2024/09/13 更新

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イリサ　マサユキ
入佐　正幸
IRISA Masayuki
Scopus 論文情報  
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Citation Countは当該年に発表した論文の被引用数

所属
大学院情報工学研究院 物理情報工学研究系
職名
准教授
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研究キーワード

  • 水

  • 疎水水和

  • 溶解度

  • 比熱

  • SPT

  • 計算幾何学

  • αシェイプ

  • 排除体積

  • 露出表面積

  • ビリアル係数

  • 高分子込み合い効果

  • depletion effect

  • アクチン

  • 会合

  • モーター蛋白質

  • 化学力学変換

  • 蛋白質

取得学位

  • 大阪大学  -  修士（理学）   1996年02月

学内職務経歴

  • 2019年04月 - 現在   九州工業大学   大学院情報工学研究院   物理情報工学研究系     准教授

  • 2008年04月 - 2019年03月   九州工業大学   大学院情報工学研究院   生命情報工学研究系     准教授

論文

  • Molecular Recognition and Self-Organization in Life Phenomena Studied by a Statistical Mechanics of Molecular Liquids, the RISM/3D-RISM Theory 招待有り 査読有り 国際誌

    Masatake Sugita, Itaru Onishi, Masayuki Irisa, Norio Yoshida, Fumio Hirata

    Molecules   26 ( 271 )   1 - 29   2021年07月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.3390/molecules26020271

  • A tool written in Scala for preparation and analysis in MD simulation and 3D-RISM calculation of biomolecules(共著) 招待有り 査読有り

    Itaru Onishi, Hiroto Tsuji, Masayuki Irisa

    Biophysics and Physicobiology   16   485 - 489   2019年11月

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    担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    DOI： 10.2142/biophysico.16.0_485

  • Extended scaled particle theory relates heat capacity change of protein to number density of pure water 査読有り

    Junji Yasuniwa,Masayuki Irisa

    PACIFICHEM 2010   149-TECH   2010年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

    U.S.A.   Hawaii   2010年12月15日  -  2010年12月20日

  • Analytical expression of the Ornstein-Zernike integral equation ofhard-sphere liquid derived from the extended scaled particle theory 査読有り

    Takuya Fukudome,Masayuki Irisa

    PACIFICHEM 2010   150-TECH   2010年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

    U.S.A.   Hawaii   2010年12月15日  -  2010年12月20日

  • 水和と蛋白質の熱容量 査読有り

    入佐　正幸

    溶液化学ニュースレター   63   1 - 4   2010年07月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    代表的研究業績

  • Van der Waals picture based on scaled particle theory (Scaled particle theory に基づくファン・デル・ワールス描像) 査読有り

    入佐　正幸

    物性研究   91 ( 6 )   700 - 700   2009年03月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    主要雑誌 代表的研究業績

  • Heat Capacity and Conformation of Small Protein 査読有り

    入佐　正幸

    International Workshop on Continuum Modeling of Biomolecules   2008年09月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）

    China   2008年09月14日  -  2008年09月16日

    主要論文集（会議）

  • Stereoscopic viewing system for proteins using OpenRasmol: a tool for displaying a filament of proteins 査読有り

    Masayuki Irisa,Satoru Gondo,Yuko Fujishima,Ken’ichi Kakizaki

    Biophysics   3 ( 0 )   57 - 62   2007年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    主要雑誌 代表的研究業績

  • Heat Capacity of Protein and Hydration Entropy 査読有り

    Masayuki Irisa,Hitomi Kitazato

    Joint Conference of JMLG/EMLG Meeting 2007 and 30th Symposium on Solution Chemistry of Japan: Molecular Approaches to Complex Liquids System   11 ( 11 )   11 - 11   2007年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

    Fukuoka   2007年11月21日  -  2007年11月25日

    代表的研究業績

  • Calculation of molecular crowding effect between two actin molecules making contact through excluded volume effect 査読有り

    Yoshimi Shimada,Masayuki Irisa

    PACIFICHEM 2005   138-TECH   2005年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

    U.S.A.   Hawaii   2005年12月15日  -  2005年12月20日

  • Calculation of Heat Capacity of Protein by Using Extended Scaled Particle Theory 査読有り

    Nobue Kurose,Kenta Matsuo,Masayuki Irisa

    PACIFICHEM 2005   138-TECH   2005年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

    U.S.A.   Hawaii   2005年12月15日  -  2005年12月20日

  • Calculation of molecular crowding effect between two actin molecules making contact 査読有り

    入佐　正幸

    15th IUPAB & 5th EBSA International Biophysics Congress   p783 - p783   2005年09月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

    France   Montpellier   2005年08月27日  -  2005年09月01日

  • Calculation of Heat Capacity of Protein by Using Extended Scaled Particle Theory 査読有り

    入佐　正幸

    29-th International Conference on Solution Chemistry   186 - 186   2005年08月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

    Slovenija   2005年08月21日  -  2005年08月25日

  • Calculation of Mean Force between Associating Actin Molecules through Excluded Volume Effect by using Extended Scaled Particle Theory. 査読有り

