： 2000.09.10 - 2000.09.13   Language：Japanese  

  • バーチャルリアリティを用いた蛋白質分子の３次元表示システムの作成

    第３８回日本生物物理学会年会 

    　More details

    Event date： 2000.09.10 - 2000.09.13   Language：Japanese  

  • Comparison of the solvation free energies calculated by the extended scaled particle theory and the Monte Carlo simulation of the hard body system

    Bulletin of the American Physical Society 

    　More details

    Event date： 2000.03.20 - 2000.03.24   Language：English  

  • 剛体系での熱力学量のダイアグラム展開への計算幾何学における αシェイプの応用

    第２２回溶液化学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 1999.11.19 - 1999.11.21   Language：Japanese  

  • Topology change of the region excluded by the solute molecule while the solute molecule is hypothetically scaled up in the extended scaled particle theory

    26th International Conference on Solution Chemistry 

    　More details

    Event date： 1999.07.26 - 1999.07.31   Language：English  

  • An application of voronoi polyhedron to extended scaled particle theory

    IMS International Workshop on Protein Stability and Folding 

    　More details

    Event date： 1999.01.13 - 1999.01.15   Language：English  

  • Fused spheres の解析的体積計算の溶液理論への応用

    第４３回形の科学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 1998.11.20 - 1998.11.21   Language：Japanese  

  • An Interactive Molecular Graphics System

    Proc. of the VSMM VSMM'98 

    　More details

    Event date： 1998.11.18 - 1998.11.20   Language：English  

  • VRBIOMOL (VRML code generator for the representation of the surface and interior of the biomolecule)

    Proc. of the VSMM VSMM'98 

    　More details

    Event date： 1998.11.18 - 1998.11.20   Language：English  

  • バーチャルリアリティを用いた蛋白質表示ツールの作成

    情報処理教育研究集会 

    　More details

    Event date： 1998.10.23 - 1998.10.24   Language：Japanese  

  • フリーソフトによる日本語全文検索システムの学科共有情報への応用

    情報処理教育研究集会 

    　More details

    Event date： 1998.10.23 - 1998.10.24   Language：Japanese  

  • ボロノイ多面体を用いた境界要素法による分子の静電場計算

    第２１回溶液化学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 1998.10.08 - 1998.10.10   Language：Japanese  

  • アルカン・アルコールの水和に関する熱力学諸量の立体構造依存性のScaled particle theory を用いた計算

    第２１回溶液化学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 1998.10.08 - 1998.10.10   Language：Japanese  

  • 分子を仮想的にスケールした際の排除体積の変形に対する情報理論（αシェイプ）の応用

    第２１回溶液化学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 1998.10.08 - 1998.10.10   Language：Japanese  

  • 徐冷モンテカルロシミュレーションによるβ-Lactoglobulin の fragment のαヘリックス形成傾向性の研究

    第３６回日本生物物理学会年会 

    　More details

    Event date： 1998.10.02 - 1998.10.04   Language：Japanese  

  • 混合エントロピーへの分子サイズの影響

    第３６回日本生物物理学会年会 

    　More details

    Event date： 1998.10.02 - 1998.10.04   Language：Japanese  

  • バーチャルリアリティを用いたボロノイ多面体での蛋白質表示

    第３６回日本生物物理学会年会 

    　More details

    Event date： 1998.10.02 - 1998.10.04   Language：Japanese  

  • 計算幾何学手法の溶液理論(scaled particle theory)への応用

    第９回理論化学シンポジウム 

    　More details

    Event date： 1998.08.02 - 1998.08.05   Language：Japanese  

▼display all

Works

  • 研究室で作成した3D動画のWebサイトを公開

    入佐正幸

    2016.07.18

    　More details

    Location：http://www.irisa-lab.bio.kyutech.ac.jp/StereoMovies.html  

    高校生・一般向けの3D(立体視)動画の Webサイトを作成しました。キャンパスの様子を撮影した実写の3D動画や分子科学研究結果の分子グラフィックス3D動画を、任天堂ゲーム機 new 3DSやスマートフォンなどの機器を使って、3D映画のように飛び出したり奥行きが生じるように見ることができます。
     平成28年7月9日に行われた「夢ナビライブ2016東京」で、入佐准教授が担当した講義の際もこのWebサイトを高校生に紹介しました。
    ※new 3DS ではそのまま立体視可能です。スマートフォン(Android・iPhone)の場合はCardBoardが必要です。

  • 3D動画「京コンピュータを用いた小児マヒウイルスの 全原子分子動力学シミュレーション」

    入佐正幸 (九州工大)・岡崎進 (名古屋大/TCCI)