    入佐　正幸

    49th Annual Meeting of Biophysical Society   2005年02月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

    U.S.A.   Long Beach, California   2005年02月12日  -  2005年02月16日

  • タンパク質の疎水水和－アクチン分子間に働く排除体積効果－ 査読有り

    入佐　正幸

    生物物理   43 ( 5 )   228 - 233   2003年09月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）

    主要雑誌

  • Theoretical Characterization of the Long-range Attraction between G-actin Molecules through the Excluded Volume Effect Molec 査読有り

    入佐　正幸

    Journal of Biological Physics   28   347 - 357   2002年03月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）

    代表的研究業績

  • Classification of Low-Energy Conformations of Met-Enkephalin in the Gas Phase and in a Model Solvent Based on the Extended Scaled Particle Theory 査読有り

    Ayori Mitsutake,Masayuki Irisa,Yuko Okamoto,and Fumio Hirata

    Bull. Chem. Soc. Jpn.   72 ( 8 )   1717 - 1729   2000年04月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）

  • Molecular Theories of Partial Molar Volume 査読有り

    Fumio Hirata (IMS),Takashi Imai (IMS),Masayuki Irisa

    The Review of High Pressure Science and Technology   8 ( 2 )   96 - 103   1998年04月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）

  • 蛋白質の水和自由エネルギーの計算 査読有り

    入佐　正幸

    物性研究   68 ( 4 )   416 - 416   1997年04月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

  • An elegant algorithm of the analytical calculation for the volume of fused spheres 査読有り

    入佐　正幸

    Computer Physics Communications   98   317 - 317   1996年04月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    代表的研究業績

  • Soluation free energy of Protein Reproduced by the Combination of the extended scaled particle theory and the Poisson-Boltzmann equation 査読有り

    入佐　正幸

    Journal of Molecular Liguids   65   381 - 381   1995年04月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    主要雑誌

  • Solvation free energies of non-polar and polar solutes veproduced bya combination of extended scaled particle theory and the Poisson-Boltzwann equation 査読有り

    入佐　正幸

    Molecular Physics   85   1227 - 1227   1995年04月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    代表的研究業績

  • Extended scaled particle theory for dilute solutions of arbitravy shaped solutes. An application to soluation free energies of hydro carbons 査読有り

    入佐　正幸

    Chemical Physics Letters   207   430 - 430   1993年04月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）

    主要雑誌 代表的研究業績

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口頭発表・ポスター発表等

  • QM/MM metadynamics で調べた EcoRV の DNA 加水分解の反応機構

    三松美香,大西到,松田涼太郎,吉田紀生,平田文男,入佐正幸

    第45回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

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    開催期間： 2023年10月18日 - 2023年10月20日   記述言語：日本語   開催地：山形市   国名：日本国  

  • Reaction Pathways in DNA Hydrolysis of EcoRV Calculated by Quantum- Chemical Metadynamics

    Mika Mitsumatsu, Itaru Onishi, Norio Yoshida, Fumio Hirata, Masayuki Irisa

    International Conference on Biological Physics (ICBP2023)  2023年08月  International Union of Pure and Applied Biophysics (IUPAB)

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    開催期間： 2023年08月14日 - 2023年08月18日   記述言語：英語   開催地：Seoul, Korea   国名：大韓民国  

    Restriction enzyme recognizes a specific DNA sequence and selectively cuts double-stranded DNA. This hydrolysis reaction requires divalent cations. One of the type II restriction enzymes, EcoRV, is a homo dimer, subunit A and B, and requires Mg 2+ for its function. QM/MM metadynamics simulation of EcoRV–DNA complex structure was performed with a precursor structure, referred to as structure M, as the initial structure. Structure M is an equilibrium structure suitable for hydrolysis obtained from MD trajectories in our previous studies. The Potential of Mean Force (PMF) surface obtained from the QM/MM metadynamics simulations with structure M shows two pathways, a dissociative reaction pathway and an associative reaction pathway, for DNA hydrolysis by EcoRV. In this study, we made video movies to investigate proton-transfer in DNA hydrolysis of subunit B along the two pathways. In both of two pathways, we have found Asp90 and Lys92 side chains are ionized in structure M and then electrically neutralized by a proton-transfer from Lys92 to Asp90 before the nucleophile water attacks the scissile phosphate. In
    a dissociative reaction pathway, a trigonal bipyramidal structure consisting of the scissile phosphate five atoms, a phosphor atom and three oxygen atoms in Ade7 and oxygen atom O3' in Thr6, and an oxygen atom in the nucleophile water, is meta-stable in the PMF surface. Two Mg 2+ ions form a chemical complex and bridges between catalytic residues, Ile91 and Asp74, and atoms in the trigonal bipyramidal structure.

  • Further Development of STCSB, Scala Tool for the Computational Science of Biomolecules, to Add Quantum-Chemistry Calculation and Visualization of Electron Density Distribution: An Application Example of DNA Hydrolysis by EcoRV

    Ryoutarou Matsuda, Mika Mitsumatsu, Itaru Onishi, Masayuki Irisa

    International Conference on Biological Physics (ICBP2023)  2023年08月  International Union of Pure and Applied Biophysics (IUPAB)

    　詳細を見る

    開催期間： 2023年08月14日 - 2023年08月18日   記述言語：英語   開催地：Seoul, Korea   国名：大韓民国  

    We have further developed STCSB, Scala Tool for the Computational Science of Biomolecules, to add a quantumchemistry calculation module, DFTB3/3OB calculation, by calling external libraries, DFTB+ and AMBER-sqm/sander. STCSB was made by our group and has been used for 3D-RISM calculations, molecular dynamics (MD) simulations, and QM/MM metadynamics simulations. In this study, one of the snapshot structure obtained from QM/MM metadynamics simulations of EcoRV–DNA complex, one of the type II restriction enzymes, is visualized as a 3D image of electron-density distribution in an active site of EcoRV–DNA complex. At the snapshot structure, proton-transfers occurred in hydrolysis of DNA by EcoRV. We have succeeded in showing the electron density distribution corresponding to a proton-relay consisting of two proton-transfers, one from the nucleophile water to Asp90 and the other from Asp90 to the scissile phosphate, Ade7 O1.

  • Scala言語を用いた生体高分子計算科学ツールSTCSBへの量子化学計算機能 の追加

    松田涼太郎,三松美香,大⻄ 到,入佐 正幸

    第44回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

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    開催期間： 2022年10月27日 - 2022年10月29日   記述言語：日本語   開催地：鹿児島市   国名：日本国  

  • EcoRV による DNA 加水分解におけるプロトン移動の量子化学計算による観察

    三松美香,大⻄ 到,吉田紀生,平田 文男,入佐 正幸

    第44回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

    　詳細を見る

    開催期間： 2022年10月27日 - 2022年10月29日   記述言語：日本語   開催地：鹿児島市   国名：日本国  

  • VRwave 改造立体視 VRML ブラウザにお ける VR 空間内の滑らかな視点移動表現機能

    渡邉智也,大西到,入佐正幸

    第35回分子シミュレーション討論会 

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    開催期間： 2021年11月29日 - 2021年12月01日   記述言語：日本語   国名：日本国  

  • 関数型言語 Scala のパーサコンビネータを 用いた立体視 VRML ブラウザ でのファイ ル読み込み機能の改良

    川原康平,入佐正幸

    第35回分子シミュレーション討論会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2021年11月29日 - 2021年12月01日   記述言語：日本語   国名：日本国  

  • EcoRV による DNA 加水分解におけるプロトン移動の量子化学計算による観察

    三松美香,大⻄ 到,吉田紀生,平田 文男,入佐 正幸

    第43回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

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    開催期間： 2021年10月28日 - 2021年10月29日   記述言語：日本語   開催地：京都市   国名：日本国  

  • DNA 切断直後における EcoRV–DNA 複合体中のカチオン近傍溶媒構造の計算

    長野怜也,大⻄ 到,吉田紀生,平田 文男,入佐 正幸

    第43回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

    　詳細を見る

    開催期間： 2021年10月28日 - 2021年10月29日   記述言語：日本語   開催地：京都市   国名：日本国  

  • 3D-RISM を⽤いた BamHI–DNA 複合体の活性部位におけるカチオンと⽔の分布の計算

    ⽮野佑紀，⼤⻄到，吉⽥紀⽣，平⽥⽂男，⼊佐正幸

    第42回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

    　詳細を見る

    開催期間： 2019年10月30日 - 2019年11月01日   記述言語：日本語   開催地：仙台市  

  • A QM/MM Metadynamics study of the DNA Hydrolysis by EcoRV Subsequent to Scissile-Phosphate Twist

    ⼤⻄到，吉⽥紀⽣，平⽥⽂男，⼊佐正幸

    第42回溶液化学シンポジウム  溶液化学研究会

    　詳細を見る

    開催期間： 2019年10月30日 - 2019年11月01日   記述言語：日本語   開催地：仙台市  

  • 拡張 scaled particle 理論によって計算した動径分布関数

    生命情報工学科

    日本生物物理学会第４６回年会 

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    開催期間： 2008年12月03日 - 2008年12月05日   記述言語：日本語   開催地：日本 福岡  

  • 小さな球状蛋白質の熱容量と立体構造

    生命情報工学科

    日本生物物理学会第４６回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2008年12月03日 - 2008年12月05日   記述言語：日本語   開催地：日本 福岡  

  • XSPTで計算した２種類の球状蛋白質の水和熱容量の比較

    本人

    溶液化学シンポジウム第31回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2008年11月12日 - 2008年11月14日   記述言語：日本語   開催地：日本 大阪市  

  • Van der Waals picture based on scaled particle theory

    本人

    2nd Mini-Symposium on Liquids ─Ver der Waals picture─  

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    開催期間： 2008年10月03日   記述言語：英語   開催地：日本 Fukuoka  