    2014.03.08

    　More details

    Location：UDXシアター （JR秋葉原駅前）  

    第２回TUT-CMSI見える化シンポジウム
    ＜芸術と科学の融合＞
    13:00～13:10　「電子が活躍するナノの世界へようこそ」
    監修： 関野秀男(TUT/CMSI)、Sound Creator:宮崎晃豪(TUT)
    Double Bass/Vocal：Pearl Alexander(Acousmatics)
    映像： 入佐正幸 (九州工大)・岡崎進 (名古屋大/TCCI)、山崎隆浩 (NIMS-分野４/MARCEED)

Lectures

  • Role of Mg2+ ions in DNA hydrolysis by EcoRV, studied by 3D-RISM and MD

    EuroSciCon Congress Insights in Enzyme Research Enzymology and Molecular Biology  2018.08  EuroSciCon

    　More details

    Presentation type：Invited lecture  

Press

  • ウイルスの動き３Ｄ化-世界初,京活用-

    入佐正幸,岡崎進

    西日本新聞,1面  2014.07.11

    　More details

    ウイルス,京コンピュータ,3D動画,コンピュータグラフィックス

Grants-in-Aid for Scientific Research

  • 蛋白質重合体の水溶液の溶液理論による研究

    Grant number：16041234  2004.04 - 2006.03   特定領域研究

  • 計算機顕微鏡を指向した電子顕微鏡像・分子動力学法統合による原子モデルの構築

    Grant number：15650052  2003.04 - 2005.03   萌芽研究・萌芽的研究

  • 生体高分子会合の溶液理論への情報理論の応用

    Grant number：14540473  2002.04 - 2006.03   基盤研究(C)

  • 蛋白質の水和理論への計算幾何学手法の応用

    Grant number：11780473  1999.04 - 2001.03   奨励研究(A)

Social activity outside the university

  • ISGフェスタ2019での自作立体視動画上映

    Role(s)：Lecturer,　Demonstrator

    2019.10.26

    　More details

    Audience： Infants,　Schoolchildren,　Junior students,　High school students,　College students,　Graduate students,　Teachers,　Guardians,　Researchesrs,　General

    Type：Seminar, workshop

    500人講義室にて立体視(VR)動画を上映した。実写およびCG動画はすべて研究室で自作した物。プロジェクタには500人講義室の立体視プロジェクタを用い、一部は自作立体視表示アプリケーション(立体視機能付きVRMLviewer)を用いた。研究室の4年生および院生がボランディアで手伝ってくれた。ISGフェスタに参加した方々に立体視そのものの仕組みや立体視機能が必要な研究分野(生物物理,構造生物学,生化学)について一部研究内容が紹介できた。

  • ISGフェスタ2017での自作立体視動画上映

    2017.10.28

    　More details

    Type：Seminar, workshop

    500人講義室にて立体視(VR)動画を上映した。実写およびCG動画はすべて研究室で自作した物。プロジェクタには500人講義室の立体視プロジェクタを用い、一部は自作立体視表示アプリケーション(立体視機能付きVRMLviewer)を用いた。研究室の4年生および院生がボランディアで手伝ってくれた。ISGフェスタに参加した方々に立体視そのものの仕組みや立体視機能が必要な研究分野(生物物理,構造生物学,生化学)について一部研究内容が紹介できた。

  • 夢ナビライブ2016東京での講演「生命を分子の物理法則から理解～CGで再現」

    2016.07.09

    　More details

    Type：Seminar, workshop

    情報工学部の代表として「夢ナビライブ2016東京」で講演を行った。参加した方々に立体視そのものの仕組みや立体視機能が必要な研究分野(生物物理,構造生物学,生化学)について一部研究内容が紹介できた。

  • 3DCMS2014:学部主催「立体視プロジェクションシステムを使った分子科学研究講演会」

    2014.12.05 - 2014.12.06

    　More details

    Type：Lecture

    講演者
    平田文男先生（分子科学研究所、立命館大学）、
    岡崎進先生（名古屋大学）、 田中秀樹先生（岡山大学）、安永卓生先生（九州工業大学）

    研究講演会(12/5,12/6)（講演順序順）500人講義室
    安永卓生(12/5,16:20)「３次元クライオ電子顕微鏡が拓く細胞・タンパク質のナノ構造」
    平田文男(12/6,10:30)「水溶液中の蛋白質における基質分子認識の統計力学理論」
    田中秀樹(12/6,13:00)「水、氷、メタンハイドレートの相転移と水分子の動き−京を用いたシミュレーションから−」
    岡崎進(12/6,14:10)「京コンピュータを用いた小児マヒウイルスの全原子分子動力学シミュレーション」

    研究ポスター展示(発表)(12/5,12/6)ラーニングアゴラ棟
    12/5 15：00 ～ 16：10 12/6 9：30 ～ 10：20