  • Heat Capacity of Protein and Hydration Entropy

    情報工学科

    International conference of biophysics 2008 

    　詳細を見る

    開催期間： 2008年02月05日 - 2008年02月10日   記述言語：英語   開催地： America Long beach  

  • Distribution of water molecules in hydration shell around a smallglobular protein calculated by using molecular dynamics

    情報工学科

    International conference of biophysics 2008 

    　詳細を見る

    開催期間： 2008年02月05日 - 2008年02月10日   記述言語：英語   開催地： America Long beach  

  • Heat Capacity of Protein and Hydration Entropy

    本人

    日本生物物理学会第４５回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2007年12月21日 - 2007年12月23日   記述言語：英語   開催地：日本 横浜  

  • Distribution of water molecules in hydration shell around a small globular protein calculated by usingmolecular dynamics

    本人

    日本生物物理学会第４５回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2007年12月21日 - 2007年12月23日   記述言語：英語   開催地：日本 横浜  

  • Distribution of water molecules in hydration shell around a smallglobular protein calculated by using molecular dynamics

    情報工学科

    Joint Conference of JMLG/EMLG Meeting 2007　and 30th Symposium on Solution Chemistry of Japan:Molecular Approaches to Complex Liquids System 

    　詳細を見る

    開催期間： 2007年11月21日 - 2007年11月25日   記述言語：英語   開催地：日本 Fukuoka  

  • Comparison of radial distribution functions of hard spheres calculated by using extended scaled particle theory and fundamental measure theory

    情報工学科

    Joint Conference of JMLG/EMLG Meeting 2007　and 30th Symposium on Solution Chemistry of Japan:Molecular Approaches to Complex Liquids System 

    　詳細を見る

    開催期間： 2007年11月21日 - 2007年11月25日   記述言語：英語   開催地：日本 Fukuoka  

  • アクチンモノマー２分子に働く高分子込み合い効果の計算

    生命情報工学科

    生体運動研究合同班会議 

    　詳細を見る

    開催期間： 2007年01月07日 - 2007年01月09日   記述言語：日本語   開催地：日本 金沢市  

  • 近接するアクチン分子間に働く排除体積起因平均力の計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本生物物理学会第43回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2005年11月23日 - 2005年11月25日   記述言語：日本語   開催地：日本 札幌  

  • 蛋白質の熱容量への分子形状依存性の計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本生物物理学会第43回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2005年11月23日 - 2005年11月25日   記述言語：日本語   開催地：日本 札幌  

  • Arp2/3の配置のアクチン2分子間に働く排除体積起因平均力の計算

    本人

    日本生物物理学会第43回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2005年11月23日 - 2005年11月25日   記述言語：日本語   開催地：日本 札幌  

  • 蛋白質の熱容量の分子形状による影響の計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    溶液化学シンポジウム第28回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2005年11月17日 - 2005年11月19日   記述言語：日本語   開催地：日本 京都市  

  • 分子動力学法による水中の空洞の疎水表面における水分子の分布

    生命情報工学科,情報科学専攻

    溶液化学シンポジウム第28回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2005年11月17日 - 2005年11月19日   記述言語：日本語   開催地：日本 京都市  

  • Calculation of Heat Capacity and Entropy Convergence of BPTI by Using Extended Scaled Particle Theory

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本生物物理学会第44回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2005年11月12日 - 2005年11月16日   記述言語：日本語   開催地：日本 沖縄  

  • 蛋白質の熱容量の拡張 scaled particle 理論による計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本蛋白質科学会第5回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2005年06月30日 - 2005年07月02日   記述言語：日本語   開催地：日本 福岡市  

  • 近接するアクチン２分子間に働く排除体積起因平均力の計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本蛋白質科学会第5回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2005年06月30日 - 2005年07月02日   記述言語：日本語   開催地：日本 福岡市  

  • 分子動力学法による水中の空洞の分布の計算

    生命情報工学科,情報科学専攻

    日本蛋白質科学会第5回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2005年06月30日 - 2005年07月02日   記述言語：日本語   開催地：日本 福岡市  

  • 蛋白質のランダム構造における水和自由エネルギーの計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本蛋白質科学会第5回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2005年06月30日 - 2005年07月02日   記述言語：日本語   開催地：日本 福岡市  

  • Arp2/3の配置のアクチン2分子間に働く排除体積起因平均力の計算

    生命情報工学科,情報科学専攻

    日本蛋白質科学会第5回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2005年06月30日 - 2005年07月02日   記述言語：日本語   開催地：日本 福岡市  

  • 境界要素法を用いた Avian Pancreatic Polypeptide のボルンエネルギー計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本生物物理学会第42回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2004年12月13日 - 2004年12月15日   記述言語：日本語   開催地：日本 京都  

  • 疎水表面の水分子の数密度への水分子モデルの違いの影響の計算

    生命情報工学科・情報科学専攻

    日本生物物理学会第42回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2004年12月13日 - 2004年12月15日   記述言語：日本語   開催地：日本 京都  

  • 近接したアクチン２分子間に働く排除体積起因の平均力の計算

    本人

    日本生物物理学会第42回年会 

    　詳細を見る

    開催期間： 2004年12月13日 - 2004年12月15日   記述言語：日本語   開催地：日本 京都  

  • Calculation of potential of mean force between two actin molecules through excluded volume effect by using scaled particle theory

    本人

    The International Workshop on the Physics of Soft Matter Complexes 

    　詳細を見る

    開催期間： 2004年11月29日 - 2004年12月02日   記述言語：英語   開催地： Tokyo  

  • 蛋白質の熱容量の拡張 scaled particle 理論による計算

    本人

    溶液化学研究会第27回年会 

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    開催期間： 2004年11月19日 - 2004年11月21日   記述言語：日本語   開催地：日本 東京都  

  • Calculation of potential of mean force between two actin molecules through excluded volume effect by using scaled particle theory

    本人

    The 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science 

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    開催期間： 2004年04月14日 - 2004年04月18日   記述言語：英語   開催地：日本 Yokohama  

  • A Brownian Ratchet Model of Actin Polymerization Motor by using Extended Scaled Particle Theory

    The 3rd International Symposium on Slow Dynamics in Complex System 

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    開催期間： 2003年11月03日 - 2003年11月08日   記述言語：英語   開催地： Sendai  

  • F-actin配置でのactin分子間に働く排除体積起因引力

    第26回溶液化学シンポジウム 

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    開催期間： 2003年10月17日 - 2003年10月19日   記述言語：日本語   開催地： 草津  

  • 溶液中でのLorenzモデル配置のアクチン分子間に働く排除体積起因平均力の計算

    第41回日本生物物理学会年会 

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    開催期間： 2003年09月23日 - 2003年09月25日   記述言語：日本語   開催地： 新潟  

  • 溶液中のラチェットモデル

    生命情報工学科

    第41回日本生物物理学会年会 

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    開催期間： 2003年09月23日 - 2003年09月25日   記述言語：日本語   開催地：日本 新潟市  

  • アラニンジペプチドの水和自由エネルギーの立体構造依存性の計算

    第3回蛋白質科学会年会 

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    開催期間： 2003年06月23日 - 2003年06月25日   記述言語：日本語   開催地： 札幌  

  • 排除体積効果起因の蛋白質分子間引力の拡張 scaled particle 理論による計算

    第３９回日本生物物理学会年会 

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    開催期間： 2002年11月01日 - 2002年11月04日   記述言語：日本語   開催地： 名古屋大学  

  • 剛体球液体での動径分布関数のXSPT,PY および MC による計算の比較

    第２５回溶液化学シンポジウム 

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    開催期間： 2002年09月26日 - 2002年09月28日   記述言語：日本語   開催地： 大阪大学  

  • 排除体積効果に起因する高分子間引力の拡張 scaled particle 理論による計算

    第８２日本化学会秋季年会 

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    開催期間： 2002年09月25日 - 2002年09月28日   記述言語：日本語   開催地： 大阪大学  

  • Theoretical characterization of the long-range attraction between G-actin molecules through the excluded volume effects

    Bulletin of the American Chemical Society 

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    開催期間： 2002年08月18日 - 2002年08月22日   記述言語：英語   開催地： Boston, USA  

  • Theoretical Characterization of the Long-range Attraction between G-actin Molecules through the Excluded Volume Effect

    本人

    日本蛋白質科学会第2回年会 

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    開催期間： 2002年06月13日 - 2002年06月15日   記述言語：日本語   開催地：日本 名古屋市  

  • 排除体積効果に起因する G-actin 間の長距離引力の拡張 scaled particle 理論による計算

    第３９回日本生物物理学会年会 

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    開催期間： 2001年10月06日 - 2001年10月08日   記述言語：日本語   開催地： 大阪大学  

  • 排除体積効果に起因する蛋白質間引力の拡張scaled particle theoryによる計算

    第２４回溶液化学シンポジウム 

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    開催期間： 2001年09月20日 - 2001年09月22日   記述言語：日本語   開催地： 岡山大学  

  • モンテ・カルロ・シミュレーションによる剛体球系での拡張 scaled particle theory の検証

    第２４回溶液化学シンポジウム 

    　詳細を見る

    開催期間： 2001年09月20日 - 2001年09月22日   記述言語：日本語   開催地： 岡山大学  

  • Theoretical Characterization of the Long-range Attraction between G-actin Molecules

    4th International Conference on Biological Physics, ICBP2001 

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    開催期間： 2001年07月30日 - 2001年08月03日   記述言語：英語   開催地： Kyoto, Japan  

  • Theoretical Characterization of the Long-range Attraction between G-actin Molecules

    第2回日本蛋白質科学会年会 

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    開催期間： 2001年06月13日 - 2001年06月15日   記述言語：英語   開催地： 第2回日本蛋白質科学会年会  

  • 排除体積効果に起因する蛋白質間引力の拡張scaled particle theoryによる計算

    岡崎国立共同研究機構分子科学研究所研究会「水と生体分子が織り成す生命現象の化学」 

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    開催期間： 2001年05月14日 - 2001年05月16日   記述言語：日本語   開催地： 岡崎国立共同研究機構分子科学研究所  

  • Partial molar entropy change of mixing of binary hard spheres

    APS Annual Meeting 

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    開催期間： 2001年03月12日 - 2001年03月16日   記述言語：英語   開催地： Seattle,WA,USA  

  • Heat capacity of protein reproduced by a combination of = extended scaled

    PACIFICHEM 2000 

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    開催期間： 2000年12月13日   記述言語：英語   開催地： Honolulu, HW, USA  

  • 誘電体モデルによる蛋白質のボルンエネルギー計算への計算幾何学の応用

    第２３回溶液化学シンポジウム 

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    開催期間： 2000年11月16日 - 2000年11月18日   記述言語：日本語   開催地： 岡崎国立共同研究機構  

  • 拡張SPTによる剛体球系での空洞関数y(r)の計算

    第２３回溶液化学シンポジウム 

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    開催期間： 2000年11月16日 - 2000年11月18日   記述言語：日本語   開催地： 岡崎国立共同研究機構  

  • 拡張 scaled particle theory を用いた Avian pancreatic polypeptide の水和自由エネルギーの温度依存性の計算

    第３８回日本生物物理学会年会 

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    開催期間： 2000年09月10日 - 2000年09月13日   記述言語：日本語   開催地： 東北大学  

  • バーチャルリアリティを用いた蛋白質分子の３次元表示システムの作成

    第３８回日本生物物理学会年会 

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    開催期間： 2000年09月10日 - 2000年09月13日   記述言語：日本語   開催地： 東北大学  

  • Comparison of the solvation free energies calculated by the extended scaled particle theory and the Monte Carlo simulation of the hard body system

    Bulletin of the American Physical Society 

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    開催期間： 2000年03月20日 - 2000年03月24日   記述言語：英語   開催地： Minneapolis, MN, USA  

  • 剛体系での熱力学量のダイアグラム展開への計算幾何学における αシェイプの応用

    第２２回溶液化学シンポジウム 

    　詳細を見る

    開催期間： 1999年11月19日 - 1999年11月21日   記述言語：日本語   開催地： お茶の水女子大学, 東京都  

  • Topology change of the region excluded by the solute molecule while the solute molecule is hypothetically scaled up in the extended scaled particle theory

    26th International Conference on Solution Chemistry 

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    開催期間： 1999年07月26日 - 1999年07月31日   記述言語：英語   開催地： Fukuoka, Japan  

  • An application of voronoi polyhedron to extended scaled particle theory

    IMS International Workshop on Protein Stability and Folding 

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    開催期間： 1999年01月13日 - 1999年01月15日   記述言語：英語   開催地： OKAZAKI Conference center, Institute of Molecular science  

  • Fused spheres の解析的体積計算の溶液理論への応用

    第４３回形の科学シンポジウム 

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    開催期間： 1998年11月20日 - 1998年11月21日   記述言語：日本語   開催地： 統計数理研究所  

  • An Interactive Molecular Graphics System

    Proc. of the VSMM VSMM'98 

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    開催期間： 1998年11月18日 - 1998年11月20日   記述言語：英語   開催地： Gifu (JAPAN)  

  • VRBIOMOL (VRML code generator for the representation of the surface and interior of the biomolecule)

    Proc. of the VSMM VSMM'98 

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    開催期間： 1998年11月18日 - 1998年11月20日   記述言語：英語   開催地： Gifu (JAPAN)  

  • バーチャルリアリティを用いた蛋白質表示ツールの作成

    情報処理教育研究集会 

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    開催期間： 1998年10月23日 - 1998年10月24日   記述言語：日本語   開催地： 九州工業大学  

  • フリーソフトによる日本語全文検索システムの学科共有情報への応用

    情報処理教育研究集会 

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    開催期間： 1998年10月23日 - 1998年10月24日   記述言語：日本語   開催地： 九州工業大学  

  • ボロノイ多面体を用いた境界要素法による分子の静電場計算

    第２１回溶液化学シンポジウム 

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    開催期間： 1998年10月08日 - 1998年10月10日   記述言語：日本語   開催地： 北海道大学  

  • アルカン・アルコールの水和に関する熱力学諸量の立体構造依存性のScaled particle theory を用いた計算

    第２１回溶液化学シンポジウム 

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    開催期間： 1998年10月08日 - 1998年10月10日   記述言語：日本語   開催地： 北海道大学  

  • 分子を仮想的にスケールした際の排除体積の変形に対する情報理論（αシェイプ）の応用

    第２１回溶液化学シンポジウム 

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    開催期間： 1998年10月08日 - 1998年10月10日   記述言語：日本語   開催地： 北海道大学  

  • 徐冷モンテカルロシミュレーションによるβ-Lactoglobulin の fragment のαヘリックス形成傾向性の研究

    第３６回日本生物物理学会年会 

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    開催期間： 1998年10月02日 - 1998年10月04日   記述言語：日本語   開催地： 九州大学六本松キャンパス  

  • 混合エントロピーへの分子サイズの影響

    第３６回日本生物物理学会年会 

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    開催期間： 1998年10月02日 - 1998年10月04日   記述言語：日本語   開催地： 九州大学六本松キャンパス  

  • バーチャルリアリティを用いたボロノイ多面体での蛋白質表示

    第３６回日本生物物理学会年会 

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    開催期間： 1998年10月02日 - 1998年10月04日   記述言語：日本語   開催地： 九州大学六本松キャンパス  

  • 計算幾何学手法の溶液理論(scaled particle theory)への応用

    第９回理論化学シンポジウム 

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    開催期間： 1998年08月02日 - 1998年08月05日   記述言語：日本語   開催地： 愛知県労働者研修センター  

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作品

  • 研究室で作成した3D動画のWebサイトを公開

    入佐正幸

    2016年07月18日

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    発表場所：http://www.irisa-lab.bio.kyutech.ac.jp/StereoMovies.html  

    高校生・一般向けの3D(立体視)動画の Webサイトを作成しました。キャンパスの様子を撮影した実写の3D動画や分子科学研究結果の分子グラフィックス3D動画を、任天堂ゲーム機 new 3DSやスマートフォンなどの機器を使って、3D映画のように飛び出したり奥行きが生じるように見ることができます。
     平成28年7月9日に行われた「夢ナビライブ2016東京」で、入佐准教授が担当した講義の際もこのWebサイトを高校生に紹介しました。
    ※new 3DS ではそのまま立体視可能です。スマートフォン(Android・iPhone)の場合はCardBoardが必要です。

  • 3D動画「京コンピュータを用いた小児マヒウイルスの 全原子分子動力学シミュレーション」

    入佐正幸 (九州工大)・岡崎進 (名古屋大/TCCI)

    2014年03月08日

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    発表場所：UDXシアター （JR秋葉原駅前）  

    第２回TUT-CMSI見える化シンポジウム
    ＜芸術と科学の融合＞
    13:00～13:10　「電子が活躍するナノの世界へようこそ」
    監修： 関野秀男(TUT/CMSI)、Sound Creator:宮崎晃豪(TUT)
    Double Bass/Vocal：Pearl Alexander(Acousmatics)
    映像： 入佐正幸 (九州工大)・岡崎進 (名古屋大/TCCI)、山崎隆浩 (NIMS-分野４/MARCEED)

講演

  • Role of Mg2+ ions in DNA hydrolysis by EcoRV, studied by 3D-RISM and MD

    EuroSciCon Congress Insights in Enzyme Research Enzymology and Molecular Biology  2018年08月  EuroSciCon

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    講演種別：招待講演   開催地：Paris, France  

報道関係

  • ウイルスの動き３Ｄ化-世界初,京活用-

    入佐正幸,岡崎進

    西日本新聞,1面  2014年07月11日

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    ウイルス,京コンピュータ,3D動画,コンピュータグラフィックス

科研費獲得実績

  • 蛋白質重合体の水溶液の溶液理論による研究

    研究課題番号：16041234  2004年04月 - 2006年03月   特定領域研究

  • 計算機顕微鏡を指向した電子顕微鏡像・分子動力学法統合による原子モデルの構築

    研究課題番号：15650052  2003年04月 - 2005年03月   萌芽研究・萌芽的研究

  • 生体高分子会合の溶液理論への情報理論の応用

    研究課題番号：14540473  2002年04月 - 2006年03月   基盤研究(C)

  • 蛋白質の水和理論への計算幾何学手法の応用

    研究課題番号：11780473  1999年04月 - 2001年03月   奨励研究(A)

担当授業科目（学内）

  • 2023年度   生体機能情報特論LE

  • 2023年度   生体機能情報特論BP

  • 2023年度   生体機能情報特論EP

  • 2023年度   コンピュータグラフィックスＰ

  • 2023年度   ネットワークプログラミングＰ

  • 2023年度   電磁気学Ⅰ

  • 2023年度   物理情報セミナー(4Q)

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    計算科学並列計算入門

  • 2023年度   物理情報セミナー(3Q)

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    科目区分：学部専門科目

    研究室仮配属

  • 2022年度   電磁気学Ⅰ

  • 2022年度   コンピュータグラフィックスＰ

  • 2022年度   生体機能情報特論

  • 2022年度   ネットワークプログラミングＰ

  • 2022年度   物理情報セミナー(4Q)

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    計算科学並列計算入門

  • 2022年度   物理情報セミナー(3Q)

    　詳細を見る

    科目区分：学部専門科目

    研究室仮配属

  • 2022年度   生体機能情報特論LE

  • 2022年度   生体機能情報特論BP

  • 2022年度   コンピュータグラフィックスＰ

  • 2022年度   ネットワークプログラミングＰ

  • 2022年度   電磁気学Ⅰ

  • 2021年度   生体機能情報特論

  • 2021年度   コンピュータグラフィックスＰ

  • 2021年度   ネットワークプログラミングＰ

  • 2021年度   物理情報セミナー(4Q)

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    計算科学並列計算入門

  • 2021年度   物理情報セミナー(3Q)

    　詳細を見る

    科目区分：学部専門科目

    研究室仮配属

  • 2021年度   電磁気学Ⅰ

  • 2020年度   生体機能情報特論

  • 2020年度   コンピュータグラフィックスＰ

  • 2020年度   ネットワークプログラミングＰ

  • 2020年度   電磁気学Ⅰ

  • 2020年度   物理情報セミナー(4Q)

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    計算科学並列計算入門

  • 2020年度   物理情報セミナー(3Q)

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    科目区分：学部専門科目

    研究室仮配属

  • 2019年度   生体機能情報特論

  • 2019年度   コンピュータグラフィックスＢ

  • 2019年度   ネットワークプログラミングＰ

  • 2019年度   電磁気学Ⅰ

  • 2018年度   現代物理学

  • 2018年度   電磁気学Ⅰ

  • 2018年度   生体機能情報特論

  • 2018年度   コンピュータグラフィックスＢ

  • 2018年度   ネットワークプログラミング

  • 2017年度   コンピュータグラフィックスＢ

  • 2017年度   ネットワークプログラミング

  • 2017年度   現代物理学

  • 2017年度   生体機能情報特論

  • 2016年度   生体機能情報特論

  • 2016年度   コンピュータグラフィックスＢ

  • 2016年度   ネットワークプログラミング

  • 2016年度   現代物理学

  • 2015年度   現代物理学

  • 2015年度   ネットワークプログラミング

  • 2015年度   コンピュータグラフィックスＢ

  • 2015年度   生体機能情報特論

  • 2014年度   現代物理学

  • 2014年度   ネットワークプログラミング

  • 2014年度   コンピュータグラフィックスＢ

  • 2014年度   生体機能情報特論

  • 2013年度   生体機能情報特論

  • 2013年度   コンピュータグラフィックスＢ

  • 2013年度   現代物理学

  • 2012年度   コンピュータグラフィックスＢ

  • 2012年度   ネットワークプログラミング

  • 2012年度   生体機能情報特論

  • 2012年度   現代物理学

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社会貢献活動（講演会・出前講義等）

  • ISGフェスタ2019での自作立体視動画上映

    役割：講師,　実演

    2019年10月26日

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    対象： 幼稚園以下,　小学生,　中学生,　高校生,　大学生,　大学院生,　教育関係者,　保護者,　研究者,　社会人・一般

    種別：セミナー・ワークショップ

    500人講義室にて立体視(VR)動画を上映した。実写およびCG動画はすべて研究室で自作した物。プロジェクタには500人講義室の立体視プロジェクタを用い、一部は自作立体視表示アプリケーション(立体視機能付きVRMLviewer)を用いた。研究室の4年生および院生がボランディアで手伝ってくれた。ISGフェスタに参加した方々に立体視そのものの仕組みや立体視機能が必要な研究分野(生物物理,構造生物学,生化学)について一部研究内容が紹介できた。

  • ISGフェスタ2017での自作立体視動画上映

    2017年10月28日

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    種別：セミナー・ワークショップ

    500人講義室にて立体視(VR)動画を上映した。実写およびCG動画はすべて研究室で自作した物。プロジェクタには500人講義室の立体視プロジェクタを用い、一部は自作立体視表示アプリケーション(立体視機能付きVRMLviewer)を用いた。研究室の4年生および院生がボランディアで手伝ってくれた。ISGフェスタに参加した方々に立体視そのものの仕組みや立体視機能が必要な研究分野(生物物理,構造生物学,生化学)について一部研究内容が紹介できた。

  • 夢ナビライブ2016東京での講演「生命を分子の物理法則から理解～CGで再現」

    2016年07月09日

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    種別：セミナー・ワークショップ

    情報工学部の代表として「夢ナビライブ2016東京」で講演を行った。参加した方々に立体視そのものの仕組みや立体視機能が必要な研究分野(生物物理,構造生物学,生化学)について一部研究内容が紹介できた。

  • 3DCMS2014:学部主催「立体視プロジェクションシステムを使った分子科学研究講演会」

    2014年12月05日 - 2014年12月06日

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    種別：講演会

    講演者
    平田文男先生（分子科学研究所、立命館大学）、
    岡崎進先生（名古屋大学）、 田中秀樹先生（岡山大学）、安永卓生先生（九州工業大学）

    研究講演会(12/5,12/6)（講演順序順）500人講義室
    安永卓生(12/5,16:20)「３次元クライオ電子顕微鏡が拓く細胞・タンパク質のナノ構造」
    平田文男(12/6,10:30)「水溶液中の蛋白質における基質分子認識の統計力学理論」
    田中秀樹(12/6,13:00)「水、氷、メタンハイドレートの相転移と水分子の動き−京を用いたシミュレーションから−」
    岡崎進(12/6,14:10)「京コンピュータを用いた小児マヒウイルスの全原子分子動力学シミュレーション」

    研究ポスター展示(発表)(12/5,12/6)ラーニングアゴラ棟
    12/5 15：00 ～ 16：10 12/6 9：30 ～ 10：20

国際会議開催（学会主催除く）

  • The 10th TOYOTA RIKEN International Workshop

    TOYOTA RIKEN  日本  2019年09月04日 - 2019年09月06日